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- PDB-6os5: Crystal structure of CymD prenyltransferase complexed with L-tryp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6os5
タイトルCrystal structure of CymD prenyltransferase complexed with L-tryptophan
要素CymD prenyltransferase
キーワードTRANSFERASE / prenyltransferase / tryptophan / indole / biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


transferase activity, transferring alkyl or aryl (other than methyl) groups / alkaloid metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Aromatic prenyltransferase, DMATS-type / Tryptophan dimethylallyltransferase / Aromatic prenyltransferase
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZOIC ACID / DIPHOSPHATE / IMIDAZOLE / TRYPTOPHAN / Aromatic prenyltransferase, DMATS type
類似検索 - 構成要素
生物種Salinispora arenicola (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.66 Å
データ登録者Roose, B.W. / Christianson, D.W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM56838 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2019
タイトル: Structural Basis of Tryptophan Reverse N-Prenylation Catalyzed by CymD.
著者: Roose, B.W. / Christianson, D.W.
履歴
登録2019年5月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CymD prenyltransferase
B: CymD prenyltransferase
C: CymD prenyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,1419
ポリマ－123,1933
非ポリマー9486
水16,304905
1
A: CymD prenyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,3913
ポリマ－41,0641
非ポリマー3262
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: CymD prenyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,5124
ポリマ－41,0641
非ポリマー4473
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: CymD prenyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,2382
ポリマ－41,0641
非ポリマー1741
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)85.330, 86.330, 141.729
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 CymD prenyltransferase


分子量: 41064.328 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salinispora arenicola (strain CNS-205) (バクテリア)
株: CNS-205 / 遺伝子: Sare_4565 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A8M6W6

-
非ポリマー , 5種, 911分子

#2: 化合物 ChemComp-TRP / TRYPTOPHAN / トリプトファン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 204.225 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-BEZ / BENZOIC ACID / 安息香酸


分子量: 122.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O2
#4: 化合物 ChemComp-DPO / DIPHOSPHATE / ジホスファ-ト


分子量: 173.943 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O7P2
#5: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 905 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.81 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: (0.04 M citric acid, 0.06 M bis-tris propane (pH 6.4)), 20% PEG 3350
PH範囲: 6.4-7.4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.66→86.33 Å / Num. obs: 123383 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 14.81 Å2 / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.123 / Net I/σ(I): 8.9 / Num. measured all: 681939 / Scaling rejects: 2968
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.66-1.695.60.3983401560560.8860.1840.443.599.7
9.09-86.336.10.18754178820.9570.080.20415.699.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry 6OS6

6os6


解像度: 1.66→42.665 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.09
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1923 2000 1.62 %
Rwork0.1629 --
obs0.1633 123289 99.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 79.19 Å2 / Biso mean: 19.5817 Å2 / Biso min: 6.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.66→42.665 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7930 0 94 905 8929
Biso mean--17.64 29.69 -
残基数----1049
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.66-1.70150.21711410.187585538694100
1.7015-1.74750.20051410.179486048745100
1.7475-1.7990.21511390.170885808719100
1.799-1.8570.20941420.16498547868999
1.857-1.92340.18861460.16488579872599
1.9234-2.00040.20541410.159886338774100
2.0004-2.09140.16891410.154786418782100
2.0914-2.20170.17761450.151886148759100
2.2017-2.33960.20431390.15978631877099
2.3396-2.52030.19161420.16986928834100
2.5203-2.77380.22481450.17688671881699
2.7738-3.17510.20481450.16718709885499
3.1751-3.99980.16841400.155988148954100
3.9998-42.67910.18451530.15699021917499
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4953-0.3958-0.74311.0525-0.06671.21270.06850.07260.0437-0.0591-0.04250.1011-0.12-0.1558-0.00560.09050.0122-0.01190.0731-0.01670.0727.330948.75532.7017
20.5973-0.0292-0.00620.5763-0.47072.6578-0.0001-0.02430.00120.0801-0.02650.0048-0.0195-0.0390.04230.06530.00940.01330.0781-0.02380.089430.086846.774711.0713
31.3131-0.3214-0.47280.75570.17711.5414-0.0246-0.0453-0.12720.02850.0297-0.07160.1260.2352-0.01280.09270.0043-0.00540.1092-0.00930.095944.028238.761611.5915
41.0776-0.0475-0.04421.69310.15182.20160.00570.05390.0858-0.11590.0796-0.1362-0.17530.2371-0.05920.0924-0.01890.03350.1119-0.01280.099549.051846.2127-5.0597
50.826-0.2879-0.23631.30140.47731.17540.0578-0.02040.14560.06050.0129-0.1666-0.05180.0424-0.05520.067-0.01810.0060.0812-0.00540.122110.876937.200626.9001
62.5266-0.06710.89423.38871.46441.29440.15630.2639-0.0576-0.12140.1084-0.05040.3064-0.058-0.09050.0748-0.0029-0.00160.0791-0.02040.10839.871129.289620.2529
70.87240.199-0.28431.78010.33580.8684-0.0336-0.052-0.0760.05670.02140.05310.12330.0120.00980.09490.0024-0.020.07910.00330.0832.76417.477225.1989
81.0402-0.1861-0.42762.18140.47571.2975-0.0046-0.0473-0.07130.1611-0.03640.20460.0878-0.1340.00750.0697-0.01150.00720.1120.00320.1213-9.267630.408832.8468
93.36620.4016-0.42533.6468-1.17954.114-0.00130.1520.0711-0.11090.01840.14330.2412-0.10530.0140.09460.01190.00890.0932-0.03750.1138-4.534134.370127.7186
100.9858-0.32080.15891.204-0.42891.7006-0.00560.0178-0.1326-0.0294-0.00750.09960.21650.05190.01790.0828-0.00140.00740.0724-0.01190.091732.3033-6.194224.7257
112.0076-0.31560.44292.0999-1.80785.7287-0.03380.05860.0753-0.04310.05010.0199-0.1977-0.12060.08490.05090.0167-0.00560.056-0.00770.083231.66431.308422.1299
122.3446-0.31660.75820.9895-0.48081.5956-0.09710.13640.4118-0.0017-0.0957-0.2138-0.22280.33560.10210.1237-0.0359-0.00550.16290.03650.170542.909513.158620.2798
135.0464-2.9405-0.12944.9705-0.25171.939-0.2157-0.11370.41750.30820.0714-0.1751-0.20540.19110.00750.0981-0.0369-0.03730.13810.01270.122546.41089.683425.1715
141.65460.26110.26572.6460.13541.7763-0.00530.1611-0.069-0.0347-0.0677-0.18430.11390.34630.03770.10250.07320.01420.21320.0280.131551.6185-3.913227.9357
151.40510.0484-0.47842.20640.50831.21260.06730.16890.1186-0.4547-0.08610.11-0.4788-0.21420.00860.22460.0456-0.00370.13310.02110.111831.567354.6738-8.2178
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'C' and (resid 63 through 120 )C63 - 120
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'C' and (resid 121 through 170 )C121 - 170
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 171 through 270 )C171 - 270
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C' and (resid 271 through 347 )C271 - 347
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 6 through 120 )A6 - 120
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 121 through 138 )A121 - 138
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 139 through 231 )A139 - 231
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 232 through 330 )A232 - 330
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 331 through 358 )A331 - 358
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 4 through 120 )B4 - 120
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 121 through 143 )B121 - 143
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 144 through 253 )B144 - 253
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 254 through 283 )B254 - 283
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 284 through 357 )B284 - 357
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 6 through 62 )C6 - 62

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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