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- PDB-6p3j: Crystal structure of LigU -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6p3j
タイトルCrystal structure of LigU
要素(4E)-oxalomesaconate Delta-isomerase
キーワードISOMERASE / Lignin degradation / protocatechuate 4 / 5-cleavage pathway / PrpF superfamily / (4E)-oxalomesaconate isomerase mechanism
機能・相同性
機能・相同性情報


異性化酵素; 分子内で酸化還元酵素として働くもの; C=C結合の転位 / lignin catabolic process / isomerase activity
類似検索 - 分子機能
: / PrpF protein / PrpF protein / Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 / Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(4E)-oxalomesaconate Delta-isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Novosphingobium sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.02 Å
データ登録者Cory, S.A. / Hogancamp, T.N. / Raushel, F.M. / Barondeau, D.P.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Robert A. Welch FoundationA-840 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2019
タイトル: Structure and Chemical Reaction Mechanism of LigU, an Enzyme That Catalyzes an Allylic Isomerization in the Bacterial Degradation of Lignin.
著者: Hogancamp, T.N. / Cory, S.A. / Barondeau, D.P. / Raushel, F.M.
履歴
登録2019年5月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年8月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: (4E)-oxalomesaconate Delta-isomerase
B: (4E)-oxalomesaconate Delta-isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,34314
ポリマ－75,9212
非ポリマー42212
水4,035224
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4870 Å2
ΔGint-129 kcal/mol
Surface area26260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.776, 67.364, 161.072
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 (4E)-oxalomesaconate Delta-isomerase / OMA isomerase / 1 / 3-allylic isomerase LigU


分子量: 37960.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Novosphingobium sp. (strain KA1) (バクテリア)
株: KA1 / 遺伝子: ligU, ORF100 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q0KJL4, 異性化酵素; 分子内で酸化還元酵素として働くもの; C=C結合の転位
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.36 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Well solution - 200 mM calcium chloride dihydrate, 100 mM HEPES/KOH, pH 6.5, 35% pentaerythritol ethoxylate (15/4 EO/OH) Drop - 2 uL enzyme, 2 uL well solution where enzyme was at 22.3 mg/mL ...詳細: Well solution - 200 mM calcium chloride dihydrate, 100 mM HEPES/KOH, pH 6.5, 35% pentaerythritol ethoxylate (15/4 EO/OH) Drop - 2 uL enzyme, 2 uL well solution where enzyme was at 22.3 mg/mL in 20 mM HEPES/KOH, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 1.1271 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1271 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.02→50 Å / Num. obs: 45097 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.062 / Χ2: 1.105 / Net I/σ(I): 30.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.02-2.052.80.5971.119510.5930.3880.7170.4386.5
2.05-2.093.40.56220660.6920.3360.660.47590.7
2.09-2.134.10.46921800.8020.2540.5370.47496.5
2.13-2.184.60.42322450.850.2190.4790.4998.3
2.18-2.224.90.36922290.8940.1850.4150.48499.3
2.22-2.274.90.32722710.8970.1640.3680.5699.5
2.27-2.3350.27822640.9410.1360.3110.53199
2.33-2.394.60.22721870.9470.1160.2560.57996.4
2.39-2.475.60.1922460.9640.0880.210.62798.9
2.47-2.5460.16922730.9740.0770.1860.64799.3
2.54-2.6460.14222860.9850.0640.1560.69499.5
2.64-2.745.80.11623020.9890.0530.1280.78199.8
2.74-2.875.90.09422830.990.0430.1040.85799.7
2.87-3.025.80.08422820.9930.0390.0931.02999.4
3.02-3.215.60.06822870.9950.0310.0751.25399
3.21-3.454.90.05822530.9960.0280.0651.6697.4
3.45-3.86.20.05223120.9970.0230.0571.9999.3
3.8-4.356.10.04523390.9980.020.052.27699.5
4.35-5.485.90.04323420.9980.0190.0472.32398.3
5.48-505.60.03624990.9990.0160.0392.0999

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.02 Å41.99 Å
Translation2.02 Å41.99 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
HKL-20002.3.10データ削減
HKL-20002.3.10データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
Coot0.8.9.2 ELモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6P3K

6p3k


解像度: 2.02→41.986 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 22.19
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2116 2003 4.48 %
Rwork0.1863 --
obs0.1875 44713 97.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 161.69 Å2 / Biso mean: 61.3809 Å2 / Biso min: 28.42 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.02→41.986 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5086 0 12 224 5322
Biso mean--59.87 49.95 -
残基数----705
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035232
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5967130
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045847
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004951
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_d15.1643179
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.02-2.07050.31121210.30072707282888
2.0705-2.12650.29391310.25442943307495
2.1265-2.18910.27851500.22473029317999
2.1891-2.25970.33241480.21453042319099
2.2597-2.34050.21441330.20813024315799
2.3405-2.43420.24111490.20193006315597
2.4342-2.5450.24551360.20130673203100
2.545-2.67910.26131520.193330763228100
2.6791-2.84690.23661460.202230943240100
2.8469-3.06670.26051450.2083091323699
3.0667-3.37520.22821510.19753065321698
3.3752-3.86330.18511390.1763117325699
3.8633-4.86620.18031500.15023150330099
4.8662-41.99530.17141520.18023299345199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.61360.4542-0.27162.9186-0.76842.03660.2276-0.9081-0.97960.1639-0.29550.08450.23520.02190.03530.2976-0.0603-0.09920.51610.06780.4828-27.101-11.749427.992
21.5439-0.23650.48871.4454-0.34142.6003-0.05750.3464-0.2032-0.44760.2292-0.4394-0.20150.3651-0.02440.3812-0.06220.160.4538-0.15160.4331-11.4013-0.7767-4.4016
32.34660.37491.53461.31760.52772.1294-0.34950.4257-0.4242-0.49510.336-0.0415-0.42730.22110.07560.5819-0.12870.21710.4352-0.06730.3613-28.08133.4155-17.3432
41.839-0.06720.93231.7786-0.38332.78170.0085-0.2455-0.32610.20420.1569-0.2578-0.2089-0.1152-0.15820.28250.0447-0.01830.35340.02140.333-17.20790.2821.9874
59.4059-0.40761.05874.5871-0.46222.85490.2112-0.98150.6249-0.292-0.14661.4049-0.1407-0.2885-0.05080.59980.0646-0.09420.9004-0.21571.2041-42.5951-6.976429.4928
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain B and resid 284:361)B284 - 361
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 8:148)A8 - 148
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 149:360)A149 - 360
4X-RAY DIFFRACTION4(chain B and resid 2:170)B2 - 170
5X-RAY DIFFRACTION5(chain B and resid 171:283)B171 - 283

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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