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万見
- PDB-6oq2: NMR Structure of Branched K11/K48-Linked Tri-Ubiquitin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6oq2
タイトルNMR Structure of Branched K11/K48-Linked Tri-Ubiquitin
要素(Ubiquitin) x 3
キーワードSIGNALING PROTEIN
機能・相同性symbiont entry into host cell via disruption of host cell glycocalyx / Pectate lyase superfamily protein / Rhamnogalacturonase A/epimerase, pectate lyase-like / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / virus tail / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor / Ubiquitin family / Tail fiber
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Boughton, A.J. / Fushman, D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM065334 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2020
タイトル: Branching via K11 and K48 Bestows Ubiquitin Chains with a Unique Interdomain Interface and Enhanced Affinity for Proteasomal Subunit Rpn1.
著者: Boughton, A.J. / Krueger, S. / Fushman, D.
履歴
登録2019年4月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年1月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Ubiquitin
D: Ubiquitin
E: Ubiquitin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9583
ポリマ－25,9583
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1860 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area12810 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 400structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Ubiquitin


分子量: 8660.873 Da / 分子数: 1 / 変異: K11R, K48R, K63R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CG47
#2: タンパク質 Ubiquitin


分子量: 8604.845 Da / 分子数: 1 / 変異: K48R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CG47
#3: タンパク質 Ubiquitin


分子量: 8691.918 Da / 分子数: 1 / 変異: M77D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CG47

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic22D 1H-15N HSQC
122isotropic12D 1H-15N HSQC
133isotropic22D 1H-15N HSQC
144isotropic12D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution1120 uM [U-15N-distal11] Branched K11/K48-Linked Tri-Ubiquitin, 95% H2O/5% D2OThe distal K11-linked Ub was uniformly 15N-enriched, while the distal K48-linked Ub and the proximal Ub were not isotopically enriched.15N_distal1195% H2O/5% D2O
solution2100 uM [U-15N-distal48] Branched K11/K48-Linked Tri-Ubiquitin, 95% H2O/5% D2OThe distal K48-linked Ub was uniformly 15N-enriched, while the distal K11-linked Ub and the proximal Ub were not isotopically enriched.15N_distal4895% H2O/5% D2O
solution360 uM [U-15N-distal11] Branched K11/K48-Linked Tri-Ubiquitin, 95% H2O/5% D2OThe distal K11-linked Ub was uniformly 15N-enriched, while the distal K48-linked Ub and the proximal Ub were not isotopically enriched. MTSL was attached to residue C48 in the distal K48-linked Ub.15N_distal11_MTSL4895% H2O/5% D2O
solution4110 uM [U-15N-distal48] Branched K11/K48-Linked Tri-Ubiquitin, 95% H2O/5% D2OThe distal K48-linked Ub was uniformly 15N-enriched, while the distal K11-linked Ub and the proximal Ub were not isotopically enriched. MTSL was attached to residue C48 in the distal K11-linked Ub.15N_distal48_MTSL1195% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
120 uMBranched K11/K48-Linked Tri-Ubiquitin[U-15N-distal11]1
100 uMBranched K11/K48-Linked Tri-Ubiquitin[U-15N-distal48]2
60 uMBranched K11/K48-Linked Tri-Ubiquitin[U-15N-distal11]3
110 uMBranched K11/K48-Linked Tri-Ubiquitin[U-15N-distal48]4
試料状態詳細: Buffer: 20 mM sodium phosphate, pH 6.8. / イオン強度: 0 M / Label: sample_conditions / pH: 6.8 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6002

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospin解析
SparkyGoddardpeak picking
HADDOCKBonvin精密化
HADDOCKBonvinstructure calculation
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 3
詳細: THE INITIAL HADDOCK INPUT WAS THE CRYSTAL STRUCTURE OF BRANCHED K11/K48-LINKED TRI-UBIQUITIN (PDB ID 6OQ1). AMBIGUOUS DISTANCE RESTRAINTS WERE FROM CHEMICAL SHIFT PERTURBATIONS AND DISTANCE ...詳細: THE INITIAL HADDOCK INPUT WAS THE CRYSTAL STRUCTURE OF BRANCHED K11/K48-LINKED TRI-UBIQUITIN (PDB ID 6OQ1). AMBIGUOUS DISTANCE RESTRAINTS WERE FROM CHEMICAL SHIFT PERTURBATIONS AND DISTANCE RESTRAINTS WERE BASED ON PRES.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 400 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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