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- PDB-6os0: Structure of synthetic nanobody-stabilized angiotensin II type 1 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6os0
タイトルStructure of synthetic nanobody-stabilized angiotensin II type 1 receptor bound to angiotensin II
要素
  • Angiotensinogen
  • Nanobody Nb.AT110i1
  • Type-1 angiotensin II receptor,Soluble cytochrome b562 BRIL fusion protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GPCR / nanobody
機能・相同性
機能・相同性情報


angiotensin type I receptor activity / positive regulation of phospholipase A2 activity / angiotensin type II receptor activity / regulation of blood volume by renin-angiotensin / phospholipase C-activating angiotensin-activated signaling pathway / response to muscle activity involved in regulation of muscle adaptation / type 2 angiotensin receptor binding / regulation of renal sodium excretion / maintenance of blood vessel diameter homeostasis by renin-angiotensin / negative regulation of neurotrophin TRK receptor signaling pathway ...angiotensin type I receptor activity / positive regulation of phospholipase A2 activity / angiotensin type II receptor activity / regulation of blood volume by renin-angiotensin / phospholipase C-activating angiotensin-activated signaling pathway / response to muscle activity involved in regulation of muscle adaptation / type 2 angiotensin receptor binding / regulation of renal sodium excretion / maintenance of blood vessel diameter homeostasis by renin-angiotensin / negative regulation of neurotrophin TRK receptor signaling pathway / : / regulation of extracellular matrix assembly / bradykinin receptor binding / regulation of renal output by angiotensin / G protein-coupled receptor signaling pathway coupled to cGMP nucleotide second messenger / renin-angiotensin regulation of aldosterone production / renal system process / positive regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / positive regulation of extracellular matrix assembly / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / positive regulation of CoA-transferase activity / vasoconstriction / low-density lipoprotein particle remodeling / type 1 angiotensin receptor binding / response to angiotensin / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / Rho protein signal transduction / positive regulation of protein tyrosine kinase activity / positive regulation of gap junction assembly / blood vessel remodeling / regulation of cardiac conduction / regulation of vasoconstriction / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / nitric oxide-cGMP-mediated signaling / negative regulation of MAP kinase activity / positive regulation of protein metabolic process / positive regulation of endothelial cell migration / blood vessel diameter maintenance / Peptide ligand-binding receptors / cell chemotaxis / kidney development / positive regulation of cytokine production / angiotensin-activated signaling pathway / regulation of cell growth / calcium-mediated signaling / electron transport chain / growth factor activity / serine-type endopeptidase inhibitor activity / PPARA activates gene expression / hormone activity / positive regulation of miRNA transcription / regulation of blood pressure / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of fibroblast proliferation / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / cell-cell signaling / Clathrin-mediated endocytosis / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / regulation of cell population proliferation / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / regulation of inflammatory response / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (i) signalling events / G alpha (q) signalling events / collagen-containing extracellular matrix / regulation of apoptotic process / blood microparticle / periplasmic space / electron transfer activity / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / inflammatory response / iron ion binding / symbiont entry into host cell / protein heterodimerization activity / G protein-coupled receptor signaling pathway / heme binding / positive regulation of DNA-templated transcription / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Angiotensin II receptor type 1 / Angiotensin II receptor family / Angiotensinogen, serpin domain / Angiotensinogen / : / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain ...Angiotensin II receptor type 1 / Angiotensin II receptor family / Angiotensinogen, serpin domain / Angiotensinogen / : / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Angiotensinogen / Soluble cytochrome b562 / Type-1 angiotensin II receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Wingler, L.M. / Staus, D.P. / Skiba, M.A. / McMahon, C. / Kleinhenz, A.L.W. / Lefkowitz, R.J. / Kruse, A.C.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R01HL16037 米国
National Institutes of Health/Office of the Director5DP5OD021345 米国
Other private 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2020
タイトル: Angiotensin and biased analogs induce structurally distinct active conformations within a GPCR.
著者: Wingler, L.M. / Skiba, M.A. / McMahon, C. / Staus, D.P. / Kleinhenz, A.L.W. / Suomivuori, C.M. / Latorraca, N.R. / Dror, R.O. / Lefkowitz, R.J. / Kruse, A.C.
履歴
登録2019年5月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description ..._chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type-1 angiotensin II receptor,Soluble cytochrome b562 BRIL fusion protein
D: Nanobody Nb.AT110i1
B: Angiotensinogen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,5676
ポリマ－63,2753
非ポリマー2923
水32418
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5550 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area25120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)135.530, 37.830, 111.920
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.410, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 / 抗体 / タンパク質・ペプチド / 糖 , 4種, 4分子 ADB

#1: タンパク質 Type-1 angiotensin II receptor,Soluble cytochrome b562 BRIL fusion protein / AT1AR / AT1BR / Angiotensin II type-1 receptor / AT1 / Cytochrome b-562


分子量: 48514.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: AGTR1, AGTR1A, AGTR1B, AT2R1, AT2R1B, cybC / プラスミド: pcDNA-Zeo-tetO / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P30556, UniProt: P0ABE7
#2: 抗体 Nanobody Nb.AT110i1


分子量: 13711.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): BL21(DE3)
#3: タンパク質・ペプチド Angiotensinogen / Serpin A8


分子量: 1048.195 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 34-41 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01019
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 20分子

#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 7.6
詳細: Protein complex was reconstituted with a 10:1 (w/w) mixture of monoolein and cholesterol. Crystals were grown in 100 mM Tris pH 7.6, 10 mM MgCl2, 25-26% PEG 300

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月29日
放射モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→37.196 Å / Num. obs: 11842 / % possible obs: 91.2 % / 冗長度: 2.349 % / Biso Wilson estimate: 65.057 Å2 / CC1/2: 0.926 / Rmerge(I) obs: 0.276 / Rrim(I) all: 0.341 / Χ2: 0.961 / Net I/σ(I): 2.25 / Num. measured all: 27811 / Scaling rejects: 7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.9-2.982.3730.8060.6120369228580.3541.00293.1
2.98-3.062.4090.70.7521279398830.4210.86994
3.06-3.152.3430.6340.8919319118240.5270.78990.5
3.15-3.242.3120.5530.9918438477970.5760.68894.1
3.24-3.352.2580.5211.117708487840.5190.65192.5
3.35-3.472.3120.4851.4817438427540.6290.59689.5
3.47-3.62.3380.4421.7916347616990.7070.54991.9
3.6-3.742.420.409217307877150.7430.50790.9
3.74-3.912.4180.3972.3216327276750.6540.48892.8
3.91-4.12.3690.3722.6515427006510.7160.46393
4.1-4.322.370.3493.0114486736110.6930.43190.8
4.32-4.592.4170.2843.4713686345660.8360.34989.3
4.59-4.92.2440.2313.7212035985360.9090.28489.6
4.9-5.292.2990.2313.7111545635020.8760.28689.2
5.29-5.82.4390.2483.6511565114740.860.30292.8
5.8-6.482.4470.2233.810354834230.8780.27787.6
6.48-7.492.260.2024.088704263850.8780.25390.4
7.49-9.172.190.1484.557163583270.950.18391.3
9.17-12.972.3390.1285.185522832360.9660.15683.4
12.97-37.1962.2610.0975.133211731420.990.12582.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX(1.14_3260)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6DO1

6do1


解像度: 2.9→37.196 Å / SU ML: 0.55 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 1172 9.94 %
Rwork0.2593 10622 -
obs0.2652 11794 90.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 178.82 Å2 / Biso mean: 79.6207 Å2 / Biso min: 36.06 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9→37.196 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4105 0 16 18 4139
Biso mean--120.21 61.8 -
残基数----529
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.9-3.0320.40421340.34741324145892
3.032-3.19170.38161580.33091297145591
3.1917-3.39160.40461490.31471336148592
3.3916-3.65330.34241420.29821312145491
3.6533-4.02050.34081470.26211338148592
4.0205-4.60140.29411480.2281310145890
4.6014-5.79370.33441420.23671338148090
5.7937-37.19950.25011520.23131367151988

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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