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Yorodumi- PDB-6oss: Crystal Structure of the Acyl-Carrier-Protein UDP-N-Acetylglucosa... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6oss | ||||||
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Title | Crystal Structure of the Acyl-Carrier-Protein UDP-N-Acetylglucosamine O-Acyltransferase LpxA from Proteus mirabilis | ||||||
Components | Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / left-handed beta helix / hexapeptide repeat / acyltransferase / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
Function / homology | Function and homology information acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase / acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase activity / lipid A biosynthetic process / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Proteus mirabilis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.19 Å | ||||||
Authors | Kim, Y. / Stogios, P. / Skarina, T. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal Structure of the Acyl-Carrier-Protein UDP-N-Acetylglucosamine O-Acyltransferase LpxA from Proteus mirabilis Authors: Kim, Y. / Stogios, P. / Skarina, T. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6oss.cif.gz | 325.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6oss.ent.gz | 267.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6oss.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/os/6oss ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/os/6oss | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4j09S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 29253.107 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Proteus mirabilis (strain HI4320) (bacteria) Strain: HI4320 / Gene: lpxA, PMI2273 / Plasmid: pMCSG68 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): BL21 DE3 (gold) References: UniProt: B4F258, acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-PO3 / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.6 Å3/Da / Density % sol: 52.61 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 0.1 M Tris pH 8.5, 25 % PEG5K MME, 0.2 M ammonium sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9794 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 X 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 27, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9794 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.19→77.6 Å / Num. obs: 47819 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 12.6 % / Biso Wilson estimate: 42.6 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 13.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.19→2.23 Å / Redundancy: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.882 / Num. unique obs: 2315 / CC1/2: 0.447 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDBID 4J09 Resolution: 2.19→44.642 Å / SU ML: 0.31 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0.31 / Phase error: 30.55
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 64.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.19→44.642 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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