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- PDB-6p2b: Tethered PXR-LBD/SRC-1p bound to Garcinoic Acid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6p2b
タイトルTethered PXR-LBD/SRC-1p bound to Garcinoic Acid
要素Nuclear receptor subfamily 1 group I member 2
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / Garcinoic Acid / nuclear receptor (核内受容体)
機能・相同性
機能・相同性情報


xenobiotic transport / intermediate filament cytoskeleton / steroid metabolic process / xenobiotic catabolic process / xenobiotic metabolic process / nuclear receptor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / SUMOylation of intracellular receptors / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity ...xenobiotic transport / intermediate filament cytoskeleton / steroid metabolic process / xenobiotic catabolic process / xenobiotic metabolic process / nuclear receptor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / SUMOylation of intracellular receptors / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / 細胞分化 / nuclear body / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / クロマチン / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / シグナル伝達 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / 核質
類似検索 - 分子機能
Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / 核内受容体 / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily ...Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / 核内受容体 / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NQD / Nuclear receptor subfamily 1 group I member 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Walton, W.G. / Pellock, S.J. / Redinbo, M.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)CA222469 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Garcinoic Acid Is a Natural and Selective Agonist of Pregnane X Receptor.
著者: Bartolini, D. / De Franco, F. / Torquato, P. / Marinelli, R. / Cerra, B. / Ronchetti, R. / Schon, A. / Fallarino, F. / De Luca, A. / Bellezza, G. / Ferri, I. / Sidoni, A. / Walton, W.G. / ...著者: Bartolini, D. / De Franco, F. / Torquato, P. / Marinelli, R. / Cerra, B. / Ronchetti, R. / Schon, A. / Fallarino, F. / De Luca, A. / Bellezza, G. / Ferri, I. / Sidoni, A. / Walton, W.G. / Pellock, S.J. / Redinbo, M.R. / Mani, S. / Pellicciari, R. / Gioiello, A. / Galli, F.
履歴
登録2019年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear receptor subfamily 1 group I member 2
B: Nuclear receptor subfamily 1 group I member 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,4567
ポリマ－78,3682
非ポリマー1,0885
水2,198122
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2050 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area26880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.992, 89.547, 107.531
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Nuclear receptor subfamily 1 group I member 2 / Orphan nuclear receptor PAR1 / Orphan nuclear receptor PXR / Pregnane X receptor / Steroid and ...Orphan nuclear receptor PAR1 / Orphan nuclear receptor PXR / Pregnane X receptor / Steroid and xenobiotic receptor / SXR


分子量: 39184.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR1I2, PXR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75469
#2: 化合物 ChemComp-NQD / (2Z,6E,10E)-13-[(2R)-6-hydroxy-2,8-dimethyl-3,4-dihydro-2H-1-benzopyran-2-yl]-2,6,10-trimethyltrideca-2,6,10-trienoic acid / garcinoic acid


分子量: 426.588 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H38O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド / ジメチルスルホキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.89 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 30% MPD, 100mM Imidazole, pH 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→29.63 Å / Num. obs: 36411 / % possible obs: 98.03 % / 冗長度: 5.2 % / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル解像度: 2.3→2.382 Å / Num. unique obs: 3612

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998:000)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3CTB

3ctb


解像度: 2.3→29.63 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.04
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2273 2000 5.49 %
Rwork0.186 --
obs0.1884 36409 98.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4672 0 74 122 4868
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084881
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2016571
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.9172959
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.118711
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006833
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.35750.31081410.25362440X-RAY DIFFRACTION99
2.3575-2.42120.30371440.24462457X-RAY DIFFRACTION99
2.4212-2.49240.29721500.23542455X-RAY DIFFRACTION99
2.4924-2.57280.28471250.22032470X-RAY DIFFRACTION99
2.5728-2.66470.27491510.20192427X-RAY DIFFRACTION99
2.6647-2.77130.2961440.20432464X-RAY DIFFRACTION99
2.7713-2.89740.241430.20672451X-RAY DIFFRACTION99
2.8974-3.050.23561420.20422475X-RAY DIFFRACTION98
3.05-3.24090.25761460.20962455X-RAY DIFFRACTION99
3.2409-3.49070.25391420.19732450X-RAY DIFFRACTION98
3.4907-3.84130.2191460.18332440X-RAY DIFFRACTION97
3.8413-4.39560.20261430.1572455X-RAY DIFFRACTION97
4.3956-5.53210.18191380.15882436X-RAY DIFFRACTION96
5.5321-29.63210.19651450.17312534X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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