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基本情報
| 登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ok0 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| タイトル | Crystal structure of Sel1 repeat protein from Oxalobacter formigenes | ||||||
要素 | (Sel1 repeat protein) x 4 | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Sel1 repeat / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
| 機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
| 生物種 | Oxalobacter formigenes OXCC13 (バクテリア) | ||||||
| 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.174 Å | ||||||
データ登録者 | Chang, C. / Tesar, C. / Endres, M. / Babnigg, G. / Hassan, H. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Publishedタイトル: Crystal structure of Sel1 repeat protein from Oxalobacter formigenes 著者: Chang, C. / Tesar, C. / Endres, M. / Babnigg, G. / Hassan, H. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
| 履歴 |
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構造の表示
| 構造ビューア | 分子: Molmil Jmol/JSmol |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
| PDBx/mmCIF形式 | 6ok0.cif.gz | 221.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
|---|---|---|---|---|
| PDB形式 | pdb6ok0.ent.gz | 178.2 KB | 表示 | PDB形式 |
| PDBx/mmJSON形式 | 6ok0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
| その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
| 文書・要旨 | 6ok0_validation.pdf.gz | 482.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
|---|---|---|---|---|
| 文書・詳細版 | 6ok0_full_validation.pdf.gz | 485.2 KB | 表示 | |
| XML形式データ | 6ok0_validation.xml.gz | 23.2 KB | 表示 | |
| CIF形式データ | 6ok0_validation.cif.gz | 32 KB | 表示 | |
| アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/6ok0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/6ok0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
| 登録構造単位 | ![]()
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| 単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 4種, 4分子 ABCD
| #1: タンパク質 | 分子量: 16021.429 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Oxalobacter formigenes OXCC13 (バクテリア)遺伝子: OFBG_00636 / 発現宿主: ![]() |
|---|---|
| #2: タンパク質 | 分子量: 15981.360 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Oxalobacter formigenes OXCC13 (バクテリア)遺伝子: OFBG_00636 / 発現宿主: ![]() |
| #3: タンパク質 | 分子量: 16020.419 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Oxalobacter formigenes OXCC13 (バクテリア)遺伝子: OFBG_00636 / 発現宿主: ![]() |
| #4: タンパク質 | 分子量: 15994.380 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Oxalobacter formigenes OXCC13 (バクテリア)遺伝子: OFBG_00636 / 発現宿主: ![]() |
-非ポリマー , 4種, 242分子 






| #5: 化合物 | ChemComp-PGE / |
|---|---|
| #6: 化合物 | ChemComp-CL / |
| #7: 化合物 | ChemComp-IMD / |
| #8: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
| Has protein modification | Y |
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-実験情報
-実験
| 実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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試料調製
| 結晶 | マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.07 % |
|---|---|
| 結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M magnesium chloride, 0.1M This-HCl, 20% PEG8000 |
-データ収集
| 回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| 放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97924 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月28日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 放射波長 | 波長: 0.97924 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 反射 | 解像度: 2.17→50 Å / Num. obs: 37770 / % possible obs: 93.3 % / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.138 / Rpim(I) all: 0.061 / Rrim(I) all: 0.151 / Χ2: 0.825 / Net I/σ(I): 7.2 / Num. measured all: 200503 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
| ソフトウェア |
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| 精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.174→39.629 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 24.39 / 立体化学のターゲット値: MLHL
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| 溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 原子変位パラメータ | Biso max: 107.11 Å2 / Biso mean: 36.3395 Å2 / Biso min: 7.81 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.174→39.629 Å
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| LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 21
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| 精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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