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- PDB-6or0: Crystal structure of Insulin from Non-merohedrally twinned crystals -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6or0
タイトルCrystal structure of Insulin from Non-merohedrally twinned crystals
要素
  • Insulin chain A
  • Insulin chain B
キーワードHORMONE / Nonmerohedral twinning / twinned structure solution / twinned structure refinement
機能・相同性
機能・相同性情報


estradiol secretion / positive regulation of blood circulation / negative regulation of lactation / glucose import in response to insulin stimulus / positive regulation of cell maturation / positive regulation of lactation / response to L-arginine / positive regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / response to butyrate / negative regulation of appetite ...estradiol secretion / positive regulation of blood circulation / negative regulation of lactation / glucose import in response to insulin stimulus / positive regulation of cell maturation / positive regulation of lactation / response to L-arginine / positive regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / response to butyrate / negative regulation of appetite / feeding behavior / response to growth hormone / response to food / positive regulation of Rho protein signal transduction / positive regulation of peptide hormone secretion / protein secretion / negative regulation of lipid catabolic process / response to glucose / positive regulation of protein secretion / insulin receptor binding / response to nutrient levels / hormone activity / positive regulation of insulin secretion / glucose metabolic process / glucose homeostasis / response to heat / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / extracellular space / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Insulin / Insulin family / Insulin-like / Insulin/IGF/Relaxin family / Insulin / insulin-like growth factor / relaxin family. / Insulin, conserved site / Insulin family signature. / Insulin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Sevvana, M. / Ruf, M. / Uson, I. / Sheldrick, G.M. / Herbst-Irmer, R.
資金援助 スペイン, European Union, 2件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesBIO2015-64216-P スペイン
European Union (EU)MDM2014-0435European Union
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Non-merohedral twinning: from minerals to proteins.
著者: Sevvana, M. / Ruf, M. / Uson, I. / Sheldrick, G.M. / Herbst-Irmer, R.
履歴
登録2019年4月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Insulin chain A
B: Insulin chain B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,6722
ポリマ－5,6722
非ポリマー00
水61334
1
A: Insulin chain A
B: Insulin chain B

A: Insulin chain A
B: Insulin chain B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,3454
ポリマ－11,3454
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation15_555-x+1/2,y,-z1
Buried area4170 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area5530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.031, 78.031, 78.031
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number199
Space group name H-MI213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-108-

HOH

21B-115-

HOH

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Insulin chain A


分子量: 2339.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P01317
#2: タンパク質・ペプチド Insulin chain B


分子量: 3332.849 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P01317
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 10 / 詳細: 0.2 M Na2HPO4/Na3PO4, pH 10.0 and 0.01 M Na EDTA

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER TURBO X-RAY SOURCE / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: BRUKER SMART 6000 / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月25日
放射モノクロメーター: Osmic focussing mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→55.18 Å / Num. obs: 11668 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 1 % / Rsym value: 0.015 / Net I/σ(I): 62.79 / Num. measured all: 22188
反射 シェル解像度: 1.55→1.57 Å / 冗長度: 1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.23 / Num. unique obs: 459 / Rsym value: 0.535 / % possible all: 70.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELX精密化
SAINTデータ削減
SADABSデータスケーリング
SHELXDE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.55→55.18 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 3 / 詳細: NON-MEROHEDRAL TWIN REFINEMENT AGAINST HKL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.215 588 5 %THIN SHELLS
Rwork0.166 ---
obs0.166 11080 98.4 %-
all-11080 --
原子変位パラメータBiso max: 82.57 Å2 / Biso mean: 20.62 Å2 / Biso min: 10.11 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.55→55.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数395 0 0 34 429
Biso mean---34 -
残基数----50
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d1.99
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0.133
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.446
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.054
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.051
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.028
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.032
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.053
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.61 Å /
Rfactor反射数
Rwork0.214 1143

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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