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- PDB-6oyz: Crystal structure of MraY bound to capuramycin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6oyz
タイトルCrystal structure of MraY bound to capuramycin
要素
  • MraYAA nanobody
  • Phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase
キーワードMEMBRANE PROTEIN/TRANSFERASE / peptidoglycan biosynthesis / antibiotic target / integral membrane enzyme / translocase / MEMBRANE PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN-TRANSFERASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase / phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase activity / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamyl-meso-2,6-diaminopimelyl-D-alanyl-D-alanine:undecaprenyl-phosphate transferase activity / cell wall macromolecule biosynthetic process / phosphotransferase activity, for other substituted phosphate groups / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell division / metal ion binding ...phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase / phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase activity / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamyl-meso-2,6-diaminopimelyl-D-alanyl-D-alanine:undecaprenyl-phosphate transferase activity / cell wall macromolecule biosynthetic process / phosphotransferase activity, for other substituted phosphate groups / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell division / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide transferase / Phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide transferase, conserved site / Phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase signature 1 / MraY family signature 1. / MraY family signature 2. / Glycosyl transferase, family 4 / Glycosyl transferase family 4
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NKM / Phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Lama glama (ラマ)
Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.62 Å
データ登録者Mashalidis, E.H. / Lee, S.Y.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Chemical logic of MraY inhibition by antibacterial nucleoside natural products.
著者: Mashalidis, E.H. / Kaeser, B. / Terasawa, Y. / Katsuyama, A. / Kwon, D.Y. / Lee, K. / Hong, J. / Ichikawa, S. / Lee, S.Y.
履歴
登録2019年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月17日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_struct_assembly_gen
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: MraYAA nanobody
A: Phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase
G: MraYAA nanobody
C: Phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase
F: MraYAA nanobody
B: Phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase
H: MraYAA nanobody
D: Phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)224,6199
ポリマ－224,0498
非ポリマー5701
水00
1
E: MraYAA nanobody
A: Phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,5823
ポリマ－56,0122
非ポリマー5701
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
G: MraYAA nanobody
C: Phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,0122
ポリマ－56,0122
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
F: MraYAA nanobody
B: Phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,0122
ポリマ－56,0122
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
H: MraYAA nanobody
D: Phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,0122
ポリマ－56,0122
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)93.759, 128.067, 129.516
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.82, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: 抗体
MraYAA nanobody


分子量: 15057.651 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質
Phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase / UDP-MurNAc-pentapeptide phosphotransferase


分子量: 40954.684 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (strain VF5) (バクテリア)
株: VF5 / 遺伝子: mraY, aq_053 / Variant: VF5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O66465, phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase
#3: 化合物 ChemComp-NKM / (2~{S},3~{S},4~{S})-2-[(1~{R})-2-azanyl-1-[(2~{S},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[2,4-bis(oxidanylidene)pyrimidin-1-yl]-3-methoxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]-2-oxidanylidene-ethoxy]-3,4-bis(oxidanyl)-~{N}-[(3~{S})-2-oxidanylideneazepan-3-yl]-3,4-dihydro-2~{H}-pyran-6-carboxamide / カプラマイシン


分子量: 569.519 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H31N5O12
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.42 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 18% polyethylene glycol 4000, 0.4 M ammonium thiocyanate, 0.1 M sodium acetate pH 4.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.62→87.64 Å / Num. obs: 32765 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 15.2 % / CC1/2: 0.989 / Net I/σ(I): 10.25
反射 シェル解像度: 3.62→3.749 Å / Num. unique obs: 3244 / CC1/2: 0.343

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5CKR

5ckr


解像度: 3.62→87.637 Å / SU ML: 0.64 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 35.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3008 1420 4.34 %
Rwork0.2767 --
obs0.2777 32752 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.62→87.637 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12904 0 40 0 12944
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00513254
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7518125
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.3984259
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0492198
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042219
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.6201-3.74950.3951370.37293101X-RAY DIFFRACTION100
3.7495-3.89960.32011350.31683144X-RAY DIFFRACTION100
3.8996-4.07710.36981470.29343108X-RAY DIFFRACTION100
4.0771-4.2920.31491420.26423096X-RAY DIFFRACTION100
4.292-4.56090.25661400.23823140X-RAY DIFFRACTION100
4.5609-4.91310.26731440.22363133X-RAY DIFFRACTION100
4.9131-5.40740.31051430.25463122X-RAY DIFFRACTION100
5.4074-6.18970.31891370.28383144X-RAY DIFFRACTION100
6.1897-7.79760.28261470.28893142X-RAY DIFFRACTION100
7.7976-87.66230.29091480.28773202X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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