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万見
- PDB-6omt: HIV-1 capsid hexamer R18D mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6omt
タイトルHIV-1 capsid hexamer R18D mutant
要素Capsid protein
キーワードVIRAL PROTEIN / HIV-1 / capsid / CA
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding via host ESCRT complex / ISG15 antiviral mechanism / host multivesicular body / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / viral translational frameshifting / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity ...viral budding via host ESCRT complex / ISG15 antiviral mechanism / host multivesicular body / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / viral translational frameshifting / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Gag protein p6 / Gag protein p6 / : / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain ...Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Gag protein p6 / Gag protein p6 / : / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Gag polyprotein / Gag polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.052 Å
データ登録者Huang, P. / Summers, B.J. / Xiong, Y.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Biomedical Imaging and Bioengineering (NIH/NIBIB)0000-0001-9625-9313 米国
National Science Foundation (NSF, United States)P30GM110758 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM101975 米国
引用
ジャーナル: Cell Rep / 年: 2019
タイトル: FEZ1 Is Recruited to a Conserved Cofactor Site on Capsid to Promote HIV-1 Trafficking.
著者: Huang, P.T. / Summers, B.J. / Xu, C. / Perilla, J.R. / Malikov, V. / Naghavi, M.H. / Xiong, Y.
#1: ジャーナル: Cell Rep / 年: 2019
タイトル: FEZ1 is recruited to a conserved cofactor site on capsid to promote HIV-1 trafficking
著者: Huang, P. / Summers, B.J. / Xu, C. / Perilla, J.R. / Malikov, V. / Naghavi, M.H. / Xiong, Y.
履歴
登録2019年4月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.22019年9月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5501
ポリマ－25,5501
非ポリマー00
水3,927218
1
A: Capsid protein
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,3026
ポリマ－153,3026
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation5_555y,-x+y,z1
crystal symmetry operation6_555x-y,x,z1
Buried area15150 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area61150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.662, 90.662, 56.576
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number168
Space group name H-MP6

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要素

#1: タンパク質 Capsid protein


分子量: 25550.361 Da / 分子数: 1 / 変異: A14C, E45C, W184A, M185A, R18D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: gag / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B6DRA0, UniProt: P12493*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.18 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: マイクロバッチ法 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, 8% PEG8000 / Temp details: room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月15日
放射モノクロメーター: Cryogenically-cooled single crystal Si(220) side bounce
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→45.9 Å / Num. obs: 16794 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.5 % / CC1/2: 0.397 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Rsym value: 0.134 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 2.05→2.09 Å / Rmerge(I) obs: 0.134

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.052→45.9 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.54
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2212 864 5.18 %
Rwork0.1812 --
obs0.1832 16682 99.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.052→45.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1681 0 0 218 1899
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051730
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9312353
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.91073
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055266
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005307
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0522-2.18080.28631590.26632598X-RAY DIFFRACTION99
2.1808-2.34920.20881410.21252608X-RAY DIFFRACTION100
2.3492-2.58560.22811360.19532635X-RAY DIFFRACTION100
2.5856-2.95970.2291550.18282630X-RAY DIFFRACTION100
2.9597-3.72860.20621390.17142644X-RAY DIFFRACTION100
3.7286-45.91240.21581340.16332703X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 25.0997 Å / Origin y: 9.3181 Å / Origin z: 0.0035 Å
111213212223313233
T0.2082 Å2-0.0087 Å20.0099 Å2-0.2608 Å2-0.0035 Å2--0.2558 Å2
L0.1299 °2-0.3799 °20.3873 °2-1.0089 °2-0.5969 °2--1.1402 °2
S-0.0015 Å °0.0669 Å °0.0221 Å °-0.0326 Å °-0.0717 Å °-0.1158 Å °0.0023 Å °0.1153 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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