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- PDB-1lfw: Crystal structure of pepV -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lfw
タイトルCrystal structure of pepV
要素pepV
キーワードHYDROLASE / Dipeptidase
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylornithine deacetylase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; ジペプチターゼ / dipeptidase activity / L-arginine biosynthetic process / metallopeptidase activity / proteolysis / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peptidase M20A, peptidase V / Peptidase M20A, peptidase V-related / ArgE / dapE / ACY1 / CPG2 / yscS family signature 1. / ArgE / dapE / ACY1 / CPG2 / yscS family signature 2. / ArgE/DapE/ACY1/CPG2/YscS, conserved site / : / Alpha-Beta Plaits - #360 / Bacterial exopeptidase dimerisation domain / Peptidase M20 / Peptidase family M20/M25/M40 ...Peptidase M20A, peptidase V / Peptidase M20A, peptidase V-related / ArgE / dapE / ACY1 / CPG2 / yscS family signature 1. / ArgE / dapE / ACY1 / CPG2 / yscS family signature 2. / ArgE/DapE/ACY1/CPG2/YscS, conserved site / : / Alpha-Beta Plaits - #360 / Bacterial exopeptidase dimerisation domain / Peptidase M20 / Peptidase family M20/M25/M40 / Zn peptidases / Aminopeptidase / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AEP / Beta-Ala-Xaa dipeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Lactobacillus delbrueckii (乳酸菌)
手法X線回折 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Jozic, D. / Bourenkow, G. / Bartunik, H. / Scholze, H. / Dive, V. / Henrich, B. / Huber, R. / Bode, W. / Maskos, K.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2002
タイトル: Crystal Structure of the Dinuclear Zinc Aminopeptidase PepV from Lactobacillus delbrueckii Unravels Its Preference for Dipeptides
著者: Jozic, D. / Bourenkow, G. / Bartunik, H. / Scholze, H. / Dive, V. / Henrich, B. / Huber, R. / Bode, W. / Maskos, K.
履歴
登録2002年4月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32014年3月19日Group: Source and taxonomy
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: pepV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,4154
ポリマ－52,0451
非ポリマー3703
水10,269570
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.151, 77.025, 89.955
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 pepV / Xaa-His dipeptidase


分子量: 52045.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus delbrueckii (乳酸菌)
株: lactis / プラスミド: pKV104 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM83 / 参照: UniProt: P45494, Xaa-His dipeptidase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-AEP / 3-[(1-AMINO-2-CARBOXY-ETHYL)-HYDROXY-PHOSPHINOYL]-2-METHYL-PROPIONIC ACID


分子量: 239.163 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H14NO6P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 570 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.94 %
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
125 mg/mlprotein1drop
210 mMTris-HCl1droppH8.0
33 mM(L,D)AspPsi[PO2CH2](L,D)AlaOH1drop
40.1 Mammonium sulfate1reservoir
50.01 M1reservoirMgCl2
60.05 MMES- NaOH1reservoirpH5.6
730 %PEG80001reservoir

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データ収集

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

精密化解像度: 1.8→11 Å /
Rfactor反射数
Rwork0.1743 -
obs-41411
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3651 0 17 570 4238
精密化
*PLUS
最低解像度: 15 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.2046 / Rfactor Rwork: 0.1743
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg1.74

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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