[日本語] English
万見
- PDB-6oog: Crystal structure of triosephosphate isomerase from Taenia Solium... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6oog
タイトルCrystal structure of triosephosphate isomerase from Taenia Solium in complex with 2PG
要素Triosephosphate isomerase
キーワードISOMERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


glyceraldehyde-3-phosphate biosynthetic process / glycerol catabolic process / triose-phosphate isomerase / triose-phosphate isomerase activity / gluconeogenesis / glycolytic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Triosephosphate isomerase, bacterial/eukaryotic / Triosephosphate isomerase, active site / Triosephosphate isomerase active site. / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase superfamily / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase (TIM) family profile. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel ...Triosephosphate isomerase, bacterial/eukaryotic / Triosephosphate isomerase, active site / Triosephosphate isomerase active site. / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase superfamily / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase (TIM) family profile. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-PHOSPHOGLYCOLIC ACID / Triosephosphate isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Taenia solium (かぎさなだ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.02 Å
データ登録者Jimenez-Sandoval, P. / Brieba, L.
資金援助 メキシコ, 1件
組織認可番号国
Consejo Nacional de Ciencia y Tecnologia (CONACYT)Fronteras de la Ciencia 13 メキシコ
引用ジャーナル: Plos Negl Trop Dis / 年: 2020
タイトル: Crystal structures of Triosephosphate Isomerases from Taenia solium and Schistosoma mansoni provide insights for vaccine rationale and drug design against helminth parasites.
著者: Jimenez-Sandoval, P. / Castro-Torres, E. / Gonzalez-Gonzalez, R. / Diaz-Quezada, C. / Gurrola, M. / Camacho-Manriquez, L.D. / Leyva-Navarro, L. / Brieba, L.G.
履歴
登録2019年4月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年1月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Triosephosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6743
ポリマ－27,4951
非ポリマー1792
水3,405189
1
A: Triosephosphate isomerase
ヘテロ分子

A: Triosephosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,3496
ポリマ－54,9912
非ポリマー3584
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area4000 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area17840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.370, 66.370, 155.530
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 Triosephosphate isomerase / TIM / Triose-phosphate isomerase


分子量: 27495.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Taenia solium (かぎさなだ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9GTX8, triose-phosphate isomerase
#2: 化合物 ChemComp-PGA / 2-PHOSPHOGLYCOLIC ACID / (ホスホノオキシ)酢酸


分子量: 156.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C2H5O6P
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.58 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M Sodium acetate trihydrate 0.1M Sodium cacodylate trihydrate 6.5 30% w/v Polyethylene glycol 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-002+ / 波長: 1.5419 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2018年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5419 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.02→61.044 Å / Num. obs: 23571 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 10.3 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.298 / Rpim(I) all: 0.095 / Rrim(I) all: 0.314 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 2.02→2.07 Å / 冗長度: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 2.307 / Num. measured all: 16512 / Num. unique obs: 1693 / CC1/2: 0.339 / Rpim(I) all: 0.757 / Rrim(I) all: 2.433 / Net I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 99.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation5.96 Å61.05 Å
Translation5.96 Å61.05 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16精密化
PHASER2.8.1位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
CrystalClearデータ収集
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3TH6

3th6


解像度: 2.02→61.044 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.97
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2243 1177 5 %
Rwork0.1842 --
obs0.1863 23526 99.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 72.49 Å2 / Biso mean: 25.6229 Å2 / Biso min: 13.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.02→61.044 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1884 0 10 189 2083
Biso mean--22.35 30.59 -
残基数----252
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.0201-2.11210.32171420.2946270699
2.1121-2.22340.28511430.2542271899
2.2234-2.36270.24441450.2279274499
2.3627-2.54520.27921450.2172751100
2.5452-2.80130.25881450.19792769100
2.8013-3.20660.24351470.18782794100
3.2066-4.03990.18231500.14442846100
4.0399-61.0440.17711600.15043021100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る