PDB-6p1b: Transcription antitermination factor Q21

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6p1b

タイトル

Transcription antitermination factor Q21

要素

Q protein

キーワード

GENE REGULATION / RNA polymerase / DNA Binding / transcription / Q-dependent antitermination / Q antitermination factor

機能・相同性

Bacteriophage 933W, GpQ / Phage antitermination protein Q / negative regulation of termination of DNA-templated transcription / DNA binding / Q protein

機能・相同性情報

生物種

Phage 21 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.942 Å

データ登録者

Yin, Z. / Ebright, R.H.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2019
タイトル: Structural basis of Q-dependent antitermination.
著者: Zhou Yin / Jason T Kaelber / Richard H Ebright /

要旨: Lambdoid bacteriophage Q protein mediates the switch from middle to late bacteriophage gene expression by enabling RNA polymerase (RNAP) to read through transcription terminators preceding ...

履歴

登録	2019年5月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年6月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年9月11日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2019年9月25日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6p1b.cif.gz	192.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6p1b.ent.gz	155.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6p1b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/6p1b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/6p1b	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	20233C 20234C 6p18C 6p19C 6p1aC 6p1cSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2zae-2 3m1n-2 1ukx-d 2drp-2 2oqb-d 5edn-4 2edi-d 2fl7-d 5lpi-2 3ab7-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#40 - 2003年4月 RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Q protein

B: Q protein

ヘテロ分子

37.9 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Q protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
18.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Q protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
19 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	32.233, 78.905, 68.497
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.680, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 7 through 13 or resid 15...
2	1	(chain B and (resid 7 through 13 or resid 15...

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	(chain A and (resid 7 through 13 or resid 15...	A	7 - 13
1	2	1	(chain A and (resid 7 through 13 or resid 15...	A	15 - 47
1	3	1	(chain A and (resid 7 through 13 or resid 15...	A	53 - 98
1	4	1	(chain A and (resid 7 through 13 or resid 15...	A	100 - 110
1	5	1	(chain A and (resid 7 through 13 or resid 15...	A	7 - 156
1	6	1	(chain A and (resid 7 through 13 or resid 15...	A	7 - 156
1	7	1	(chain A and (resid 7 through 13 or resid 15...	A	7 - 156
1	8	1	(chain A and (resid 7 through 13 or resid 15...	A	7 - 156
1	9	1	(chain A and (resid 7 through 13 or resid 15...	A	7 - 156
2	1	1	(chain B and (resid 7 through 13 or resid 15...	B	7 - 13
2	2	1	(chain B and (resid 7 through 13 or resid 15...	B	15 - 98
2	3	1	(chain B and (resid 7 through 13 or resid 15...	B	100 - 1
2	4	1	(chain B and (resid 7 through 13 or resid 15...	B	6 - 156
2	5	1	(chain B and (resid 7 through 13 or resid 15...	B	154
2	6	1	(chain B and (resid 7 through 13 or resid 15...	B	6 - 156
2	7	1	(chain B and (resid 7 through 13 or resid 15...	B	6 - 156
2	8	1	(chain B and (resid 7 through 13 or resid 15...	B	6 - 156
2	9	1	(chain B and (resid 7 through 13 or resid 15...	B	6 - 156
2	10	1	(chain B and (resid 7 through 13 or resid 15...	B	6 - 156

#1: タンパク質	Q protein 分子量: 18668.789 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Phage 21 (ファージ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9XJQ6
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.67 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 3350, 200 mM Ammonium chloride

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.987 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月13日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.987 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.94→50 Å / Num. obs: 24533 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.063 / R_pim(I) all: 0.04 / R_rim(I) all: 0.075 / Χ²: 0.809 / Net I/σ(I): 11.9 / Num. measured all: 81795

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.94-1.97	2.9	0.506	1119	0.699	0.354	0.621	0.781	90
1.97-2.01	3.2	0.411	1236	0.826	0.264	0.49	0.796	96.1
2.01-2.05	3.5	0.396	1193	0.86	0.245	0.467	0.775	98.5
2.05-2.09	3.5	0.329	1220	0.891	0.204	0.388	0.846	98.1
2.09-2.14	3.4	0.253	1240	0.935	0.159	0.3	0.843	98.3
2.14-2.18	3.3	0.214	1207	0.943	0.136	0.254	0.867	98.4
2.18-2.24	3.3	0.185	1223	0.934	0.119	0.221	0.899	97.5
2.24-2.3	3.1	0.156	1227	0.939	0.103	0.188	0.93	95.9
2.3-2.37	3.4	0.133	1213	0.959	0.084	0.157	0.942	99
2.37-2.44	3.5	0.12	1241	0.972	0.075	0.142	0.883	99.1
2.44-2.53	3.5	0.107	1236	0.97	0.066	0.126	0.843	98.7
2.53-2.63	3.4	0.094	1233	0.977	0.059	0.111	0.881	98.7
2.63-2.75	3.3	0.079	1243	0.98	0.05	0.094	0.811	98.8
2.75-2.9	3.2	0.07	1202	0.984	0.046	0.084	0.774	96.4
2.9-3.08	3.5	0.066	1238	0.981	0.041	0.078	0.719	99.3
3.08-3.32	3.4	0.062	1237	0.984	0.039	0.073	0.723	98.8
3.32-3.65	3.3	0.056	1233	0.987	0.037	0.068	0.713	97.9
3.65-4.18	3.5	0.057	1260	0.986	0.035	0.067	0.683	99.2
4.18-5.26	3.4	0.057	1261	0.984	0.036	0.068	0.668	98.9
5.26-50	3.3	0.048	1271	0.991	0.031	0.058	0.824	98.5

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.14_3260	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6P1C

6p1c

解像度: 1.942→39.453 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 21.86

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2255	1996	8.4 %
R_work	0.1845	-	-
obs	0.188	23761	94.68 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 126.41 Å² / B_iso mean: 31.4145 Å² / B_iso min: 7.75 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.942→39.453 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2369	0	49	158	2576
B_iso mean	-	-	52.49	33.63	-
残基数	-	-	-	-	296

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	1317	X-RAY DIFFRACTION	10.888	TORSIONAL
1	2	B	1317	X-RAY DIFFRACTION	10.888	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.9418-1.9903	0.2616	83	0.2291	984	1067	59
1.9903-2.0441	0.2729	127	0.2305	1464	1591	89
2.0441-2.1043	0.2876	154	0.2248	1547	1701	97
2.1043-2.1722	0.247	156	0.2065	1614	1770	98
2.1722-2.2498	0.2251	142	0.1979	1575	1717	98
2.2498-2.3399	0.2657	139	0.1933	1607	1746	97
2.3399-2.4464	0.2207	150	0.1843	1614	1764	99
2.4464-2.5753	0.2326	155	0.1858	1599	1754	99
2.5753-2.7366	0.2261	145	0.1815	1640	1785	99
2.7366-2.9479	0.2295	146	0.1944	1595	1741	97
2.9479-3.2444	0.2469	146	0.1851	1624	1770	99
3.2444-3.7136	0.2183	144	0.1752	1590	1734	98
3.7136-4.6775	0.1853	153	0.1511	1664	1817	99
4.6775-39.4606	0.2041	156	0.1809	1648	1804	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2087	-1.4625	-1.1395	5.6442	3.0225	2.3275	0.0797	0.0722	0.0305	-0.8922	-0.1452	-0.064	-0.0821	0.0725	-0.056	0.2056	0.0186	0.0033	0.1078	0.019	0.1283	7.6221	-2.4234	-4.5554
2	1.8619	0.1283	-1.0838	3.4081	-0.1907	5.3657	0.053	-0.1017	0.103	0.3016	-0.0001	-0.2125	-0.0193	0.1399	-0.0192	0.1436	-0.0508	-0.0036	0.0868	0.0143	0.0991	9.7837	-5.4123	11.2133
3	2.0763	-1.7875	1.429	4.01	1.0482	3.0844	0.0556	-0.4042	-0.5297	0.7721	0.0611	0.8016	0.2904	-0.45	-0.0397	0.419	-0.1647	0.0193	0.3133	0.1058	0.3068	4.5391	-14.6644	19.5443
4	0.3228	0.1331	1.0039	0.7483	0.2515	3.1608	-0.0818	-0.667	-0.7225	0.5011	-0.0702	0.0861	0.5053	0.1297	-0.0425	0.6323	0.0118	-0.021	0.3313	0.2145	0.4495	12.5703	-19.0411	18.3409
5	1.0931	1.9026	-0.6724	5.3216	0.6647	2.0893	-0.0001	-0.8401	-0.4245	0.8953	-0.0151	-0.9253	-0.0159	0.3236	0.0088	0.3091	-0.0549	-0.1126	0.3149	-0.0001	0.2832	13.2568	-3.1976	17.1239
6	1.5197	-0.5566	0.6596	2.5264	1.9323	2.6361	0.1338	-0.5033	-0.2342	0.3223	-0.1057	0.3082	0.1995	-0.2387	0.4022	0.1801	-0.1138	0.0275	0.2421	0.0274	0.1734	1.1361	-9.6707	11.5221
7	1.9842	0.1436	-1.3439	0.2837	0.5545	2.4763	0.0176	-0.1275	-0.358	0.0094	0.0299	0.0767	0.4543	0.2999	-0.0236	0.2018	0.0345	-0.0526	0.1042	0.0282	0.2333	16.8271	-17.078	6.1839
8	6.6548	2.964	1.6526	2.4518	2.1543	2.2317	0.0128	0.4141	0.1712	0.0198	-0.1623	0.2902	-0.1256	-0.1666	-0.0085	0.2017	0.1006	-0.0475	0.1997	0.0215	0.2399	22.0947	-31.0911	-3.7615
9	1.6864	0.772	0.2611	3.0503	1.7948	1.231	-0.1489	0.1278	0.1331	-0.9415	0.1517	-0.4619	-0.2731	0.2375	0.0468	0.3394	0.0271	0.0613	0.1547	0.0239	0.2417	26.4871	-31.3675	-9.8087
10	4.1425	-1.9204	-0.3336	2.9068	0.5074	2.306	0.1692	0.0048	-0.0798	-0.2063	-0.1589	0.1906	0.0658	-0.2297	0.0381	0.1353	0.0016	-0.0257	0.1166	-0.0302	0.0903	6.4646	-9.9394	0.3303
11	2.6598	0.8721	-0.6803	3.1427	0.0467	4.328	-0.0844	-0.0526	-0.2263	0.0342	-0.0316	0.0289	0.0985	0.0119	0.0682	0.1132	0.0663	0.0208	0.1632	-0.003	0.0835	20.3203	-43.0015	25.851
12	5.9915	0.9339	-3.6809	5.7272	-2.7563	3.2054	-0.162	0.9877	0.2758	-0.8473	0.1278	0.1973	-0.2055	-0.3799	-0.2826	0.5316	0.1402	0.0135	0.3769	0.0728	0.1833	18.6591	-29.4945	15.2152
13	2.7505	-0.4646	-0.5327	4.2432	0.9016	1.8961	-0.0192	0.6861	0.2348	-0.4688	-0.0278	-0.1647	0.0658	-0.2918	-0.0989	0.1897	0.067	0.0044	0.3535	0.0269	0.1501	19.815	-39.5031	17.8967
14	4.0613	-0.683	0.3035	3.8679	0.2737	2.8414	-0.0029	0.0592	0.3802	-0.2313	0.1318	0.0211	-0.2304	0.0133	0.0039	0.1368	0.0665	0.0224	0.1437	-0.0258	0.1584	24.1487	-31.6771	25.8855
15	3.3784	-1.0484	-0.5272	6.8131	5.6428	8.5344	-0.318	0.0242	0.0177	-0.0591	0.3628	0.1463	-0.3558	0.5947	0.0344	0.1425	-0.0009	0.0206	0.2381	-0.0117	0.2561	34.5518	-22.7155	33.4425
16	1.3929	0.9785	-0.2021	2.5627	-1.0502	0.4693	-0.1933	-0.1705	-0.3054	0.7177	0.3525	-0.284	0.3645	0.7181	0.2434	0.3317	0.1335	-0.0923	0.2592	-0.0494	0.3296	37.3896	-16.4779	44.163
17	4.6415	1.4588	-0.6144	2.5769	0.3272	1.8667	-0.1076	-0.0935	-0.0596	0.0896	-0.0284	0.0974	0.1955	-0.3106	0.1147	0.1264	0.0442	0.054	0.211	-0.039	0.1271	17.7437	-37.9167	32.3708

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 6 through 15 )	B	6 - 15
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 16 through 28 )	B	16 - 28
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 29 through 41 )	B	29 - 41
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 42 through 46 )	B	42 - 46
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 47 through 59 )	B	47 - 59
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 60 through 74 )	B	60 - 74
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 75 through 103 )	B	75 - 103
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 104 through 111 )	B	104 - 111
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 112 through 122 )	B	112 - 122
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 123 through 156 )	B	123 - 156
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 7 through 33 )	A	7 - 33
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 34 through 45 )	A	34 - 45
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 46 through 74 )	A	46 - 74
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'A' and (resid 75 through 93 )	A	75 - 93
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'A' and (resid 94 through 112 )	A	94 - 112
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'A' and (resid 113 through 122 )	A	113 - 122
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'A' and (resid 123 through 156 )	A	123 - 156

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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