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万見
- PDB-6p2j: Dimeric structure of ACAT1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6p2j
タイトルDimeric structure of ACAT1
要素Sterol O-acyltransferase 1
キーワードTRANSFERASE / MBOAT
機能・相同性
機能・相同性情報


sterol O-acyltransferase / sterol O-acyltransferase activity / cholesterol O-acyltransferase activity / cholesterol storage / very-low-density lipoprotein particle assembly / positive regulation of amyloid precursor protein biosynthetic process / low-density lipoprotein particle clearance / fatty-acyl-CoA binding / LDL clearance / cholesterol efflux ...sterol O-acyltransferase / sterol O-acyltransferase activity / cholesterol O-acyltransferase activity / cholesterol storage / very-low-density lipoprotein particle assembly / positive regulation of amyloid precursor protein biosynthetic process / low-density lipoprotein particle clearance / fatty-acyl-CoA binding / LDL clearance / cholesterol efflux / cholesterol binding / macrophage derived foam cell differentiation / cholesterol metabolic process / cholesterol homeostasis / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Sterol O-acyltransferase, metazoa / Sterol O-acyltransferase, ACAT/DAG/ARE types / Membrane bound O-acyl transferase, MBOAT / MBOAT, membrane-bound O-acyltransferase family
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3VV / Sterol O-acyltransferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Yan, N. / Qian, H.W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR-1420541 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2020
タイトル: Structural basis for catalysis and substrate specificity of human ACAT1.
著者: Hongwu Qian / Xin Zhao / Renhong Yan / Xia Yao / Shuai Gao / Xue Sun / Ximing Du / Hongyuan Yang / Catherine C L Wong / Nieng Yan /
要旨: As members of the membrane-bound O-acyltransferase (MBOAT) enzyme family, acyl-coenzyme A:cholesterol acyltransferases (ACATs) catalyse the transfer of an acyl group from acyl-coenzyme A to ...As members of the membrane-bound O-acyltransferase (MBOAT) enzyme family, acyl-coenzyme A:cholesterol acyltransferases (ACATs) catalyse the transfer of an acyl group from acyl-coenzyme A to cholesterol to generate cholesteryl ester, the primary form in which cholesterol is stored in cells and transported in plasma. ACATs have gained attention as potential drug targets for the treatment of diseases such as atherosclerosis, Alzheimer's disease and cancer. Here we present the cryo-electron microscopy structure of human ACAT1 as a dimer of dimers. Each protomer consists of nine transmembrane segments, which enclose a cytosolic tunnel and a transmembrane tunnel that converge at the predicted catalytic site. Evidence from structure-guided mutational analyses suggests that acyl-coenzyme A enters the active site through the cytosolic tunnel, whereas cholesterol may enter from the side through the transmembrane tunnel. This structural and biochemical characterization helps to rationalize the preference of ACAT1 for unsaturated acyl chains, and provides insight into the catalytic mechanism of enzymes within the MBOAT family.
履歴
登録2019年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-20238
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sterol O-acyltransferase 1
B: Sterol O-acyltransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,5554
ポリマ－139,4912
非ポリマー2,0642
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area4090 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area43950 Å2

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要素

#1: タンパク質 Sterol O-acyltransferase 1 / Acyl-coenzyme A:cholesterol acyltransferase 1 / ACAT-1 / Cholesterol acyltransferase 1


分子量: 69745.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SOAT1, ACACT, ACACT1, ACAT, ACAT1, SOAT, STAT / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P35610, sterol O-acyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-3VV / S-{(3R,5R,9R)-1-[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-4-hydroxy-3-(phosphonooxy)tetrahydrofuran-2-yl]-3,5,9-trihydroxy-8,8-dimethyl-3,5-dioxido-10,14-dioxo-2,4,6-trioxa-11,15-diaza-3lambda~5~,5lambda~5~-diphosphaheptadecan-17-yl} (9Z)-octadec-9-enethioate (non-preferred name) / oleoyl-CoA / オレオイルCoA


分子量: 1031.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H68N7O17P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: ACAT1 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: unspecified
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.16_3549: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 358264 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0047692
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.92310928
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d14.0234777
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.1431103
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0061165

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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