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- PDB-6oxn: 2.6 Angstrom structure of W45F/H46S Glyoxylate/Hydroxypyruvate re... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6oxn
タイトル2.6 Angstrom structure of W45F/H46S Glyoxylate/Hydroxypyruvate reductase A from Escherichia Coli in complex with glyoxylate and NADP
要素Glyoxylate/hydroxypyruvate reductase A
キーワードOXIDOREDUCTASE / reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


hydroxypyruvate reductase / glyoxylate reductase (NADP+) / hydroxypyruvate reductase (NADH) activity / hydroxypyruvate reductase [NAD(P)H] activity / glyoxylate reductase (NADPH) activity / NAD binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glyoxylate/hydroxypyruvate reductase A, Enterobacterales / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 3. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD binding domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLYOXYLIC ACID / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Glyoxylate/hydroxypyruvate reductase A / Glyoxylate/hydroxypyruvate reductase A
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.61 Å
データ登録者Vuksanovic, N. / Silvaggi, N.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: 2.1 Angstrom structure of wild type Glyoxylate/Hydroxypyruvate reductase A from Escherichia Coli in complex with glyoxylate and NADP
著者: Vuksanovic, N.
履歴
登録2019年5月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月17日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glyoxylate/hydroxypyruvate reductase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0757
ポリマ－36,0961
非ポリマー9796
水2,126118
1
A: Glyoxylate/hydroxypyruvate reductase A
ヘテロ分子

A: Glyoxylate/hydroxypyruvate reductase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,14914
ポリマ－72,1922
非ポリマー1,95712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_564x,x-y+1,-z-1/61
Buried area8820 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area25470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)158.960, 158.960, 94.540
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-618-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Glyoxylate/hydroxypyruvate reductase A / 2-ketoacid reductase


分子量: 36096.098 Da / 分子数: 1 / 変異: W45F, H46S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain B / BL21-DE3) (大腸菌)
株: B / BL21-DE3 / 遺伝子: ghrA, ECBD_2566 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A0A140NAE3, UniProt: P75913*PLUS, glyoxylate reductase (NADP+), hydroxypyruvate reductase

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非ポリマー , 5種, 124分子

#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#4: 化合物 ChemComp-GLV / GLYOXYLIC ACID / GLYOXALATE / GLYOXYLATE / グリオキシル酸


分子量: 74.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H2O3
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.25 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: 22% PEG 4000, 0.1 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate 2.5 mM NADP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.61→79.48 Å / Num. obs: 21320 / % possible obs: 97.03 % / 冗長度: 37.1 % / Biso Wilson estimate: 36.74 Å2 / CC1/2: 0.887 / Rmerge(I) obs: 0.7276 / Rpim(I) all: 0.1151 / Rsym value: 0.7374 / Net I/σ(I): 82.87
反射 シェル解像度: 2.61→2.6753 Å / Num. unique obs: 2100 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3KBO

3kbo


解像度: 2.61→79.48 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.78
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1885 2000 9.4 %
Rwork0.1521 --
obs0.1555 21269 97.04 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.61→79.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2488 0 62 118 2668
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072615
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9693565
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0351555
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05384
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005458
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.61-2.67530.28331410.18911360X-RAY DIFFRACTION98
2.6753-2.74760.22971410.16521361X-RAY DIFFRACTION98
2.7476-2.82850.22631410.17281359X-RAY DIFFRACTION98
2.8285-2.91980.19421410.16231355X-RAY DIFFRACTION98
2.9198-3.02420.19521420.15491367X-RAY DIFFRACTION98
3.0242-3.14520.19191410.14321357X-RAY DIFFRACTION97
3.1452-3.28840.21131430.1421376X-RAY DIFFRACTION98
3.2884-3.46180.19151410.13951363X-RAY DIFFRACTION97
3.4618-3.67870.16581420.13821374X-RAY DIFFRACTION97
3.6787-3.96270.15791430.12361367X-RAY DIFFRACTION97
3.9627-4.36140.16691410.12561371X-RAY DIFFRACTION97
4.3614-4.99250.16081450.13521391X-RAY DIFFRACTION96
4.9925-6.28960.2031440.17271397X-RAY DIFFRACTION96
6.2896-79.51680.20011540.20821471X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -18.5999 Å / Origin y: 64.0153 Å / Origin z: -18.6752 Å
111213212223313233
T0.2036 Å2-0.0387 Å2-0.0107 Å2-0.231 Å2-0.011 Å2--0.2449 Å2
L0.8816 °2-0.11 °2-0.4975 °2-0.3651 °20.1542 °2--1.0071 °2
S0.0063 Å °0.0569 Å °-0.1118 Å °0.0012 Å °-0.0217 Å °0.0584 Å °0.0614 Å °-0.025 Å °0.0194 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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