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万見
- PDB-6orm: Crystal Structure of Peruvianin-I (Cysteine peptidase from Thevet... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6orm
タイトルCrystal Structure of Peruvianin-I (Cysteine peptidase from Thevetia peruviana latex)
要素Peruvianin-I
キーワードHYDROLASE / Laticifer
機能・相同性
機能・相同性情報


nutrient reservoir activity / apoplast / cell wall / manganese ion binding / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Germin / Cupin / Cupin 1 / Cupin / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Germin-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thevetia peruviana (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Cruz, W.T. / Bezerra, E.H.S. / da Silva, F.M.S. / Freire, V.N. / Ramos, M.V. / Rocha, B.A.M. / Freitas, C.D.T.
資金援助 ブラジル, 1件
組織認可番号国
Coordination for the Improvement of Higher Education Personnel ブラジル
引用ジャーナル: Plant Sci. / 年: 2020
タイトル: Crystal structure and specific location of a germin-like protein with proteolytic activity from Thevetia peruviana.
著者: Cruz, W.T. / Bezerra, E.H.S. / Ramos, M.V. / Rocha, B.A.M. / Medina, M.C. / Demarco, D. / Carvalho, C.P.S. / Oliveira, J.S. / Sousa, J.S. / Souza, P.F.N. / Freire, V.N. / da Silva, F.M.S. / Freitas, C.D.T.
履歴
登録2019年4月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12020年8月26日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / citation_author / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peruvianin-I
B: Peruvianin-I
C: Peruvianin-I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,0859
ポリマ－65,5973
非ポリマー3,4876
水4,107228
1
A: Peruvianin-I
B: Peruvianin-I
C: Peruvianin-I
ヘテロ分子

A: Peruvianin-I
B: Peruvianin-I
C: Peruvianin-I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,16918
ポリマ－131,1956
非ポリマー6,97512
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_554-y,-x,-z-1/21
Buried area31340 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area34700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.642, 88.642, 179.094
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-425-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Peruvianin-I / Cysteine peptidase


分子量: 21865.830 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thevetia peruviana (植物) / 参照: UniProt: A0A5Q2WX04*PLUS, papain
#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-3]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5][a1122h-1b_1-5]/1-2-1-3/a3-b1_a4-c1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 228 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.3 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.6
詳細: 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6, 2.0 M sodium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.45 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月18日
放射モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.45 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→44.32 Å / Num. obs: 39673 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 22.9 % / Biso Wilson estimate: 27.4 Å2 / CC1/2: 1 / R split: 0.019 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.058 / Net I/σ(I): 39.7
反射 シェル解像度: 2.15→2.22 Å / 冗長度: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 0.928 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 3319 / CC1/2: 0.735 / Rpim(I) all: 0.478 / Rrim(I) all: 1.18 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998)精密化
XDSv0.73データ削減
Aimlessv.0.5.1データスケーリング
PHASERv.2.6.0位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1FI2

1fi2


解像度: 2.15→39.642 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.17
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2205 1918 4.85 %Random selection
Rwork0.1986 ---
obs0.1996 39565 99.76 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 56.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→39.642 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3673 0 232 228 4133
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0124022
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0495525
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.9372329
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058663
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005708
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.15-2.20380.30641380.28152595X-RAY DIFFRACTION98
2.2038-2.26340.23931330.25642627X-RAY DIFFRACTION99
2.2634-2.32990.26231300.2482651X-RAY DIFFRACTION100
2.3299-2.40510.26871530.24342631X-RAY DIFFRACTION100
2.4051-2.49110.30121340.24532628X-RAY DIFFRACTION100
2.4911-2.59080.25141370.24332670X-RAY DIFFRACTION100
2.5908-2.70870.24651380.22832664X-RAY DIFFRACTION100
2.7087-2.85150.27381360.23442673X-RAY DIFFRACTION100
2.8515-3.03010.27791400.23322682X-RAY DIFFRACTION100
3.0301-3.26390.27141260.22382697X-RAY DIFFRACTION100
3.2639-3.59220.21521420.19682703X-RAY DIFFRACTION100
3.5922-4.11150.18451380.1712729X-RAY DIFFRACTION100
4.1115-5.17830.151210.14712786X-RAY DIFFRACTION100
5.1783-39.64860.21391520.19072911X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.25160.25710.31261.34030.53431.93420.0306-0.09970.23180.00950.0483-0.0641-0.18920.1433-0.08830.3072-0.01230.00610.3268-0.03290.3367-8.825623.7811-35.5688
22.37810.78180.94441.27020.72881.95710.196-0.3682-0.08390.35440.0192-0.19470.40730.1544-0.19880.41670.0402-0.0670.4171-0.02760.3349-2.643611.4876-24.447
31.89630.18140.60121.81720.63721.47770.19870.2276-0.51450.45060.3122-0.83710.61350.846-0.3380.59210.2763-0.27910.7458-0.30320.826414.8562-3.7926-40.357
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resseq 2:164)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resseq 2:161)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain C and resseq 2:164)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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