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- PDB-6onu: Complex structure of WhiB1 and region 4 of SigA in P21 space group. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6onu
タイトルComplex structure of WhiB1 and region 4 of SigA in P21 space group.
要素
  • RNA polymerase sigma factor SigA
  • Transcriptional regulator WhiB1
キーワードTRANSCRIPTION / Iron-sulfur cluster / transcription regulation / redox-sensing
機能・相同性
機能・相同性情報


response to water / dinitrosyl-iron complex binding / protein-disulfide reductase [NAD(P)H] activity / response to nitric oxide / sigma factor activity / protein-disulfide reductase activity / cell redox homeostasis / peptidoglycan-based cell wall / DNA-templated transcription initiation / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ...response to water / dinitrosyl-iron complex binding / protein-disulfide reductase [NAD(P)H] activity / response to nitric oxide / sigma factor activity / protein-disulfide reductase activity / cell redox homeostasis / peptidoglycan-based cell wall / DNA-templated transcription initiation / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transcription factor WhiB / WhiB-like iron-sulfur binding domain / Transcription factor WhiB / 4Fe-4S WhiB-like (Wbl)-type iron-sulfur binding domain profile. / Sigma-70 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 ...Transcription factor WhiB / WhiB-like iron-sulfur binding domain / Transcription factor WhiB / 4Fe-4S WhiB-like (Wbl)-type iron-sulfur binding domain profile. / Sigma-70 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / IRON/SULFUR CLUSTER / Transcriptional regulator WhiB1 / RNA polymerase sigma factor SigA
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Wan, T. / Li, S.R. / Beltran, D.G. / Schacht, A. / Becker, D.C. / Zhang, L.M.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Structural basis of non-canonical transcriptional regulation by the sigma A-bound iron-sulfur protein WhiB1 in M. tuberculosis.
著者: Wan, T. / Li, S. / Beltran, D.G. / Schacht, A. / Zhang, L. / Becker, D.F. / Zhang, L.
履歴
登録2019年4月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年1月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator WhiB1
B: RNA polymerase sigma factor SigA
C: Transcriptional regulator WhiB1
D: RNA polymerase sigma factor SigA
E: Transcriptional regulator WhiB1
F: RNA polymerase sigma factor SigA
G: Transcriptional regulator WhiB1
H: RNA polymerase sigma factor SigA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,47313
ポリマ－88,9618
非ポリマー1,5135
水5,531307
1
A: Transcriptional regulator WhiB1
B: RNA polymerase sigma factor SigA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5923
ポリマ－22,2402
非ポリマー3521
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1670 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area8540 Å2
手法PISA
2
C: Transcriptional regulator WhiB1
D: RNA polymerase sigma factor SigA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5923
ポリマ－22,2402
非ポリマー3521
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1670 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area8430 Å2
手法PISA
3
E: Transcriptional regulator WhiB1
F: RNA polymerase sigma factor SigA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5923
ポリマ－22,2402
非ポリマー3521
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1700 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area8400 Å2
手法PISA
4
G: Transcriptional regulator WhiB1
H: RNA polymerase sigma factor SigA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6984
ポリマ－22,2402
非ポリマー4582
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1740 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area8360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.803, 144.439, 59.890
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.761, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPARGARG(chain 'A' and (resid 2 through 4 or resid 6...AA2 - 42 - 4
12LYSLYSLYSLYS(chain 'A' and (resid 2 through 4 or resid 6...AA66
13CYSCYSPROPRO(chain 'A' and (resid 2 through 4 or resid 6...AA9 - 199 - 19
14GLYGLYGLYGLY(chain 'A' and (resid 2 through 4 or resid 6...AA21 - 6121 - 61
15SERSERLYSLYS(chain 'A' and (resid 2 through 4 or resid 6...AA64 - 7264 - 72
26ASPASPARGARG(chain 'E' and (resid 2 through 4 or resid 6...EE2 - 42 - 4
27LYSLYSLYSLYS(chain 'E' and (resid 2 through 4 or resid 6...EE66
28CYSCYSPROPRO(chain 'E' and (resid 2 through 4 or resid 6...EE9 - 199 - 19
29GLYGLYGLYGLY(chain 'E' and (resid 2 through 4 or resid 6...EE21 - 6121 - 61
210SERSERLYSLYS(chain 'E' and (resid 2 through 4 or resid 6...EE64 - 7264 - 72

-
要素

#1: タンパク質
Transcriptional regulator WhiB1 / Iron-sulfur cluster protein WhiB1


分子量: 8553.324 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 1-76 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
遺伝子: whiB1, Rv3219 / Variant: ATCC 25618 / H37Rv / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WF43
#2: タンパク質
RNA polymerase sigma factor SigA / Sigma-A


分子量: 13686.857 Da / 分子数: 4 / 断片: region 4 (UNP residues 417-528) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
遺伝子: sigA, mysA, rpoD, rpoV, Rv2703, MTCY05A6.24 / Variant: ATCC 25618 / H37Rv / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WGI1
#3: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 307 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.2 % / 解説: long brownish cuboid
Preparation: The protein was degraded in the crystal, resulting in a discrepancy between the Matthews coefficient and the reported protein sequence.
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 100 mM Bis-Tris, pH 5.5, 200 mM magnesium chloride, 25% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
Ambient temp details: Under continuous low-temperature nitrogen gas
Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月3日 / 詳細: Mirror
放射モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 55679 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 14 % / Biso Wilson estimate: 35.5 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 22.3
反射 シェル解像度: 1.85→1.87 Å / 冗長度: 14.4 % / Rmerge(I) obs: 1.42 / Num. unique obs: 2854 / CC1/2: 0.862 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PHENIX1.13_2998精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6ONO

6ono


解像度: 1.85→36.87 Å / SU ML: 0.2351 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.9124 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2354 2578 5.03 %Random selection
Rwork0.1942 48699 --
obs0.1964 51277 98.06 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 50.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→36.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4426 0 39 307 4772
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00914605
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.95996259
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0567701
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0065818
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.72441768
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.890.31841440.27782710X-RAY DIFFRACTION97.87
1.89-1.920.42441340.32332679X-RAY DIFFRACTION98.22
1.92-1.970.31641460.26562726X-RAY DIFFRACTION98.15
1.97-2.010.30611420.24952671X-RAY DIFFRACTION97.5
2.01-2.060.27651620.23192614X-RAY DIFFRACTION96.22
2.06-2.120.29591240.23342750X-RAY DIFFRACTION98.22
2.12-2.180.251510.21042687X-RAY DIFFRACTION98.54
2.18-2.250.26441230.22252745X-RAY DIFFRACTION98.66
2.25-2.330.27141300.20812704X-RAY DIFFRACTION97.93
2.33-2.420.23121490.19172716X-RAY DIFFRACTION99.27
2.42-2.530.27141440.20032693X-RAY DIFFRACTION96.43
2.53-2.670.24491380.20262696X-RAY DIFFRACTION98.51
2.67-2.840.26571640.2162691X-RAY DIFFRACTION98.72
2.84-3.050.24141580.21132731X-RAY DIFFRACTION99.28
3.05-3.360.26661210.20022703X-RAY DIFFRACTION96.78
3.36-3.850.20721690.18362721X-RAY DIFFRACTION99.14
3.85-4.840.19421440.15952694X-RAY DIFFRACTION97.43
4.84-36.880.20711350.17382768X-RAY DIFFRACTION98.31
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.23784609363-0.737274267542.53840808286.36606699853-0.291680018235.58618443216-0.0270511385794-0.0536550074110.121631747102-0.1863573635210.05640306729120.139405860145-0.6979034723220.0483685709585-0.06032483410490.377766375714-0.05867851663130.07857184324650.209676908764-0.06313581409640.276515544718-4.8767968770323.0131373464-10.8727425655
24.582532689763.547943367692.035545821597.104257556740.2161999607033.29251153524-0.05266668718590.1660009083020.0317036599967-0.02734629563950.305135409571-0.07899857219590.0528425521615-0.145173039419-0.2172213239080.2983607092820.02261986032580.03929590331810.2322065504140.004739676560260.245902130644-16.6678087947.65722570727-16.353419498
32.172855879180.3947459774580.4870929897555.558251637970.4322251688694.10349363709-0.08560701292680.1201990782710.199937254202-0.2515786166950.3223171463160.06725055999830.272218037737-0.177626268152-0.2142294932670.26106787725-0.0341471470595-0.01322393304670.2282716532240.1118323472980.256426040245-25.7636458981-12.3857421151-19.5447862453
43.38713152174-1.099595494331.003873891816.87569966162-3.668661672076.22996568604-0.2828505927390.0181773808095-0.0380510171362-0.535424692185-0.095171995831-0.4603649798330.4363003626060.2027282081090.2757288817320.3952395071240.008957883570260.1000714204520.2038126679640.03599171446850.359007210439-20.1386026699-28.9903031174-9.66677082856
57.310533545021.45688036299-1.522935241865.171647101431.198392120526.720321892510.384039641813-0.196414275258-0.243090208260.647815515703-0.1427387079920.2092544041-0.00307930964566-0.00241439458058-0.1930359454670.5520010103330.0136348499061-0.004537381266170.235707283373-0.001842365772410.345602156785-8.07563000767-28.4288139536-46.3223654637
65.83910564245-5.83078487287-1.833291772488.139632900940.2912275197962.35071148117-0.08277168256590.0389206111225-0.102193257788-0.3273341763380.3188546126910.1183949387860.15531404265-0.211608456346-0.2208801061860.71194579099-0.1516091917790.04626025621220.3825527133950.01661696717630.279529440084-18.4421153521-11.9877503926-40.2290179297
72.198929289520.810463525481-0.197833484415.72196798663-0.209816533234.877773897980.02786778894740.0783158478012-0.117323398449-0.6310995638890.4644972519020.2711318010580.0778623934637-0.509721183218-0.3907179322610.398586064092-0.0649718877228-0.001086729909330.3798713194950.2083585042080.383198171815-26.19530701648.97358930445-36.0762694333
86.806115341781.85655870278-3.163254490046.01425648584-3.200947596059.250060944030.0721812390927-0.0499847423736-0.3187418975590.1154323143420.03837913785890.0182951853239-0.3445043267320.232027688443-0.1048827397430.444412872879-0.0561188141914-0.03184522942570.2277257419870.03756268548550.299769781338-18.623388945324.1376256234-47.582394305
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 2 through 73)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 455 through 523)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 2 through 75)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 455 through 522)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'E' and resid 2 through 73)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'F' and resid 454 through 521)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain 'G' and resid 2 through 73)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain 'H' and resid 456 through 520)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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