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万見
- PDB-6ol8: Crystal structure of NDM-12 metallo-beta-lactamase in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ol8
タイトルCrystal structure of NDM-12 metallo-beta-lactamase in complex with hydrolyzed ampicillin
要素Metallo-beta-lactamase NDM-12
キーワードhydrolase/antibiotic / metallo-beta-lactamase / NDM / HYDROLASE / hydrolase-antibiotic complex
機能・相同性Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Chem-ZZ7 / Metallo-beta-lactamase NDM-12
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Raczynska, J.E. / Imiolczyk, B. / Jaskolski, M.
資金援助 ポーランド, 1件
組織認可番号国
Polish National Science Centre ポーランド
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2020
タイトル: Flexible loops of New Delhi metallo-beta-lactamase modulate its activity towards different substrates.
著者: Raczynska, J.E. / Imiolczyk, B. / Komorowska, M. / Sliwiak, J. / Czyrko-Horczak, J. / Brzezinski, K. / Jaskolski, M.
履歴
登録2019年4月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年5月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metallo-beta-lactamase NDM-12
B: Metallo-beta-lactamase NDM-12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,67715
ポリマ－51,4582
非ポリマー1,22013
水4,161231
1
A: Metallo-beta-lactamase NDM-12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3929
ポリマ－25,7291
非ポリマー6638
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Metallo-beta-lactamase NDM-12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2866
ポリマ－25,7291
非ポリマー5575
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.469, 76.449, 130.906
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ILE / Beg label comp-ID: ILE / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: _ / Auth seq-ID: 31 - 270 / Label seq-ID: 4 - 243

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Metallo-beta-lactamase NDM-12


分子量: 25728.873 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: blaNDM-12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A024FRL9

-
非ポリマー , 5種, 244分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-ZZ7 / (2R,4S)-2-[(R)-{[(2R)-2-amino-2-phenylacetyl]amino}(carboxy)methyl]-5,5-dimethyl-1,3-thiazolidine-4-carboxylic acid / AMPICILLIN (open form) / (αR,2R)-α-[[(R)-アミノフェニルアセチル]アミノ]-4β-カルボキシ-5,5-ジメチルチアゾリジン-2α(以下略)


分子量: 367.420 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H21N3O5S
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.24 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.15M KBr, 30% PEG 2000 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月29日
放射モノクロメーター: Double Crystal Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→66.02 Å / Num. obs: 22766 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.149 / Rrim(I) all: 0.169 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 3544 / CC1/2: 0.62 / Rrim(I) all: 0.92 / % possible all: 96.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3q6x

3q6x
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.1→21.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 13.35 / SU ML: 0.183 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.299 / ESU R Free: 0.208 / 詳細: HYDROGENS WERE ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22726 1160 5.1 %RANDOM
Rwork0.17214 ---
obs0.17499 21606 97.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 33.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.57 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.44 Å2-0 Å2
3---1.13 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.1→21.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3566 0 61 231 3858
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0133763
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173366
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6141.645130
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3981.597789
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3935487
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.17623.258178
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.02615547
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6081517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.2505
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024402
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02769
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4031.9571939
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.4011.9561938
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.342.932426
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.3412.9322427
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5552.3021824
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.5542.3031825
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.8673.3212704
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.57338.08616981
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.57137.91416861
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 7870 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.1 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.101→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 80 -
Rwork0.31 1545 -
obs--95.59 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.56260.6855-0.5673.5438-2.06817.1315-0.07190.1266-0.2372-0.203-0.0938-0.56530.75380.47710.16570.18150.03640.03880.4349-0.07190.141523.17413.2544.637
20.91570.0351-0.06460.8786-0.33490.8509-0.00720.0368-0.0334-0.0798-0.0154-0.06250.03980.01820.02250.1407-0.00980.00730.25230.00130.005519.42829.17951.14
32.5799-0.03341.13451.17860.27723.02150.2329-0.0439-0.31590.1867-0.07120.05760.36720.097-0.16170.1780.0218-0.0460.1888-0.01880.047629.65742.53281.583
41.557-0.05840.25181.3080.24881.0320.00160.0413-0.03940.0395-0.04060.03010.0058-0.05910.03890.14510.0076-0.01620.2545-0.00170.005327.61259.54682.805
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A31 - 52
2X-RAY DIFFRACTION2A53 - 270
3X-RAY DIFFRACTION3B31 - 114
4X-RAY DIFFRACTION4B115 - 270

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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