PDB-6ovx: Crystal structure of mithramycin 3-side chain keto-reductase MtmW...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ovx

タイトル

Crystal structure of mithramycin 3-side chain keto-reductase MtmW in complex with NAD+, P422 form

要素

Putative side chain reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Natural product / Biosynthesis / Aureolic acid / Reductase

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleotide binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces argillaceus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Hou, C. / Yu, X. / Rohr, J. / Tsodikov, O.V.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2020
タイトル: Discovery of a Cryptic Intermediate in Late Steps of Mithramycin Biosynthesis.
著者: Wheeler, R. / Yu, X. / Hou, C. / Mitra, P. / Chen, J.M. / Herkules, F. / Ivanov, D.N. / Tsodikov, O.V. / Rohr, J.

履歴

登録	2019年5月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年11月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ovx.cif.gz	132.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ovx.ent.gz	101.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ovx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ovx_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ovx_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	6ovx_validation.xml.gz	23.9 KB	表示
CIF形式データ	6ovx_validation.cif.gz	33.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/6ovx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/6ovx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ovqSC 6ow0C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ovq-2 6ovq-1 6ow0-2 1zsx-1 6ow0-1 4cry-1 2r9r-4 4crz-1 3eau-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Putative side chain reductase

B: Putative side chain reductase

ヘテロ分子

74.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative side chain reductase

ヘテロ分子

A: Putative side chain reductase

ヘテロ分子

A: Putative side chain reductase

ヘテロ分子

A: Putative side chain reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
149 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Putative side chain reductase

ヘテロ分子

B: Putative side chain reductase

ヘテロ分子

B: Putative side chain reductase

ヘテロ分子

B: Putative side chain reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
149 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	124.479, 124.479, 107.066
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	89
Space group name H-M	P422

詳細

Size-exclusion indicates a tetramer or an octamer, PISA analysis indicates tetramer

#1: タンパク質	Putative side chain reductase 分子量: 36337.352 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces argillaceus (バクテリア) 遺伝子: mtmW / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q194Q1*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	MtmW sequence corresponds to the GenBank accession code MK907881

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.89 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 1mM NADP+ (with protein), reservoir: 16% PEG 1500, 0.1M Na-Citrate, pH 6.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 49578 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.6 % / R_merge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 23.7
反射シェル	解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 9 % / R_merge(I) obs: 0.673 / Num. unique obs: 2406 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6OVQ

6ovq

解像度: 2.1→35 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 4.967 / SU ML: 0.129 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.182 / ESU R Free: 0.159 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2321	2489	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20486	-	-	-
obs	0.20622	46759	99.22 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.802 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.48 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.48 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.96 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.1→35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4540	0	77	156	4773

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.013	4699
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.017	4454
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.329	1.658	6386
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.244	1.582	10247
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.421	5	589
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.461	20.247	243
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.388	15	762
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.959	15	47
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.059	0.2	602
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	5237
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1021
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.849	3.979	2374
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.849	3.978	2373
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.821	5.951	2957
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.82	5.953	2958
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.355	4.445	2325
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.355	4.445	2326
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.756	6.565	3430
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.21	47.131	5028
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.183	47.096	5008
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.246	166	-
R_work	0.25	3217	-
obs	-	-	94.39 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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