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- PDB-6ol7: Crystal structure of glVRC01 scFv in complex with anti-idiotype i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ol7
タイトルCrystal structure of glVRC01 scFv in complex with anti-idiotype iv8 scFv
要素
  • glVRC01 Heavy Chain
  • glVRC01 Light Chain
  • iv8 Heavy Chain
  • iv8 Light Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / glVRC01 / Iv8 / Anti-Idiotype / scFv / antibody / HIV
機能・相同性DI(HYDROXYETHYL)ETHER
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.419 Å
データ登録者Weidle, C. / Pancera, M.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HIVRAD/1P01AI138212 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI081625 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01 AI138212 米国
引用ジャーナル: J.Exp.Med. / 年: 2019
タイトル: Anti-idiotypic antibodies elicit anti-HIV-1-specific B cell responses.
著者: Dosenovic, P. / Pettersson, A.K. / Wall, A. / Thientosapol, E.S. / Feng, J. / Weidle, C. / Bhullar, K. / Kara, E.E. / Hartweger, H. / Pai, J.A. / Gray, M.D. / Parks, K.R. / Taylor, J.J. / ...著者: Dosenovic, P. / Pettersson, A.K. / Wall, A. / Thientosapol, E.S. / Feng, J. / Weidle, C. / Bhullar, K. / Kara, E.E. / Hartweger, H. / Pai, J.A. / Gray, M.D. / Parks, K.R. / Taylor, J.J. / Pancera, M. / Stamatatos, L. / Nussenzweig, M.C. / McGuire, A.T.
履歴
登録2019年4月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年10月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: iv8 Heavy Chain
B: glVRC01 Light Chain
C: glVRC01 Heavy Chain
D: iv8 Light Chain
E: iv8 Heavy Chain
F: glVRC01 Light Chain
H: glVRC01 Heavy Chain
I: glVRC01 Heavy Chain
J: iv8 Light Chain
K: iv8 Heavy Chain
L: glVRC01 Light Chain
M: glVRC01 Heavy Chain
N: glVRC01 Light Chain
O: iv8 Light Chain
P: iv8 Heavy Chain
Q: iv8 Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)223,42656
ポリマ－220,55616
非ポリマー2,87040
水20,6631147
1
A: iv8 Heavy Chain
H: glVRC01 Heavy Chain
L: glVRC01 Light Chain
Q: iv8 Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,72412
ポリマ－55,1394
非ポリマー5858
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: glVRC01 Light Chain
C: glVRC01 Heavy Chain
D: iv8 Light Chain
E: iv8 Heavy Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,57311
ポリマ－55,1394
非ポリマー4347
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
F: glVRC01 Light Chain
I: glVRC01 Heavy Chain
J: iv8 Light Chain
K: iv8 Heavy Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,20218
ポリマ－55,1394
非ポリマー1,06314
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
M: glVRC01 Heavy Chain
N: glVRC01 Light Chain
O: iv8 Light Chain
P: iv8 Heavy Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,92715
ポリマ－55,1394
非ポリマー78811
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.583, 107.937, 116.961
Angle α, β, γ (deg.)85.49, 80.28, 84.17
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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抗体 , 4種, 16分子 AEKPBFLNCHIMDJOQ

#1: 抗体
iv8 Heavy Chain


分子量: 14527.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体
glVRC01 Light Chain


分子量: 11673.807 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体
glVRC01 Heavy Chain


分子量: 15607.272 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体
iv8 Light Chain


分子量: 13330.836 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 4種, 1187分子

#5: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.68 % / 解説: plates
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.13M NaCl, 0.13M Tris pH 8.0, 10.4% PEG 20,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.419→50 Å / Num. obs: 87182 / % possible obs: 92.39 % / 冗長度: 1.7 % / Net I/σ(I): 10.25
反射 シェル解像度: 2.419→2.506 Å / Num. unique obs: 5909

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6MFT

6mft


解像度: 2.419→49.784 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 25.31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2238 4370 5.01 %
Rwork0.1743 --
obs0.1767 87139 92.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.419→49.784 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14344 0 184 1147 15675
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00214868
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.49620082
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.0585312
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0422121
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0022542
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4188-2.44630.2605760.21111600X-RAY DIFFRACTION52
2.4463-2.47510.2677980.20631883X-RAY DIFFRACTION64
2.4751-2.50530.28271150.22882113X-RAY DIFFRACTION71
2.5053-2.5370.32351400.23712320X-RAY DIFFRACTION78
2.537-2.57040.29461220.22182750X-RAY DIFFRACTION91
2.5704-2.60560.30441550.21862774X-RAY DIFFRACTION93
2.6056-2.64280.29851560.20932733X-RAY DIFFRACTION93
2.6428-2.68220.31011450.21532803X-RAY DIFFRACTION93
2.6822-2.72420.26921910.21082818X-RAY DIFFRACTION95
2.7242-2.76880.27631320.20542814X-RAY DIFFRACTION95
2.7688-2.81650.29351510.20412783X-RAY DIFFRACTION94
2.8165-2.86780.27111530.20072914X-RAY DIFFRACTION96
2.8678-2.92290.24731220.19512830X-RAY DIFFRACTION96
2.9229-2.98260.25531400.19392893X-RAY DIFFRACTION96
2.9826-3.04740.25581570.19272913X-RAY DIFFRACTION97
3.0474-3.11830.24111450.192876X-RAY DIFFRACTION97
3.1183-3.19630.27071360.19762959X-RAY DIFFRACTION97
3.1963-3.28270.27291460.18932895X-RAY DIFFRACTION97
3.2827-3.37920.22711380.18892968X-RAY DIFFRACTION98
3.3792-3.48830.22351530.17182909X-RAY DIFFRACTION98
3.4883-3.61290.21911590.17012873X-RAY DIFFRACTION97
3.6129-3.75750.21161700.16152896X-RAY DIFFRACTION98
3.7575-3.92850.20471370.15822960X-RAY DIFFRACTION98
3.9285-4.13550.21181620.14492921X-RAY DIFFRACTION98
4.1355-4.39450.17041580.12772905X-RAY DIFFRACTION98
4.3945-4.73350.1541650.11572940X-RAY DIFFRACTION98
4.7335-5.20940.14561740.12292911X-RAY DIFFRACTION98
5.2094-5.96210.17391640.15522905X-RAY DIFFRACTION99
5.9621-7.50750.2321610.19662971X-RAY DIFFRACTION99
7.5075-49.79440.19871490.18682939X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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