PDB-6p3i: The structure of condensation and adenylation domains of teixobac...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6p3i

タイトル

The structure of condensation and adenylation domains of teixobactin-producing nonribosomal peptide synthetase Txo1 serine module in complex with Mg

要素

Txo1

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / nonribosomal peptide synthetase / teixobactin / Txo1 / condensation domain / adenylation domain / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

2,3-dihydroxybenzoate-serine ligase activity / toxin biosynthetic process / enterobactin synthetase complex / enterobactin biosynthetic process / amino acid activation for nonribosomal peptide biosynthetic process / phosphopantetheine binding / nucleotide binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Eleftheria terrae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Tan, K. / Zhou, M. / Jedrzejczak, R. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Curr Res Struct Biol / 年: 2020
タイトル: Structures of teixobactin-producing nonribosomal peptide synthetase condensation and adenylation domains.
著者: Tan, K. / Zhou, M. / Jedrzejczak, R.P. / Wu, R. / Higuera, R.A. / Borek, D. / Babnigg, G. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2019年5月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年6月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2020年3月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6p3i.cif.gz	410.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6p3i.ent.gz	279.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6p3i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6p3i_validation.pdf.gz	940.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6p3i_full_validation.pdf.gz	954.6 KB	表示
XML形式データ	6p3i_validation.xml.gz	35.3 KB	表示
CIF形式データ	6p3i_validation.cif.gz	46.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p3/6p3i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p3/6p3i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6oyfC 6ozvC 6p1jC 6p4uC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6oyf-d 6p1j-1 6ozv-d 5cpt-d 4j0j-d 5ecq-2 5eck-2 5ecq-1 6p4u-d 6qva-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: IDP95646

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (6) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (6) #153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Txo1

ヘテロ分子

99.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	154.491, 90.658, 98.804
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 106.004, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Txo1 分子量: 97269.273 Da / 分子数: 1 断片: condensation and adenylation domains (UNP residues 2140-3009) 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Eleftheria terrae (バクテリア) / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): pGro7-K / 参照: UniProt: A0A0B5GUD2
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.74 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 1.6 M magnesium sulfate, 0.1 M MES/NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97921 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月9日
放射	モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→47.5 Å / Num. obs: 70542 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / B_iso Wilson estimate: 49.49 Å² / R_merge(I) obs: 0.082 / R_pim(I) all: 0.044 / R_rim(I) all: 0.093 / Χ²: 2.147 / Net I/σ(I): 28.9
反射シェル	解像度: 2.15→2.19 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.785 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 3276 / CC_1/2: 0.707 / R_pim(I) all: 0.465 / R_rim(I) all: 0.919 / Χ²: 0.64 / % possible all: 92.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect	1.13_2998	データ収集
PHENIX	1.13_2998	精密化
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.15→45.33 Å / SU ML: 0.2616 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.9667

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2307	3391	4.83 %	random
R_work	0.2011	-	-	-
obs	0.2025	70279	98.54 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 86.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→45.33 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6288	0	117	117	6522

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0015	6576
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4769	8977
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0377	979
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0033	1175
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.7389	3885

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.15-2.18	0.3685	144	0.3381	2528	X-RAY DIFFRACTION	90.85
2.18-2.21	0.3307	133	0.3036	2729	X-RAY DIFFRACTION	97.15
2.21-2.25	0.2772	147	0.2817	2777	X-RAY DIFFRACTION	98.78
2.25-2.28	0.3137	149	0.2667	2806	X-RAY DIFFRACTION	99.23
2.28-2.32	0.2581	128	0.2505	2757	X-RAY DIFFRACTION	99.17
2.32-2.37	0.3018	151	0.2563	2829	X-RAY DIFFRACTION	99.57
2.37-2.41	0.2414	129	0.2468	2807	X-RAY DIFFRACTION	99.09
2.41-2.46	0.3089	124	0.2437	2787	X-RAY DIFFRACTION	98.98
2.46-2.51	0.2752	144	0.2347	2783	X-RAY DIFFRACTION	98.82
2.51-2.57	0.2685	148	0.2347	2769	X-RAY DIFFRACTION	98.78
2.57-2.64	0.2421	147	0.2282	2776	X-RAY DIFFRACTION	98.25
2.64-2.71	0.2564	156	0.225	2776	X-RAY DIFFRACTION	99.22
2.71-2.79	0.2419	133	0.2344	2829	X-RAY DIFFRACTION	99.7
2.79-2.88	0.2573	132	0.2325	2815	X-RAY DIFFRACTION	99.56
2.88-2.98	0.2562	151	0.2289	2836	X-RAY DIFFRACTION	99.27
2.98-3.1	0.2456	144	0.221	2785	X-RAY DIFFRACTION	99.32
3.1-3.24	0.2447	153	0.2183	2770	X-RAY DIFFRACTION	98.92
3.24-3.41	0.2145	138	0.2039	2764	X-RAY DIFFRACTION	97.88
3.41-3.63	0.2252	149	0.1993	2822	X-RAY DIFFRACTION	99
3.63-3.91	0.2226	149	0.1834	2796	X-RAY DIFFRACTION	99.12
3.91-4.3	0.1836	139	0.163	2827	X-RAY DIFFRACTION	99.16
4.3-4.92	0.1876	135	0.1612	2801	X-RAY DIFFRACTION	98.56
4.92-6.2	0.1841	117	0.189	2862	X-RAY DIFFRACTION	98.81
6.2-45.34	0.2525	151	0.1897	2857	X-RAY DIFFRACTION	97.95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.70788836038	0.0392770706769	-1.65854324396	1.23439289601	-0.820185362083	1.5011813682	0.119215475975	-0.636855118655	-0.389155322552	-0.00382075532236	-0.550609476683	-0.051735376763	1.5539721717	-0.303783495731	0.441175007265	1.40171683257	-0.205531188105	0.350063719807	1.13835679655	-0.0415502941396	0.809854118741	56.5800080178	26.1849497414	52.6309745974
2	2.42950172114	0.509121844614	-1.69542057862	2.33336864754	-0.237016369676	4.1524709874	-0.52220181205	0.339097344721	-0.526624103719	-0.125124562403	-0.217909876429	0.341107206259	1.66670932163	-1.46393933974	0.689083401538	1.40966596697	-0.574979991146	0.329853261337	1.5750058866	-0.370959643295	1.02558150954	43.1756691745	23.0659100637	44.1000110576
3	2.7286584022	0.261197208004	-0.939110957426	2.53780534834	1.75370579719	6.25390223634	-0.0787233470121	0.912496883275	-0.0875694131752	-0.341719174276	-0.434487628586	0.537137867139	-0.293838308815	-1.42322550687	0.370115734073	0.466254545756	0.0777015282144	-0.102299438444	1.12544272066	-0.245776839165	0.631306243439	44.9234669707	45.7145301325	59.0694301199
4	4.82930161955	2.24693552568	2.69686555055	1.19939454266	2.48886794627	3.21520824007	0.0433914491903	-0.47189166352	-0.0644717671628	0.199601651139	-0.319308456511	0.028975579722	-0.118265882679	-0.65254515989	0.215546769274	0.564377771718	-0.0701358187772	-0.0128713616686	0.45885621162	0.0767244370563	0.544022301995	60.9936086568	55.9194876795	93.7828436682
5	1.71706422076	0.12810224931	0.18984800204	3.92053879917	0.38066576617	1.22871872028	0.0322407734706	0.0116375978518	0.0785076100302	0.0419601535336	-0.0327407889913	-0.371886266823	-0.0736167111965	0.171190564882	-0.0177767106534	0.394504430402	-0.0534347130515	-0.0549410669666	0.337383471268	0.0134492087842	0.473087815162	87.0970961763	77.7607154911	99.8511694916
6	2.78237169149	0.40297096362	0.47952420256	5.73323507724	0.765949269298	0.74933473678	0.124272863582	-0.153153205449	0.204846030525	0.20508400747	-0.156341890433	0.17784829518	0.00498626574045	-0.166691281051	0.00683604601374	0.455737010563	-0.0623912044762	-0.0347687951197	0.407343821268	0.0379216392578	0.492518107069	74.8170773439	70.1747334604	100.139618901
7	2.58434389435	-0.312364809862	0.150369398459	1.23911180879	0.422706361389	0.776298342474	0.0651738019476	0.255053689868	0.059904267773	-0.114141685142	-0.10584544802	-0.122277166339	0.0156368707854	-0.00196905813055	0.0304997268656	0.470043335841	-0.0100297216199	-0.0183772952199	0.359209284706	0.0626749602758	0.454665984889	76.1989992205	59.2955827418	85.2528883762

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2138 through 2189 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 2190 through 2322 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 2323 through 2564 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 2565 through 2611 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 2612 through 2729 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 2730 through 2779 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 2780 through 3002 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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