PDB-6oss: Crystal Structure of the Acyl-Carrier-Protein UDP-N-Acetylglucosa...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6oss

タイトル

Crystal Structure of the Acyl-Carrier-Protein UDP-N-Acetylglucosamine O-Acyltransferase LpxA from Proteus mirabilis

要素

Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / left-handed beta helix / hexapeptide repeat /

acyltransferase (アシルトランスフェラーゼ) /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase / acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase activity / lipid A biosynthetic process /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Proteus mirabilis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.19 Å

データ登録者

Kim, Y. / Stogios, P. / Skarina, T. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the Acyl-Carrier-Protein UDP-N-Acetylglucosamine O-Acyltransferase LpxA from Proteus mirabilis
著者: Kim, Y. / Stogios, P. / Skarina, T. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2019年5月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年1月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6oss.cif.gz	325.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6oss.ent.gz	267.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6oss.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/os/6oss ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/os/6oss	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4j09S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1lxa-1 2jf2-1 2jf3-1 5jxx-2 4eqy-2 5jxx-1 3hsq-3 3r0s-1 5dem-2 3hsq-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP95861

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (5) #165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (3) #49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase

B: Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase

C: Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase

ヘテロ分子

88.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.789, 94.507, 136.178
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase / UDP-N-acetylglucosamine acyltransferase 分子量: 29253.107 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Proteus mirabilis (strain HI4320) (バクテリア) 株: HI4320 / 遺伝子: lpxA, PMI2273 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): BL21 DE3 (gold) 参照: UniProt: B4F258, acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-PO3 / PHOSPHITE ION / ホスファイト / Phosphite ester 分子量: 78.972 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.61 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 25 % PEG5K MME, 0.2 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.19→77.6 Å / Num. obs: 47819 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.6 % / B_iso Wilson estimate: 42.6 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 13.4
反射シェル	解像度: 2.19→2.23 Å / 冗長度: 2.1 % / R_merge(I) obs: 0.882 / Num. unique obs: 2315 / CC_1/2: 0.447

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
xia2		データ削減
DIALS		データ削減
HKL-3000		データ削減
xia2		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDBID 4J09

4j09

解像度: 2.19→44.642 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.31 / 位相誤差: 30.55

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2564	2344	5.09 %
R_work	0.2168	-	-
obs	0.2188	46068	96.41 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 64.6 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.19→44.642 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6114	0	34	102	6250

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	6330
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.486	8564
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.879	3756
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	958
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	1143

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.19-2.2347	0.3911	131	0.3775	2409	X-RAY DIFFRACTION	91
2.2347-2.2833	0.3763	134	0.342	2418	X-RAY DIFFRACTION	92
2.2833-2.3364	0.3386	144	0.3272	2422	X-RAY DIFFRACTION	93
2.3364-2.3948	0.3161	128	0.2968	2461	X-RAY DIFFRACTION	93
2.3948-2.4596	0.3044	122	0.2838	2496	X-RAY DIFFRACTION	94
2.4596-2.532	0.2858	127	0.2711	2499	X-RAY DIFFRACTION	95
2.532-2.6137	0.3121	151	0.2665	2508	X-RAY DIFFRACTION	95
2.6137-2.7071	0.295	137	0.2543	2504	X-RAY DIFFRACTION	96
2.7071-2.8154	0.2593	121	0.252	2592	X-RAY DIFFRACTION	97
2.8154-2.9436	0.2774	139	0.2541	2606	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9436-3.0987	0.3035	128	0.2564	2623	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0987-3.2928	0.3173	135	0.2428	2619	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2928-3.5469	0.2763	142	0.2301	2676	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5469-3.9037	0.2275	150	0.1935	2651	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9037-4.4681	0.2086	137	0.1591	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4681-5.6276	0.211	157	0.1697	2704	X-RAY DIFFRACTION	99
5.6276-44.6515	0.2235	161	0.1852	2833	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.9086	-0.8536	-0.6657	5.6055	-0.5408	7.4945	0.0805	-0.1895	0.0821	0.3811	-0.2982	-1.5924	-0.7019	1.128	0.1855	0.4021	-0.1144	-0.0581	0.5054	0.1116	0.6895	36.6977	-29.5471	-26.896
2	5.8566	0.6248	0.9688	6.6233	-0.1038	5.7591	-0.0426	-0.2677	-0.3027	0.0941	-0.0569	-0.3336	0.2273	-0.0321	0.08	0.2435	0.0134	0.0581	0.2404	0.0003	0.3711	25.5873	-37.5014	-28.2299
3	6.2174	-1.406	-1.8898	7.4408	0.0814	8.5298	-0.2926	-0.612	-0.1553	0.7143	0.0375	0.3741	0.1485	-0.0326	0.3074	0.3208	0.0059	0.0364	0.3785	0.063	0.3689	18.5901	-37.6225	-16.0936
4	1.822	-1.1959	1.6188	5.4249	1.0412	4.5122	-0.8261	0.4036	-1.4891	-0.5292	0.4049	1.2067	0.394	-0.7651	0.0597	0.7195	-0.2652	0.3839	0.7685	0.0246	0.9483	8.0119	-47.3886	-13.2294
5	1.0039	0.1536	-1.0516	0.9017	-0.3798	2.0136	-0.1855	-0.2126	-0.6615	0.2677	-0.4035	0.1779	1.0397	-0.7355	0.2962	1.1801	-0.3262	0.6205	1.1619	0.1849	0.8316	10.9136	-52.2695	-3.4764
6	3.0762	-0.2102	0.5558	6.9399	-2.8346	1.2303	-0.5344	-1.3339	-0.5543	1.2849	0.1835	0.2818	0.1577	0.2999	0.1711	1.4355	0.2431	0.2652	1.1812	0.5655	0.635	20.7103	-51.4274	3.5394
7	6.7929	3.5619	1.4912	6.0419	2.733	8.9473	0.0632	-0.22	-1.5469	1.4082	-0.4136	-0.7387	1.4063	0.3951	0.2302	0.9199	0.2155	0.0913	0.7147	0.1234	0.677	23.2371	-48.8318	-6.1071
8	2.1837	-0.083	-0.5816	2.4015	0.329	5.0638	-0.135	-0.0971	0.2949	0.0001	0.0044	-0.3403	-0.4241	-0.0334	0.1135	0.3898	-0.0047	-0.1222	0.2723	0.0069	0.4857	25.4024	-11.4974	-28.6032
9	5.603	0.8536	1.1943	3.69	0.9313	4.8378	0.0488	-0.7722	0.2487	0.9501	-0.1418	-0.303	-0.3334	0.1692	0.0921	0.9931	0.0534	-0.2334	0.6737	-0.1637	0.4909	26.7108	-4.7216	-1.0254
10	5.3424	-0.1458	2.1613	3.4156	-1.2459	3.6477	0.1062	1.493	-0.2405	-1.2744	-0.0703	0.1345	0.3884	-0.6396	-0.0025	0.7917	0.0246	-0.1317	0.7214	-0.0136	0.3128	10.995	-21.4886	-56.95
11	5.9742	-0.4509	-0.4242	3.1178	-0.4734	5.5712	-0.0073	0.6108	-0.07	-0.4994	-0.0683	0.2608	-0.0973	-0.7179	0.05	0.432	0.0335	-0.1233	0.5324	-0.0395	0.3486	7.9779	-24.7778	-44.8849
12	3.1998	0.6064	-1.0268	9.3157	-0.4247	3.273	-0.1539	0.2429	0.1631	-0.0045	0.152	0.4207	-0.1157	-0.4919	-0.012	0.2938	0.0497	-0.1008	0.5094	-0.0419	0.3647	3.2725	-24.4167	-36.3135
13	3.5242	-0.6604	-0.0089	4.3543	-0.2931	5.3439	-0.4408	-0.3931	0.0718	0.2957	0.359	0.2992	-0.2747	-0.7289	0.112	0.312	0.0995	-0.0577	0.6656	-0.0152	0.4703	-0.6539	-22.1399	-23.9605
14	6.8701	-2.517	2.2847	8.375	-5.3543	6.5073	0.07	-0.9335	0.9231	-0.1965	-0.3483	-0.3272	0.0435	0.1198	0.2262	0.5954	0.1404	-0.0065	0.7981	-0.1921	0.5945	-3.7295	-13.6816	-16.5261
15	2.3054	1.7382	-2.0815	4.3463	-0.9952	5.1204	-0.2837	-0.5896	0.4213	1.1996	0.46	1.7458	-1.0882	-0.7606	-0.3033	0.5552	0.3482	0.1274	1.2316	-0.174	0.9537	-15.3109	-12.8696	-13.003
16	2.731	0.261	1.5423	3.8998	0.0416	3.2865	0.3346	-1.161	0.4299	0.7249	-0.1571	1.1859	-0.3477	-1.4277	-0.0252	0.6352	0.1711	0.1396	1.5309	-0.0621	1.0841	-21.5495	-22.7858	-11.9509
17	4.5036	-1.7395	0.4554	6.0857	0.2082	2.5933	-0.4757	-0.1696	-0.1573	-0.115	0.3623	0.8541	0.0714	-1.1538	0.0583	0.3827	0.0965	0.064	1.017	0.0669	0.564	-15.0998	-24.0125	-20.2793
18	3.9753	-0.7249	1.251	7.7282	-2.1119	3.6837	0.091	0.2517	-0.2276	-1.0713	-0.2132	-0.7774	0.5271	0.532	0.2299	0.5448	-0.0101	0.2181	0.5431	-0.1256	0.5255	30.9953	-38.466	-49.71
19	3.6702	0.0735	-0.8812	6.7666	-0.3888	4.6515	-0.1409	0.2644	-0.6647	-0.4687	-0.0281	-0.0943	0.5827	0.0243	0.1531	0.3692	0.0071	0.0788	0.3019	-0.0487	0.4485	25.9055	-38.0793	-41.1605

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 67 through 82 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 83 through 126 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 127 through 192 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 193 through 208 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 209 through 223 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 224 through 242 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 243 through 267 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 0 through 192 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 193 through 267 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 0 through 19 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 20 through 82 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 83 through 126 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 127 through 187 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 188 through 208 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 209 through 223 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 224 through 243 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 244 through 267 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'A' and (resid 0 through 19 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'A' and (resid 20 through 66 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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