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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6org | ||||||
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タイトル | Crystal structure of SpGH29 | ||||||
![]() | Glycoside hydrolase | ||||||
![]() | HYDROLASE / glycoside hydrolase | ||||||
機能・相同性 | ![]() alpha-L-fucosidase activity / fucose metabolic process / glycoside catabolic process / lysosome / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pluvinage, B. / Boraston, A.B. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Two complementary alpha-fucosidases fromStreptococcus pneumoniaepromote complete degradation of host-derived carbohydrate antigens. 著者: Hobbs, J.K. / Pluvinage, B. / Robb, M. / Smith, S.P. / Boraston, A.B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 214 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 167.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 456.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 463.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 42.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 64.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 51020.984 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC BAA-334 / TIGR4 / 遺伝子: SP_2146 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | The sequence corresponds to a C-terminally truncated sample during crystallization. | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.81 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 16 % PEG 3350, 0.15 M KCl, 1 mM DTT and 0.1 M Bis-Tris. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年5月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97946 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.72→41.54 Å / Num. obs: 93880 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 7.8 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rpim(I) all: 0.031 / Net I/σ(I): 16.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.72→1.82 Å / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.425 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. unique obs: 13538 / CC1/2: 0.94 / Rpim(I) all: 0.162 / % possible all: 96.6 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3EYP 解像度: 1.72→41.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 1.493 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.024 / ESU R Free: 0.023 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 61.64 Å2 / Biso mean: 20.93 Å2 / Biso min: 8.84 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.72→41.54 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.722→1.767 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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