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- PDB-6ozu: Crystal structure of the MIF4G domain of Trypanosoma cruzi transl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ozu
タイトルCrystal structure of the MIF4G domain of Trypanosoma cruzi translation initiation factor EIF4G5
要素Eukaryotic translation initiation factor 4 gamma 5
キーワードTRANSLATION / Initiation Factor / EIF4G
機能・相同性: / MIF4G domain / MIF4G-like, type 3 / translation initiation factor activity / Armadillo-type fold / RNA binding / Eukaryotic translation initiation factor 4 gamma 5 / MIF4G domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Guimaraes, B.G. / Santos, L.P.C.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2019
タイトル: Crystal structure of the MIF4G domain of the Trypanosoma cruzi translation initiation factor EIF4G5.
著者: Camillo Dos Santos, L.P. / de Matos, B.M. / de Maman Ribeiro, B.C. / Zanchin, N.I.T. / Guimaraes, B.G.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2019
タイトル: Crystal structure of the MIF4G domain of the Trypanosoma cruzi translation initiation factor EIF4G5
著者: Santos, L.P.C. / Matos, B.M. / Ribeiro, B.C.M. / Zanchin, N.I.T. / Guimaraes, B.G.
履歴
登録2019年5月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年5月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Eukaryotic translation initiation factor 4 gamma 5
B: Eukaryotic translation initiation factor 4 gamma 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,29921
ポリマ－56,4972
非ポリマー1,80119
水1,71195
1
A: Eukaryotic translation initiation factor 4 gamma 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,19711
ポリマ－28,2491
非ポリマー94910
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Eukaryotic translation initiation factor 4 gamma 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,10110
ポリマ－28,2491
非ポリマー8539
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8700 Å2
ΔGint-205 kcal/mol
Surface area20690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.100, 70.100, 303.500
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 4 gamma 5 / Putative eukaryotic translation initiation factor 4 gamma


分子量: 28248.568 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 142-371 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
遺伝子: C3747_125g24, TcCL_ESM06007 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A2V2WAU2, UniProt: Q4DAD2*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.72 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: sodium cacodylate 0.1 M, ammonium sulfate 2 M

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 1.051 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.051 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 30916 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 12.7 % / Biso Wilson estimate: 66.66 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 19.66
反射 シェル解像度: 2.4→2.54 Å / 冗長度: 13 % / Mean I/σ(I) obs: 0.94 / Num. unique obs: 62721 / CC1/2: 0.7 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→48.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / SU R Cruickshank DPI: 0.346 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.37 / SU Rfree Blow DPI: 0.253 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.251
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.243 1265 5.09 %RANDOM
Rwork0.201 ---
obs0.203 24865 80.3 %-
原子変位パラメータBiso max: 172.91 Å2 / Biso mean: 74.08 Å2 / Biso min: 35.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.6914 Å20 Å20 Å2
2--6.6914 Å20 Å2
3----13.3827 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.36 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→48.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3789 0 101 95 3985
Biso mean--120.02 61.89 -
残基数----469
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1412SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes671HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3953HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion496SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4558SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3953HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg5342HARMONIC21.13
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.58
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.99
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2336 22 4.42 %
Rwork0.2672 476 -
all0.2657 498 -
obs--29.89 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.91521.38941.1841.99850.41351.7486-0.1303-0.0428-0.0622-0.5718-0.22080.0687-0.0518-0.19990.35110.2330.11370.0678-0.2802-0.0822-0.3476-22.99625.54428.0073
22.39971.1978-2.13672.885-1.14635.6984-0.1722-0.3015-0.1776-0.2261-0.5978-0.0644-0.3868-0.32880.770.00940.12430.0331-0.0019-0.0887-0.3492-22.28560.472858.5219
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A144 - 378
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B143 - 376

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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