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- PDB-6p3a: Crystal Structure Analysis of TAF1 Bromodomain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6p3a
タイトルCrystal Structure Analysis of TAF1 Bromodomain
要素Transcription initiation factor TFIID subunit 1
キーワードTRANSFERASE / kinase / bromodomain / inhibitor / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of protein autoubiquitination / regulation of cell cycle G1/S phase transition / RNA polymerase I general transcription initiation factor activity / positive regulation of androgen receptor activity / transcription regulator inhibitor activity / RNA polymerase II general transcription initiation factor binding / cellular response to ATP / midbrain development / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape ...negative regulation of protein autoubiquitination / regulation of cell cycle G1/S phase transition / RNA polymerase I general transcription initiation factor activity / positive regulation of androgen receptor activity / transcription regulator inhibitor activity / RNA polymerase II general transcription initiation factor binding / cellular response to ATP / midbrain development / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / ubiquitin conjugating enzyme activity / transcription factor TFIID complex / MLL1 complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / histone acetyltransferase activity / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / histone acetyltransferase / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TBP-class protein binding / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / regulation of signal transduction by p53 class mediator / nuclear receptor binding / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / peptidyl-threonine phosphorylation / lysine-acetylated histone binding / mRNA transcription by RNA polymerase II / protein polyubiquitination / cellular response to UV / p53 binding / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / positive regulation of protein binding / kinase activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / peptidyl-serine phosphorylation / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / transcription by RNA polymerase II / protein autophosphorylation / protein stabilization / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / cell cycle / protein heterodimerization activity / protein phosphorylation / negative regulation of gene expression / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / DNA damage response / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
TAFII-230 TBP-binding / Transcription initiation factor TFIID subunit 1, animal / TAFII-230 TBP-binding domain superfamily / TATA box-binding protein binding / Zinc knuckle / Zinc knuckle / Transcription initiation factor TFIID subunit 1, histone acetyltransferase domain / Transcription initiation factor TFIID subunit 1 / Protein of unknown function (DUF3591) / Bromodomain-like ...TAFII-230 TBP-binding / Transcription initiation factor TFIID subunit 1, animal / TAFII-230 TBP-binding domain superfamily / TATA box-binding protein binding / Zinc knuckle / Zinc knuckle / Transcription initiation factor TFIID subunit 1, histone acetyltransferase domain / Transcription initiation factor TFIID subunit 1 / Protein of unknown function (DUF3591) / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NQP / Transcription initiation factor TFIID subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.99 Å
データ登録者Seo, H.-S. / Dhe-Paganon, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure Analysis of TAF1 Bromodomain
著者: Seo, H.-S. / Dhe-Paganon, S.
履歴
登録2019年5月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription initiation factor TFIID subunit 1
B: Transcription initiation factor TFIID subunit 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8914
ポリマ－31,7662
非ポリマー1,1252
水362
1
A: Transcription initiation factor TFIID subunit 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4462
ポリマ－15,8831
非ポリマー5631
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Transcription initiation factor TFIID subunit 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4462
ポリマ－15,8831
非ポリマー5631
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)92.430, 92.430, 117.430
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 1522 through 1546 or resid 1548...
21(chain B and (resid 1522 through 1546 or resid 1548...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPSERSER(chain A and (resid 1522 through 1546 or resid 1548...AA1522 - 15463 - 27
12PROPROASNASN(chain A and (resid 1522 through 1546 or resid 1548...AA1548 - 155429 - 35
13LYSLYSLYSLYS(chain A and (resid 1522 through 1546 or resid 1548...AA1555 - 155636 - 37
14METMETNQPNQP(chain A and (resid 1522 through 1546 or resid 1548...AA - C1521 - 40002
15METMETNQPNQP(chain A and (resid 1522 through 1546 or resid 1548...AA - C1521 - 40002
16METMETNQPNQP(chain A and (resid 1522 through 1546 or resid 1548...AA - C1521 - 40002
17METMETNQPNQP(chain A and (resid 1522 through 1546 or resid 1548...AA - C1521 - 40002
21ASPASPSERSER(chain B and (resid 1522 through 1546 or resid 1548...BB1522 - 15463 - 27
22PROPROTYRTYR(chain B and (resid 1522 through 1546 or resid 1548...BB1548 - 156229 - 43
23VALVALVALVAL(chain B and (resid 1522 through 1546 or resid 1548...BB1564 - 160145 - 82
24TYRTYRSERSER(chain B and (resid 1522 through 1546 or resid 1548...BB1603 - 160884 - 89
25TYRTYRGLUGLU(chain B and (resid 1522 through 1546 or resid 1548...BB1610 - 163691 - 117
26ASPASPNQPNQP(chain B and (resid 1522 through 1546 or resid 1548...BB - D1522 - 40003
27ASPASPNQPNQP(chain B and (resid 1522 through 1546 or resid 1548...BB - D1522 - 40003
28ASPASPNQPNQP(chain B and (resid 1522 through 1546 or resid 1548...BB - D1522 - 40003
29ASPASPNQPNQP(chain B and (resid 1522 through 1546 or resid 1548...BB - D1522 - 40003
210ASPASPNQPNQP(chain B and (resid 1522 through 1546 or resid 1548...BB - D1522 - 40003
211ASPASPNQPNQP(chain B and (resid 1522 through 1546 or resid 1548...BB - D1522 - 40003

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要素

#1: タンパク質 Transcription initiation factor TFIID subunit 1 / Cell cycle gene 1 protein / TBP-associated factor 250 kDa / p250 / Transcription initiation factor ...Cell cycle gene 1 protein / TBP-associated factor 250 kDa / p250 / Transcription initiation factor TFIID 250 kDa subunit / TAFII250


分子量: 15882.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAF1, BA2R, CCG1, CCGS, TAF2A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P21675, histone acetyltransferase, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-NQP / 4-{[(3R)-1-(but-3-en-1-yl)-3-methyl-4-(oxan-4-yl)-2-oxo-1,2,3,4-tetrahydropyrido[2,3-b]pyrazin-6-yl]amino}-3-methoxy-N-(1-methylpiperidin-4-yl)benzamide


分子量: 562.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H42N6O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG8000, Tris pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.99→58.72 Å / Num. obs: 10768 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 12.4 % / Biso Wilson estimate: 87.985 Å2 / Rpim(I) all: 0.07 / Rrim(I) all: 0.242 / Net I/σ(I): 9.1 / Num. measured all: 133276
反射 シェル解像度: 2.99→3.04 Å / 冗長度: 13.7 % / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. measured all: 7079 / Num. unique obs: 518 / Rpim(I) all: 0.868 / Rrim(I) all: 3.236 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
xia2データスケーリング
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3UV5

3uv5


解像度: 2.99→57.108 Å / SU ML: 0.56 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 38.71
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2862 532 4.97 %
Rwork0.2548 --
obs0.2564 10713 99.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 195.89 Å2 / Biso mean: 103.9829 Å2 / Biso min: 59.94 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.99→57.108 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2040 0 82 2 2124
Biso mean--114.89 69.4 -
残基数----254
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A784X-RAY DIFFRACTION4.904TORSIONAL
12B784X-RAY DIFFRACTION4.904TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 4 / % reflection obs: 99 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.9902-3.29110.4551360.385124602596
3.2911-3.76730.37441140.338225112625
3.7673-4.7460.32351290.252225332662
4.746-57.11890.22561530.209326772830
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.29030.2755-0.15922.78571.28015.2867-0.3203-1.135-0.97121.21680.0415-0.6074-1.1492-0.0845-0.05821.28890.1294-0.04921.15490.0380.8827-40.5763-17.736622.1945
24.15542.5444-1.50164.4182-0.09283.92660.33690.06511.4422-0.44930.0772-0.0243-1.68650.2541-0.20281.1670.1931-0.03241.3143-0.02120.6559-43.9294-7.53375.5802
34.99910.4977-1.75490.5578-0.1740.72440.36050.82920.9160.39640.2780.2555-1.2539-1.24-0.22161.2246-0.0276-0.04171.49380.09330.7663-58.4771-12.4430.7271
47.4845-1.4601-0.8074.5003-3.46454.3760.771-0.5014-0.626-1.08990.3129-0.84790.4002-2.2981-0.27071.25380.02270.0371.35690.15811.0727-54.6599-21.19290.6264
53.10420.94351.58722.5096-0.5492.8062-0.4002-0.1174-0.37070.12050.47140.27291.2481-0.8113-0.12861.0528-0.0492-0.0361.0970.03410.8021-45.756-21.03099.051
64.5652-0.5049-0.71422.9314-3.26785.2371-0.9328-0.00190.4866-0.43740.2467-1.039-0.8520.41290.05260.9684-0.14170.06950.8563-0.05850.7071-37.8677-13.82861.7763
75.64451.6593-1.64736.5268-2.69096.4137-0.0971-0.1406-1.85331.3538-0.6598-0.71880.96530.01940.13631.54560.12720.04151.3545-0.10591.0811-34.5867-28.84323.6342
84.7828-0.5434-0.06173.4633-1.59664.414-0.0219-0.60210.71620.1615-0.4691-0.05440.0449-1.1085-0.16331.0935-0.14120.21071.0746-0.02470.8282-32.60513.87592.6186
93.4247-0.0596-0.01176.28261.32922.40460.4975-0.46730.2463-0.95020.6271-0.2105-0.2799-1.0338-0.1161.047-0.159-0.02951.2998-0.27950.9306-33.9624-11.8196-12.2486
103.12751.94740.64174.13721.90514.2623-0.27960.67630.0244-0.19740.2802-0.1043-0.40210.5797-0.08051.3759-0.05990.05511.44650.01830.837-28.09992.1534-7.848
114.54711.36820.47023.7791-0.7274.37580.2758-0.03720.72140.192-1.0213-0.54221.54220.69260.1371.7645-0.15760.02861.3349-0.09641.1009-16.982411.72149.7092
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1521 through 1538 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 1539 through 1549 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 1550 through 1560 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 1561 through 1570 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 1571 through 1604 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 1605 through 1627 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 1628 through 1648 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 1522 through 1549 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 1550 through 1560 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 1561 through 1627 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 1628 through 1647 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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