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万見
- PDB-6ovz: Crystal structure of the New Delhi metallo-beta-lactamase-1 adduc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ovz
タイトルCrystal structure of the New Delhi metallo-beta-lactamase-1 adduct with a lysine-targeted affinity label
要素(Beta-lactamase) x 2
キーワードHYDROLASE / NDM-1 / affinity-label / covalent inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase / hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
benzyl hydroxycarbamate / benzyl (carboxyoxy)carbamate / Metallo-beta-lactamase type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.017 Å
データ登録者Monzingo, A.F. / Fast, W. / Thomas, P.W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM111926 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2019
タイトル: A Lysine-Targeted Affinity Label for Serine-beta-Lactamase Also Covalently Modifies New Delhi Metallo-beta-lactamase-1 (NDM-1).
著者: Thomas, P.W. / Cammarata, M. / Brodbelt, J.S. / Monzingo, A.F. / Pratt, R.F. / Fast, W.
履歴
登録2019年5月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02023年5月17日Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Polymer sequence / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / cell ...atom_site / cell / chem_comp / database_2 / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_mod_residue / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref / struct_ref_seq / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.type_symbol / _cell.Z_PDB / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_entity_instance_feature.auth_comp_id / _pdbx_entity_instance_feature.comp_id / _pdbx_poly_seq_scheme.entity_id / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq.ref_id / _struct_site.pdbx_num_residues
改定 2.12023年10月25日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 2.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,62212
ポリマ－49,7712
非ポリマー85110
水3,981221
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2060 Å2
ΔGint-231 kcal/mol
Surface area17770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.023, 73.903, 145.584
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Beta-lactamase / BlaNDM-1 / BlaNDM-1 metallo beta lactamase / Metallo-beta-lactamase / Metallo-beta-lactamase NDM-1 ...BlaNDM-1 / BlaNDM-1 metallo beta lactamase / Metallo-beta-lactamase / Metallo-beta-lactamase NDM-1 / NDM-1 / NDM-1 metallo-beta-lactamase / New Delhi metallo-beta-lactamase NDM-1 / Subclass B1 metallo-beta-lactamase / Subclass B1 metallo-beta-lactamase NDM-1


分子量: 24863.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: blaNDM-1, bla NDM-1, APU18_05360, AZ95_0035, BANRA_05542, BET08_16280, BVL39_26630, C0R28_25820, C6985_28190, D3O91_26550, DWB25_28700, ECS01_0033, EOL26_24905, MS6198_A142, NDM1Dok01_ ...遺伝子: blaNDM-1, bla NDM-1, APU18_05360, AZ95_0035, BANRA_05542, BET08_16280, BVL39_26630, C0R28_25820, C6985_28190, D3O91_26550, DWB25_28700, ECS01_0033, EOL26_24905, MS6198_A142, NDM1Dok01_N0175, pNDM102337_147, pNDM10505_149
プラスミド: pet27b-strep-NDM-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: E5KIY2
#2: タンパク質 Beta-lactamase / Beta-lactamase NDM-1 / BlaNDM-1 / BlaNDM-1 metallo beta lactamase / Metallo-beta-lactamase / NDM-1 ...Beta-lactamase NDM-1 / BlaNDM-1 / BlaNDM-1 metallo beta lactamase / Metallo-beta-lactamase / NDM-1 / NDM-1 metallo-beta-lactamase / New Delhi metallo-beta-lactamase NDM-1 / New Delhi metallo-beta-lactamase-1 / Subclass B1 metallo-beta-lactamase NDM-1


分子量: 24906.928 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: blaNDM-1, bla NDM-1, A9X72_27270, AZ95_0035, BANRA_05542, E4K51_24975, ECS01_0033, G5603_25730, G9448_24155, NDM1Dok01_N0175, pNDM102337_147, pNDM10505_149
プラスミド: pet27b-strep-NDM-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: E5KIY2

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非ポリマー , 5種, 231分子

#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-N9M / benzyl (carboxyoxy)carbamate


分子量: 211.171 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H9NO5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-N9J / benzyl hydroxycarbamate / ヒドロキシカルバミド酸ベンジル


分子量: 167.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H9NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.19 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.2 M calcium chloride dihydrate, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月20日
放射モノクロメーター: single crystal, cylindrically bent, Si (220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.017→50 Å / Num. obs: 28507 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 19.76 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
2.017-2.055.60.54514080.557198.1
2.05-2.096.40.49813740.591199.3
2.09-2.137.10.44413810.601199.6
2.13-2.187.20.38314090.655199.6
2.18-2.227.30.34213750.663199.8
2.22-2.277.20.31714160.701199.7
2.27-2.337.30.30814150.703199.8
2.33-2.397.20.28914010.72199.7
2.39-2.477.30.25714070.762199.9
2.47-2.547.30.22414020.799199.9
2.54-2.647.20.20614170.851100
2.64-2.747.20.1714140.9051100
2.74-2.877.20.15714060.9761100
2.87-3.027.20.13114481.0371100
3.02-3.217.20.11214121.2081100
3.21-3.457.10.0914351.3961100
3.45-3.870.07914451.6251100
3.8-4.356.80.07514751.921100
4.35-5.486.70.06314751.6851100
5.48-506.40.05715921.714199.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3s0z

3s0z


解像度: 2.017→40.564 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.58
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2305 1385 5.04 %
Rwork0.1833 --
obs0.1857 27482 95.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 82.98 Å2 / Biso mean: 19.1601 Å2 / Biso min: 7.68 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.017→40.564 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3314 0 37 221 3572
Biso mean--34.08 21.35 -
残基数----454
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0165-2.08860.27281050.20212267237285
2.0886-2.17220.27551370.1962524266193
2.1722-2.27110.25881650.18392494265995
2.2711-2.39080.2971330.19182559269295
2.3908-2.54050.22731400.19542568270896
2.5405-2.73670.26861290.19722643277298
2.7367-3.0120.29981220.20282700282298
3.012-3.44760.24291380.18742685282399
3.4476-4.34290.17711620.160527632925100
4.3429-40.57260.18571540.170628943048100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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