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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ow7 | ||||||
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タイトル | X-ray Structure of Polypeptide Deformylase with a Piperazic Acid | ||||||
![]() | Peptide deformylase | ||||||
![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Inhibitor / complex / metal protein / enzyme / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() co-translational protein modification / peptide deformylase / peptide deformylase activity / translation / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Campobasso, N. / Spletstoser, J. / Ward, P. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Discovery of piperazic acid peptide deformylase inhibitors with in vivo activity for respiratory tract and skin infections. 著者: Spletstoser, J.T. / Dreabit, J. / Knox, A.N. / Benowitz, A. / Campobasso, N. / Ward, P. / Cui, G. / Lewandowski, T. / McCloskey, L. / Aubart, K.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 116.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 73 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 25.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22589.854 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: defB, def, def_1, def_2, def_3, A5N45_09745, ERS019420_01538, ERS019688_00954, ERS020178_05158, ERS020534_01685, ERS020726_00048, ERS021057_00383, ERS021733_04069, ERS050646_01998, ...遺伝子: defB, def, def_1, def_2, def_3, A5N45_09745, ERS019420_01538, ERS019688_00954, ERS020178_05158, ERS020534_01685, ERS020726_00048, ERS021057_00383, ERS021733_04069, ERS050646_01998, ERS367886_01588, ERS409327_03241, ERS409593_03947, KK0981_34260, NCTC12140_00964 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q939R9, UniProt: Q8DP79*PLUS, peptide deformylase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.69 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1 % - 4 % PEG400 45 % - 55% Ammonium Sulfate 0.1 M HEPES |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 173 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.45→38.28 Å / Num. obs: 72134 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 20.58 Å2 / Net I/σ(I): 42.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.45→1.5 Å / Num. unique obs: 5088 / % possible all: 66.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.45 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.45→38.28 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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