PDB-6ok2: PilT4 from Geobacter metallireducens bound to ADP: C3ocococ confo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ok2

タイトル

PilT4 from Geobacter metallireducens bound to ADP: C3ocococ conformation

要素

Twitching motility pilus retraction ATPase

キーワード

MOTOR PROTEIN / T4P / ATPase / type IV pilus / motor

機能・相同性

機能・相同性情報

ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Geobacter metallireducens (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.287 Å

データ登録者

McCallum, M. / Howell, P.L.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Multiple conformations facilitate PilT function in the type IV pilus.
著者: Matthew McCallum / Samir Benlekbir / Sheryl Nguyen / Stephanie Tammam / John L Rubinstein / Lori L Burrows / P Lynne Howell /

要旨: Type IV pilus-like systems are protein complexes that polymerize pilin fibres. They are critical for virulence in many bacterial pathogens. Pilin polymerization and depolymerization are powered by ...

履歴

登録	2019年4月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年11月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年11月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ok2.cif.gz	814 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ok2.ent.gz	682.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ok2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/6ok2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/6ok2	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	20114C 20115C 20116C 20117C 6ojxC 6ojyC 6ojzC 6okvC 6oljC 6olkC 6ollC 6olmC 3jvvS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6ojy-d 6ojz-d 6olk-d 3jvu-1 3jvv-1 6okv-d 6fo1-d 6geb-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#211 - 2017年7月線毛機械 (Pilus Machine) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Twitching motility pilus retraction ATPase

B: Twitching motility pilus retraction ATPase

C: Twitching motility pilus retraction ATPase

D: Twitching motility pilus retraction ATPase

E: Twitching motility pilus retraction ATPase

F: Twitching motility pilus retraction ATPase

ヘテロ分子

260 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: microscopy, CryoEM evidence for hexamer

単位格子

Length a, b, c (Å)	111.817, 120.956, 185.915
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Twitching motility pilus retraction ATPase 分子量: 42883.379 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Geobacter metallireducens (strain GS-15 / ATCC 53774 / DSM 7210) (バクテリア) 株: GS-15 / ATCC 53774 / DSM 7210 / 遺伝子: pilT-4, Gmet_1394 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q39VU6
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.66 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6 詳細: 5.75 % (w/v) PEG3350 100 mM L-proline 50 mM Hepes pH 7.6 100 mM NaCl 25 mM Hepes pH 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.9996 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9996 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.287→29.386 Å / Num. obs: 38771 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.7 % / R_pim(I) all: 0.069 / Net I/σ(I): 7.5
反射シェル	解像度: 3.287→3.4 Å / Num. unique obs: 3597 / R_pim(I) all: 0.501

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3JVV

3jvv

解像度: 3.287→29.386 Å / SU ML: 0.51 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.7

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2555	3654	4.99 %
R_work	0.2154	-	-
obs	0.2174	38771	98.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.287→29.386 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16026	0	162	12	16200

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	16486
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.577	22463
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.95	10023
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	2679
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2913

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.287-3.3302	0.39	110	0.3971	2224	X-RAY DIFFRACTION	83
3.3302-3.3758	0.3645	142	0.344	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3758-3.4239	0.3888	147	0.3396	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4239-3.4749	0.3165	145	0.3178	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4749-3.5292	0.36	136	0.3146	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5292-3.5869	0.3277	148	0.3039	2725	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5869-3.6487	0.3193	141	0.2923	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6487-3.7149	0.2844	147	0.2864	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7149-3.7862	0.2859	141	0.2747	2716	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7862-3.8633	0.3183	131	0.2677	2704	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8633-3.9471	0.2911	145	0.2574	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9471-4.0387	0.2994	155	0.2458	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0387-4.1394	0.2365	133	0.2301	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1394-4.251	0.2556	144	0.2173	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
4.251-4.3757	0.2633	130	0.2167	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3757-4.5165	0.2488	152	0.2008	2732	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5165-4.6773	0.2355	145	0.1963	2680	X-RAY DIFFRACTION	99
4.6773-4.8638	0.2682	133	0.192	2658	X-RAY DIFFRACTION	98
4.8638-5.0841	0.2265	140	0.194	2673	X-RAY DIFFRACTION	99
5.0841-5.3506	0.2944	137	0.2103	2672	X-RAY DIFFRACTION	99
5.3506-5.6836	0.2726	141	0.2202	2671	X-RAY DIFFRACTION	99
5.6836-6.1187	0.2652	146	0.2313	2683	X-RAY DIFFRACTION	99
6.1187-6.7278	0.281	144	0.2297	2694	X-RAY DIFFRACTION	99
6.7278-7.6861	0.2738	139	0.2029	2688	X-RAY DIFFRACTION	99
7.6861-9.6268	0.1636	145	0.1404	2677	X-RAY DIFFRACTION	99
9.6268-29.387	0.1811	137	0.1383	2698	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7614	-0.1666	-0.5209	2.8146	1.108	3.8465	-0.0729	-0.0453	-0.0194	0.1687	0.0325	-0.2109	0.1785	0.0846	0.0065	0.903	-0.1031	-0.0578	0.6656	-0.0525	0.7664	4.8926	-7.0466	-9.9174
2	4.1689	1.2695	-0.1622	3.7609	-0.37	6.2091	0.1213	-0.5249	-0.0014	0.3956	-0.2839	-0.0471	0.5127	-0.4518	0.1573	0.7287	-0.02	-0.0525	0.6255	-0.0886	0.6195	27.9347	-22.5181	-15.4123
3	4.7847	1.3699	-3.8126	4.2073	-0.8303	4.6381	-0.5335	0.2521	-0.8381	0.009	0.1272	-0.0595	1.1116	-0.299	0.4296	0.8629	0.0114	-0.0072	0.5446	-0.0552	0.7523	19.4282	-39.901	-16.909
4	4.5358	0.1341	-2.0593	3.3818	-0.0762	3.2164	0.3679	0.2842	-0.39	-0.3959	-0.5199	-0.225	-0.7041	0.5362	0.1659	0.8899	-0.2281	-0.1178	0.9975	0.0027	0.9882	46.624	-7.4597	-21.3071
5	4.7861	0.7582	-1.8533	5.7424	0.7548	3.8362	0.1695	0.2569	0.1978	-0.4601	0.0696	-0.153	-0.9612	0.5996	-0.204	1.0394	-0.0783	-0.1055	0.7243	-0.0883	0.6673	39.5508	-7.3714	-26.2088
6	1.9572	2.5377	0.6049	4.3979	-0.7361	5.3455	0.3158	0.0836	-0.395	0.7662	-0.1523	-0.6697	0.1106	0.6846	-0.1207	0.775	0.1411	-0.0191	1.0056	0.0275	0.7932	48.2127	-20.3222	-47.3083
7	4.6864	-0.1925	0.1471	5.3594	-1.9327	3.3869	-0.2546	0.6562	0.108	-0.7365	0.3252	0.8235	-0.0184	-0.9619	-0.1053	0.8239	0.0649	-0.1131	1.0389	-0.0168	0.7815	35.9088	-20.317	-53.3771
8	6.2736	0.6924	-1.4861	5.3665	0.4985	2.4455	-0.6687	-0.1403	-0.4738	-0.1514	-0.4757	0.8633	0.9726	-0.7991	1.1957	1.2413	0.0086	0.1918	0.9479	-0.2797	0.9019	31.9477	-32.4945	-50.1176
9	5.963	-3.4779	0.5449	4.6566	-2.647	4.461	-0.6857	-0.6897	-1.8369	0.5097	0.4113	0.6615	0.9837	-0.0953	0.3177	1.12	0.2234	0.3181	0.965	0.0736	1.4234	42.3943	-42.6064	-40.9287
10	3.4877	-1.3378	-0.7213	4.4261	-0.25	3.2066	0.0299	0.5803	0.9758	-0.561	0.1688	-0.5679	-0.8643	0.3188	-0.1216	1.1129	-0.1289	0.1268	0.9116	0.0392	0.8877	46.6823	-2.0737	-63.1216
11	3.7441	-1.5183	2.009	3.5616	-0.4135	4.4758	0.0944	0.0182	-0.0558	0.2212	-0.0522	0.0596	0.3657	0.1006	-0.011	0.5921	-0.0076	0.0719	0.6336	-0.0612	0.5326	31.3549	-23.2662	-79.2889
12	5.5948	0.6261	-0.0459	2.8187	-0.8559	4.1203	0.2906	0.035	-1.1446	-0.4936	-0.3	-0.0527	1.2407	0.4066	0.066	1.0981	0.1577	-0.0474	0.8366	0.0202	0.9649	38.8532	-41.8171	-79.5785
13	5.6606	-1.1881	1.6472	4.0929	0.4688	3.1243	0.7817	0.3744	-1.446	-0.366	-0.0112	-1.0447	0.6808	1.1006	-0.7083	0.8678	0.1933	-0.0841	1.5064	-0.1871	1.2527	54.712	-38.4335	-73.1187
14	2.8745	-0.195	1.4903	6.2507	1.1049	5.3686	0.095	0.0543	0.189	0.0888	-0.1146	0.5262	-0.0263	-0.4965	0.0254	0.5765	-0.0743	0.0712	0.6882	0.0176	0.6632	14.4316	-5.0405	-90.5783
15	2.6627	-1.1221	-0.7237	7.5224	-0.1394	2.821	-0.1979	-0.3215	-0.0403	0.2732	0.1992	-0.3953	-0.1188	0.4498	0.0043	0.4106	-0.0793	-0.0188	0.5975	-0.0335	0.5758	-2.8756	-29.7553	-75.2686
16	4.8399	-0.7735	-0.7957	5.4937	0.7244	6.3066	-0.3948	0.0933	-0.5553	-0.5317	0.0382	-0.4681	0.8746	0.452	0.3107	0.9355	0.0016	0.1366	0.8286	-0.0059	0.8772	8.0948	-48.7244	-85.9143
17	4.8593	-0.1443	-0.8973	6.4066	1.373	6.6876	-0.2094	0.0001	0.4878	-0.08	-0.0636	0.4224	-1.3956	-0.6425	0.2812	0.7643	0.0995	-0.0818	0.5921	0.0198	0.634	-18.3687	-5.2947	-75.2362
18	4.4973	-0.7061	-1.2071	3.0103	0.7993	7.3565	0.0267	-0.1029	-0.2072	-0.1092	-0.4747	0.9151	-0.4666	-1.9012	0.4991	0.592	-0.0837	0.0347	1.1839	-0.2269	0.8827	-33.5965	-24.5881	-57.4417
19	5.4055	0.0782	1.4172	5.6861	0.1375	2.9425	0.0354	0.3625	-0.0402	-0.2488	-0.3283	0.3574	0.1109	-0.778	0.3145	0.7055	-0.0399	-0.0573	0.8431	-0.123	0.6063	-22.8934	-17.1497	-48.6047
20	2.3505	-0.9074	0.8431	3.9912	-0.3236	5.3523	-0.0315	-0.1026	-0.5267	0.3	0.1631	0.1051	1.1008	-0.2197	-0.0792	0.8577	-0.2392	0.0139	0.6965	-0.0778	0.7259	-23.4224	-37.1266	-55.3033
21	3.1096	0.3295	1.4711	6.1149	0.9488	4.8758	0.3494	0.1776	-0.4374	-0.2778	0.0748	0.5693	1.4767	-0.4703	-0.3137	1.126	-0.2146	-0.0631	1.1415	-0.1627	0.8864	-33.6387	-40.7834	-72.6767
22	5.7612	-0.1874	-0.3168	4.8666	2.2606	5.3786	-0.438	-0.9484	0.5945	0.6828	-0.2772	1.2306	-0.483	-2.1124	0.859	0.911	0.2545	-0.0305	1.3472	-0.344	0.8872	-33.1468	-8.0068	-34.0679
23	5.3673	0.2752	0.7744	2.8406	0.0392	5.8589	-0.8366	-0.5083	0.8844	0.065	-0.1082	0.0165	-0.493	-0.4362	0.7977	1.061	0.0742	-0.1373	0.6896	-0.1568	0.8756	-18.9291	-6.1833	-35.2515
24	4.9666	-0.5702	-0.4545	2.8682	0.7042	4.1321	-0.0938	-0.3006	-0.4009	0.6186	-0.1386	-0.0401	0.2252	-0.4873	0.2166	1.1762	-0.1361	-0.0991	0.8915	-0.0098	0.8727	-13.3611	-29.3422	-18.9954
25	4.0817	-1.0522	-0.285	6.6073	0.8719	5.0241	-0.1587	0.346	0.0407	-0.0368	0.0751	0.0003	0.3095	-0.2383	0.128	0.6208	-0.0948	0.0156	0.5797	-0.0387	0.5791	-2.7034	-20.2934	-23.3568
26	3.2897	-2.6363	-0.8866	3.7811	-1.0132	2.4748	0.0063	0.5899	-0.7694	-0.1544	-0.3094	-0.2532	0.6189	-0.0287	0.3552	1.012	-0.1749	-0.0852	0.7578	-0.1151	1.082	-4.9051	-38.8779	-31.5079
27	4.9473	0.2978	-0.4579	2.9266	-0.0158	1.5168	0.1759	-0.1687	-1.3311	-0.2418	-0.3146	-0.0123	0.6121	-0.5902	-0.0493	1.4302	-0.299	-0.0158	1.0396	-0.0543	1.2737	-21.7728	-46.1414	-30.387

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 100 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 101 through 202 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 203 through 353 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 1 through 27 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 28 through 100 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 101 through 185 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 186 through 233 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 234 through 271 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 272 through 353 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 2 through 99 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 100 through 285 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 286 through 328 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 329 through 353 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid -4 through 100 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 101 through 309 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 310 through 356 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'E' and (resid 1 through 100 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'E' and (resid 101 through 151 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'E' and (resid 152 through 208 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'E' and (resid 209 through 309 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'E' and (resid 310 through 353 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'F' and (resid 2 through 44 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'F' and (resid 45 through 100 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'F' and (resid 101 through 151 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'F' and (resid 152 through 233 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'F' and (resid 234 through 310 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'F' and (resid 311 through 352 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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