PDB-6osv: Potent and Selective Antitumor Antibody Targeting a Membrane-Prox...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6osv

タイトル

Potent and Selective Antitumor Antibody Targeting a Membrane-Proximal Epitope of ROR2

要素

Antibody heavy chain variable region
Antibody light chain variable region
Tyrosine-protein kinase transmembrane receptor ROR2

キーワード

immune sytem/transferase / Single chain Fv / ScFv / Antibody / ROR2 / Kringle domain / receptor tyrosine kinase-like orphan receptor / Phage display / IMMUNE SYSTEM / immune sytem-transferase complex

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of synaptic signaling by nitric oxide / macrophage migration / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / Wnt-protein binding / positive regulation of macrophage differentiation / male genitalia development / astrocyte development / mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding / PCP/CE pathway / regulation of postsynapse organization ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.34 Å

データ登録者

Park, H. / Rader, C.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Affinity maturation, humanization, and co-crystallization of a rabbit anti-human ROR2 monoclonal antibody for therapeutic applications.
著者: Goydel, R.S. / Weber, J. / Peng, H. / Qi, J. / Soden, J. / Freeth, J. / Park, H. / Rader, C.

履歴

登録	2019年5月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年4月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年5月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6osv.cif.gz	189.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6osv.ent.gz	160 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6osv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/os/6osv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/os/6osv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6oshC 6osnC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6tru-3 5b8c-2 6osh-d 5rz7-d 6yjg-d 5ryn-d 5ko3-d 5g6v-2 5rzt-d 5cxi-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #25 - 2002年1月トロンビン (Thrombin) 類似性 (8) #88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #185 - 2015年5月タイチン (Titin) 類似性 (2) #83 - 2006年11月フィブリン (Fibrin) 類似性 (8) #267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (2)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#25 - 2002年1月
トロンビン (Thrombin)
類似性 (8)
#88 - 2007年4月
クラスリン (Clathrin)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)
#185 - 2015年5月
タイチン (Titin)
類似性 (2)
#83 - 2006年11月
フィブリン (Fibrin)
類似性 (8)
#267 - 2022年3月
血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF)
類似性 (2)

登録構造単位

L: Antibody light chain variable region

K: Tyrosine-protein kinase transmembrane receptor ROR2

H: Antibody heavy chain variable region

36.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.109, 60.105, 102.756
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: 抗体	Antibody light chain variable region 分子量: 11818.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質	Tyrosine-protein kinase transmembrane receptor ROR2 / Neurotrophic tyrosine kinase / receptor-related 2 分子量: 10932.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ROR2, NTRKR2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q01974, receptor protein-tyrosine kinase
#3: 抗体	Antibody heavy chain variable region 分子量: 13360.752 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 338 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.61 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.01 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.005 M Nickel(II) chloride 0.1 M HEPES sodium pH 7.0, 15% w/v Polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月7日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.34→51.881 Å / Num. obs: 55957 / % possible obs: 91.5 % / 冗長度: 5.9 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.03314 / R_pim(I) all: 0.01436 / R_rim(I) all: 0.0362 / Net I/σ(I): 22
反射シェル	解像度: 1.34→1.406 Å / R_merge(I) obs: 0.6778 / Mean I/σ(I) obs: 1.23 / Num. unique obs: 2799 / CC_1/2: 0.635 / R_pim(I) all: 0.4093 / R_rim(I) all: 0.7953

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.15.2_3472: ???)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.34→51.378 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.95

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.189	1119	2 %
R_work	0.162	-	-
obs	0.1625	55957	86.2 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.34→51.378 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2362	0	0	338	2700

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	2446
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.043	3323
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.67	1189
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.085	350
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	430

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.34-1.401	0.3058	49	0.2594	2419	X-RAY DIFFRACTION	31
1.401-1.4749	0.2456	108	0.2315	5315	X-RAY DIFFRACTION	68
1.4749-1.5673	0.2245	149	0.1945	7247	X-RAY DIFFRACTION	92
1.5673-1.6883	0.2119	158	0.1686	7801	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6883-1.8582	0.1891	161	0.168	7864	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8582-2.1271	0.1798	162	0.1624	7941	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1271-2.68	0.1835	163	0.1706	7974	X-RAY DIFFRACTION	100
2.68-51.4158	0.1845	169	0.149	8277	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1368	0.7169	-1.3615	5.6826	-0.0133	1.7777	-0.2309	0.2886	0.4031	-0.2472	0.0085	0.3624	-0.0575	-0.3376	0.0923	0.2539	0.0851	-0.0853	0.2558	-0.0116	0.4002	-27.2283	4.037	1.1299
2	0.3932	0.1245	0.3431	2.0745	1.1032	1.3731	0.0034	-0.0131	0.0131	-0.0628	-0.0367	0.0928	-0.0293	-0.0387	-0.0115	0.4255	0.0574	-0.02	0.2213	-0.1745	0.8332	-17.4069	22.9448	8.7834
3	0.516	0.6532	0.0418	1.1643	-0.2234	0.2421	0.0046	-0.163	0.3506	0.0448	-0.0097	0.2133	-0.1223	-0.1749	0.0765	0.2239	0.0363	0.0033	0.1998	-0.0646	0.3151	-25.502	0.9965	8.6516
4	0.5391	-0.072	0.1014	1.1707	-0.4171	1.4199	0.0421	-0.0225	0.5626	-0.1133	-0.1574	-0.0938	-0.2572	0.0424	-0.0042	0.2612	0.0281	-0.0046	0.1335	0.0173	0.2927	-12.6972	3.9769	5.0785
5	1.1929	-0.1559	-0.1025	0.9331	-0.1308	0.845	-0.0922	-0.3519	0.3869	0.1418	-0.051	0.1268	-0.2954	-0.1167	-0.0043	0.2488	0.0304	-0.0264	0.2029	-0.0842	0.267	-16.4853	1.1607	15.5465
6	2.9151	2.5309	0.9268	3.6802	1.0553	1.5578	-0.1044	-0.0795	0.2035	0.0344	0.15	0.0712	-0.2436	-0.2322	0.0106	0.3097	0.071	-0.0457	0.2318	-0.0838	0.422	-22.378	7.6756	12.9768
7	0.5439	0.4055	-0.2985	2.4795	0.0728	0.6729	0.0868	-0.0238	0.3523	0.06	-0.1089	-0.2325	-0.1671	-0.0272	-0.0296	0.2627	0.0174	-0.026	0.1468	-0.001	0.3797	-15.0299	7.6417	4.9999
8	0.8486	0.6643	0.1833	1.3944	0.2255	1.0907	0.0657	0.0224	0.4243	-0.1706	-0.2049	0.0098	-0.2289	0.0101	-0.0118	0.2388	0.0087	-0.0094	0.1448	0.017	0.3346	-16.5393	4.6322	2.9777
9	8.6788	2.517	-1.6743	9.0571	-2.1408	4.4411	-0.2628	0.2071	-0.7195	-0.1004	-0.0145	0.0717	0.7969	-0.4001	-0.174	0.4377	-0.072	-0.0755	0.4366	0.1819	0.3492	0.1349	-32.0287	26.8296
10	0.4224	0.1071	-0.3118	0.1834	0.083	0.4337	0.2301	-0.131	-0.0878	0.313	-0.12	-0.1636	-0.3173	0.3126	0.576	0.2535	-0.0004	0.0925	0.5098	0.3452	0.2102	-2.0402	-26.7008	22.5233
11	0.4959	-0.1709	-0.8675	0.059	0.2992	1.6164	0.0596	-0.2312	0.0407	0.1225	-0.0768	0.0282	-0.039	-0.0456	-0.1598	0.6569	0.15	0.2539	0.4938	0.0906	0.2097	-12.77	-20.0345	29.875
12	0.8156	-0.1451	-0.0036	1.3306	-0.2263	0.8023	-0.012	-0.276	-0.2601	0.0132	-0.0679	0.2203	0.063	-0.0743	0.0213	0.1656	0.008	0.0041	0.183	0.0141	0.1722	-9.1675	-18.1702	13.1844
13	4.0572	0.4811	0.4723	2.1932	0.2586	3.0915	-0.1178	-0.2231	0.1031	0.2224	-0.0411	0.1236	-0.4055	0.4795	-0.0038	0.2241	-0.0391	-0.0092	0.3225	0.1056	0.1733	-3.3936	-21.8815	19.4151
14	3.8687	-1.8543	-0.9668	2.7718	-0.9753	1.3924	-0.0494	-0.4259	0.0029	0.6195	-0.008	-0.1859	-0.1575	0.0116	0.0609	0.2989	0.0102	-0.0231	0.3359	0.0604	0.1484	-6.8888	-18.0022	23.3445
15	1.6235	0.1775	-1.2566	0.1151	0.272	2.716	-0.0373	-0.3107	0.1404	0.3813	0.0703	0.163	-0.2458	-0.1708	-0.05	0.3921	0.1183	0.0652	0.3758	-0.0229	0.157	-14.7153	-10.5591	24.6411
16	2.4187	-3.6848	0.7021	7.2848	-1.1438	0.2019	-0.037	-0.2725	-0.1291	0.3195	0.0263	-0.2159	-0.1571	-0.0751	-0.0044	0.3831	0.02	-0.075	0.3613	0.1009	0.1832	-2.6656	-23.7179	28.9305
17	1.7512	0.2257	-0.8295	1.0854	-1.5801	3.6549	0.1659	-0.2558	0.4497	0.1333	0.024	-0.1103	-0.5844	0.0918	0.1258	0.2647	-0.019	0.0186	0.1727	-0.0029	0.2904	1.3091	-0.3222	0.6841
18	0.0231	0.0801	0.1472	0.2762	0.5082	0.9353	0.0508	0.2943	0.1568	-0.055	0.0784	0.1324	-0.1364	-0.1693	0.5635	0.2453	0.0638	0.0493	0.5303	0.1898	0.2505	-1.4197	-2.1666	-21.3242
19	1.1998	-0.2488	0.4441	1.2964	1.229	1.574	0.097	0.3336	0.3246	0.0618	-0.0743	-0.1145	0.0088	0.1849	-0.0506	0.1903	0.0211	0.0052	0.232	0.0575	0.1882	1.2418	-6.8243	-9.4273
20	0.982	0.019	-0.3604	1.0673	-0.0245	1.0183	0.1097	0.1612	0.2483	0.0004	-0.0658	-0.0074	-0.1222	0.0257	0.0341	0.1633	0.0139	0.0098	0.1707	0.0444	0.1821	-5.9688	-5.5199	-1.4306
21	1.8791	-2.6733	-0.1174	9.8915	-0.4164	1.1379	0.0848	0.2948	0.3143	-0.2552	-0.1221	0.2753	-0.16	-0.0437	0.0018	0.1917	0.043	-0.0119	0.2337	0.0791	0.2227	-14.7913	-3.3199	-6.7828
22	0.6567	0.0187	-0.247	0.6028	-0.0704	0.8112	0.0206	0.3396	-0.0178	-0.0356	0.0182	-0.0203	0.0026	-0.0896	0.0032	0.1386	0.0051	-0.0051	0.2387	0.0302	0.1323	-5.9421	-12.4009	-8.2697
23	1.1361	-0.2701	-0.623	0.604	-0.0911	0.4097	0.052	0.1831	0.3963	0.0349	-0.1015	-0.1046	-0.1692	-0.0724	0.0405	0.1737	0.014	-0.0095	0.1785	0.048	0.2249	-5.9008	-3.6244	-1.2272
24	1.1243	0.6039	-0.0564	0.6109	-1.1606	5.6775	-0.054	0.4217	0.3534	-0.2884	-0.0931	-0.0865	-0.4624	0.069	-0.2208	0.3055	0.132	0.0806	0.5013	0.2992	0.4381	-2.9611	3.8539	-17.5412

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain H and resid 0:9)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain H and resid 10:13)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain H and resid 14:32)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain H and resid 33:50)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain H and resid 51:73)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain H and resid 74:84)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain H and resid 85:97)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain H and resid 98:118)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain K and resid 314:317)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain K and resid 318:331)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain K and resid 332:336)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain K and resid 337:361)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain K and resid 362:372)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain K and resid 373:380)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain K and resid 381:385)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain K and resid 386:394)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain L and resid 0:10)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain L and resid 11:17)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain L and resid 18:24)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain L and resid 25:41)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain L and resid 42:48)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain L and resid 49:78)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain L and resid 79:105)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain L and resid 106:110)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)