[日本語] English
万見
- PDB-6omo: Human BMP6 homodimer -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6omo
タイトルHuman BMP6 homodimer
要素Bone morphogenetic protein 6
キーワードCYTOKINE / BMP / bone morphogenetic protein
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of aldosterone biosynthetic process / positive regulation of aldosterone secretion / enzyme activator complex / negative regulation of adherens junction organization / positive regulation of chondrocyte differentiation / positive regulation of endothelial cell differentiation / type B pancreatic cell development / BMP receptor binding / eye development / endochondral ossification ...positive regulation of aldosterone biosynthetic process / positive regulation of aldosterone secretion / enzyme activator complex / negative regulation of adherens junction organization / positive regulation of chondrocyte differentiation / positive regulation of endothelial cell differentiation / type B pancreatic cell development / BMP receptor binding / eye development / endochondral ossification / cellular response to BMP stimulus / male genitalia development / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / positive regulation of vascular permeability / positive regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / cartilage development / response to magnesium ion / positive regulation of intracellular signal transduction / positive regulation of SMAD protein signal transduction / BMP signaling pathway / response to retinoic acid / positive regulation of bone mineralization / positive regulation of osteoblast differentiation / positive regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of neuron differentiation / response to glucocorticoid / response to activity / cytokine activity / positive regulation of epithelial cell proliferation / skeletal system development / cellular response to iron ion / positive regulation of protein secretion / growth factor activity / kidney development / cellular response to mechanical stimulus / bone development / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / neuron differentiation / osteoblast differentiation / vesicle / intracellular iron ion homeostasis / immune response / inflammatory response / protein heterodimerization activity / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space
類似検索 - 分子機能
TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / Cystine-knot cytokine
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Bone morphogenetic protein 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Juo, Z.S. / Seeherman, H.
引用ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2019
タイトル: A BMP/activin A chimera is superior to native BMPs and induces bone repair in nonhuman primates when delivered in a composite matrix.
著者: Seeherman, H.J. / Berasi, S.P. / Brown, C.T. / Martinez, R.X. / Juo, Z.S. / Jelinsky, S. / Cain, M.J. / Grode, J. / Tumelty, K.E. / Bohner, M. / Grinberg, O. / Orr, N. / Shoseyov, O. / ...著者: Seeherman, H.J. / Berasi, S.P. / Brown, C.T. / Martinez, R.X. / Juo, Z.S. / Jelinsky, S. / Cain, M.J. / Grode, J. / Tumelty, K.E. / Bohner, M. / Grinberg, O. / Orr, N. / Shoseyov, O. / Eyckmans, J. / Chen, C. / Morales, P.R. / Wilson, C.G. / Vanderploeg, E.J. / Wozney, J.M.
履歴
登録2019年4月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
I: Bone morphogenetic protein 6
J: Bone morphogenetic protein 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,77212
ポリマ－23,5532
非ポリマー1,21810
水70339
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5090 Å2
ΔGint4 kcal/mol
Surface area12210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.398, 97.398, 85.644
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 IJ

#1: タンパク質 Bone morphogenetic protein 6 / BMP-6 / VG-1-related protein / VGR-1


分子量: 11776.574 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BMP6, VGR
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P22004

-
糖 , 2種, 2分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 47分子

#3: 化合物
ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100mM Tris HCl 8.0, 15% MPD

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAC Science DIP-320 / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→48.7 Å / Num. obs: 14720 / % possible obs: 99.49 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 79.1 Å2 / Net I/σ(I): 8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→48.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9226 / SU R Cruickshank DPI: 0.268 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.271 / SU Rfree Blow DPI: 0.219 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.219
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2442 745 5.06 %RANDOM
Rwork0.2155 ---
obs0.217 14720 99.49 %-
原子変位パラメータBiso mean: 68.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.3979 Å20 Å20 Å2
2--1.3979 Å20 Å2
3----2.7958 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.344 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.8→48.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1646 0 52 39 1737
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011774HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.32414HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d560SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes45HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes254HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1774HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.44
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion22.18
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion232SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1806SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.81 Å / Total num. of bins used: 7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 160 5.47 %
Rwork0.2285 2764 -
all0.2313 2924 -
obs--99.49 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る