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- PDB-6oy4: Crystal structure of complex between recombinant Der p 2.0103 and... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6oy4
タイトルCrystal structure of complex between recombinant Der p 2.0103 and Fab fragment of 7A1
要素
  • Der p 2 variant 3
  • Fab fragment of IgG, HEAVY CHAIN
  • Fab fragment of IgG, LIGHT CHAIN
キーワードallergen/immune system / Allergen / dust mite / antibody binding / allergen-immune system complex
機能・相同性
機能・相同性情報


sterol binding / sterol transport / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Sterol transport protein NPC2-like / Immunoglobulin-like - #770 / ML domain / MD-2-related lipid-recognition domain / Domain involved in innate immunity and lipid metabolism. / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Der p 2 variant 3 / Mite group 2 allergen Der p 2
類似検索 - 構成要素
生物種Dermatophagoides pteronyssinus (ダニ)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Kapingidza, A.B. / Offermann, L.R. / Glesner, J. / Wunschmann, S. / Vailes, L.D. / Chapman, M.D.C. / Pomes, A. / Chruszcz, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI077653 米国
引用ジャーナル: J Immunol. / 年: 2019
タイトル: A Human IgE Antibody Binding Site on Der p 2 for the Design of a Recombinant Allergen for Immunotherapy.
著者: Glesner, J. / Kapingidza, A.B. / Godzwon, M. / Offermann, L.R. / Mueller, G.A. / DeRose, E.F. / Wright, P. / Richardson, C.M. / Woodfolk, J.A. / Vailes, L.D. / Wunschmann, S. / London, R.E. / ...著者: Glesner, J. / Kapingidza, A.B. / Godzwon, M. / Offermann, L.R. / Mueller, G.A. / DeRose, E.F. / Wright, P. / Richardson, C.M. / Woodfolk, J.A. / Vailes, L.D. / Wunschmann, S. / London, R.E. / Chapman, M.D. / Ohlin, M. / Chruszcz, M. / Pomes, A.
履歴
登録2019年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年3月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32021年8月4日Group: Structure summary / カテゴリ: entity / entity_name_com / Item: _entity.pdbx_description
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Der p 2 variant 3
C: Fab fragment of IgG, LIGHT CHAIN
D: Fab fragment of IgG, HEAVY CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,7194
ポリマ－61,6233
非ポリマー961
水3,981221
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5070 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area25560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)180.094, 43.336, 105.935
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 125.29, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Der p 2 variant 3


分子量: 14141.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dermatophagoides pteronyssinus (ダニ)
発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: I2CMD6, UniProt: P49278*PLUS
#2: 抗体 Fab fragment of IgG, LIGHT CHAIN


分子量: 23566.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): 7A1-H1-G3 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体 Fab fragment of IgG, HEAVY CHAIN


分子量: 23914.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): 7A1-H1-G3 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.34 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 100 mM Bis-Tris, 200 mM ammonium acetate, 30-55% 2-methyl-2,4-pentanediol at pH 6.5 (well solution)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→40 Å / Num. obs: 23826 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.114 / Rpim(I) all: 0.074 / Rrim(I) all: 0.133 / Rsym value: 0.114 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 2.45→2.49 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.528 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 1143 / CC1/2: 0.628 / Rpim(I) all: 0.325 / Rrim(I) all: 0.547 / Rsym value: 0.528 / % possible all: 92.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1KTJ, 3RVT

1ktj

3rvt


解像度: 2.45→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.489 / ESU R Free: 0.292 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26003 1142 4.8 %RANDOM
Rwork0.20305 ---
obs0.20583 22564 94.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 42.886 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.73 Å2-0 Å2-0.79 Å2
2--3.61 Å2-0 Å2
3----0.38 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.45→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4191 0 5 221 4417
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.024301
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.023788
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4361.9425859
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.90438851
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.975548
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.2125.263171
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.67315661
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.9161510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2657
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0214772
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.02818
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2543.0452213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2543.0442212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.274.5482754
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.274.5482755
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.9723.0162088
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.9693.0082085
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.694.4843099
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.50933.3184391
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.41933.2114369
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.45→2.513 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.312 95 -
Rwork0.257 1568 -
obs--90.48 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.58070.58050.64051.9647-0.56912.61210.0418-0.6506-0.71340.27010.0425-0.09090.0673-0.0114-0.08430.07010.06660.03660.3510.24370.24849.327-45.54917.386
20.62160.26940.2570.2655-0.03761.2811-0.11690.0903-0.0567-0.02580.03680.001-0.23340.12070.08010.1348-0.01910.00890.038-0.00010.028943.129-19.917-14.829
31.09680.4407-0.5880.3089-0.08341.5092-0.0380.1848-0.1357-0.02520.0187-0.0193-0.1992-0.22660.01940.08920.04530.01270.087-0.03830.036626.33-22.93-21.912
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 129
2X-RAY DIFFRACTION2C1 - 216
3X-RAY DIFFRACTION3D1 - 221

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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