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- PDB-6ok0: Crystal structure of Sel1 repeat protein from Oxalobacter formigenes -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ok0
タイトルCrystal structure of Sel1 repeat protein from Oxalobacter formigenes
要素(Sel1 repeat protein) x 4
キーワードHYDROLASE / Sel1 repeat / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactamase activity / beta-lactamase
類似検索 - 分子機能
: / Sel1 repeat / Sel1-like repeat / Sel1-like repeats. / Tetratricopeptide repeat domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / TRIETHYLENE GLYCOL / Sel1 repeat protein
類似検索 - 構成要素
生物種Oxalobacter formigenes OXCC13 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.174 Å
データ登録者Chang, C. / Tesar, C. / Endres, M. / Babnigg, G. / Hassan, H. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Sel1 repeat protein from Oxalobacter formigenes
著者: Chang, C. / Tesar, C. / Endres, M. / Babnigg, G. / Hassan, H. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
履歴
登録2019年4月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月2日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sel1 repeat protein
B: Sel1 repeat protein
C: Sel1 repeat protein
D: Sel1 repeat protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,2727
ポリマ-64,0184
非ポリマー2553
4,306239
1
A: Sel1 repeat protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0211
ポリマ-16,0211
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Sel1 repeat protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9811
ポリマ-15,9811
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Sel1 repeat protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1712
ポリマ-16,0201
非ポリマー1501
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Sel1 repeat protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0993
ポリマ-15,9941
非ポリマー1052
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.768, 68.587, 74.365
Angle α, β, γ (deg.)68.540, 79.250, 89.970
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

-
タンパク質 , 4種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Sel1 repeat protein


分子量: 16021.429 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Oxalobacter formigenes OXCC13 (バクテリア)
遺伝子: OFBG_00636 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C3X8T2, beta-lactamase
#2: タンパク質 Sel1 repeat protein


分子量: 15981.360 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Oxalobacter formigenes OXCC13 (バクテリア)
遺伝子: OFBG_00636 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C3X8T2, beta-lactamase
#3: タンパク質 Sel1 repeat protein


分子量: 16020.419 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Oxalobacter formigenes OXCC13 (バクテリア)
遺伝子: OFBG_00636 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C3X8T2, beta-lactamase
#4: タンパク質 Sel1 repeat protein


分子量: 15994.380 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Oxalobacter formigenes OXCC13 (バクテリア)
遺伝子: OFBG_00636 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C3X8T2, beta-lactamase

-
非ポリマー , 4種, 242分子

#5: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / : C6H14O4
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Cl
#7: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C3H5N2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 239 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.07 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M magnesium chloride, 0.1M This-HCl, 20% PEG8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97924 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97924 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.17→50 Å / Num. obs: 37770 / % possible obs: 93.3 % / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.138 / Rpim(I) all: 0.061 / Rrim(I) all: 0.151 / Χ2: 0.825 / Net I/σ(I): 7.2 / Num. measured all: 200503
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.17-2.213.10.55315750.7920.3030.6360.85678.6
2.21-2.253.60.50517420.8850.2540.5680.9384.3
2.25-2.293.90.44617220.8930.2170.4990.91787.6
2.29-2.3440.43318570.9140.2070.4820.92991.3
2.34-2.394.30.41819000.9240.1950.4630.89592
2.39-2.444.50.4218830.9320.1940.4650.8793.4
2.44-2.514.60.37518830.9320.1740.4150.8792.9
2.51-2.574.50.36218540.9260.170.4020.89193.7
2.57-2.655.40.33619960.9450.1490.3690.86896.7
2.65-2.735.70.29719460.9580.130.3250.87396.8
2.73-2.835.90.2419490.9710.1040.2620.92896.1
2.83-2.9560.21519450.970.0930.2350.89396.2
2.95-3.085.90.18419370.980.080.2010.86695
3.08-3.246.10.1619450.9740.0690.1750.88795.6
3.24-3.446.40.12919250.9850.0550.140.84496.7
3.44-3.716.30.10719620.9880.0450.1170.82796.7
3.71-4.086.10.09119190.9890.0380.0990.73194.3
4.08-4.676.40.08419620.9880.0360.0920.67396.6
4.67-5.896.30.08119170.9860.0340.0880.60295.6
5.89-506.20.08419510.9840.0360.0920.62695.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.174→39.629 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 24.39 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2153 1690 4.84 %
Rwork0.1886 56503 -
obs0.1899 35290 73.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 107.11 Å2 / Biso mean: 36.3395 Å2 / Biso min: 7.81 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.174→39.629 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3927 0 16 239 4182
Biso mean--72.41 37.98 -
残基数----525
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 21

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.174-2.20960.2776570.23131254131134
2.2096-2.24770.2369550.21811608166342
2.2477-2.28860.2483890.20991615170445
2.2886-2.33260.24790.22031815189450
2.3326-2.38020.2336980.21462045214354
2.3802-2.4320.28981030.22822087219057
2.432-2.48850.261300.22532228235861
2.4885-2.55080.21061130.22312337245063
2.5508-2.61970.26051280.22652665279373
2.6197-2.69680.23351470.21312834298177
2.6968-2.78380.23821590.21682884304380
2.7838-2.88330.26191440.20623172331684
2.8833-2.99870.23541790.21713007318684
2.9987-3.13510.22061530.20813092324584
3.1351-3.30030.22981820.21313364354692
3.3003-3.5070.19941400.1853477361794
3.507-3.77750.23811630.16743459362294
3.7775-4.15730.20621850.15643296348191
4.1573-4.7580.1512070.14913488369595
4.758-5.99130.20271830.17553367355092
5.9913-39.63580.20981770.18453409358693
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0247-0.0035-0.02680.02780.01460.03140.00410.1252-0.13660.2012-0.0135-0.09930.0677-0.15800.1690.05270.02910.2259-0.03940.44137.237840.04732.6885
20.4039-0.04810.05420.2054-0.0040.0393-0.01670.2016-0.7429-0.09550.292-0.03630.0459-0.04340.03270.2795-0.0204-0.01270.146-0.02160.356328.368937.79694.9756
30.16920.0944-0.01160.1396-0.11740.1050.15280.0984-0.40310.2683-0.12970.03210.14240.1928-0.00270.16830.0139-0.0130.1375-0.00290.262127.943948.00989.6446
40.0387-0.00280.07050.2306-0.08390.1211-0.10310.0066-0.3720.01350.13930.0990.04060.011-0.00160.10330.0218-0.00890.1590.02610.209227.804157.99367.8179
50.0378-0.0146-0.07490.1366-0.05080.1531-0.01320.2828-0.0381-0.07020.014-0.16210.02740.0999-0.00050.0802-0.0177-0.01740.15290.02470.130334.618565.263.9741
60.60840.0371-0.15290.0369-0.08270.29010.1088-0.29890.0180.1243-0.0893-0.3277-0.09210.0163-0.03980.0482-0.00190.00670.1416-0.01370.255438.619168.73566.7718
70.07220.03210.05650.01150.02190.04570.14380.3513-0.06450.01020.2414-0.0898-0.12670.05890.00110.4287-0.00220.09670.3934-0.02810.254813.151665.0606-22.1011
80.1873-0.11870.0870.38840.06450.0874-0.3367-0.14890.00180.07580.2345-0.29830.10760.1787-0.12640.70760.4004-0.02310.4681-0.32470.332818.526155.3699-16.2284
90.3882-0.15010.19270.6554-0.29360.1934-0.12560.1728-0.04590.2391-0.0478-0.03290.0931-0.4507-0.09190.40140.02130.03710.3262-0.12490.20879.67260.7818-16.6136
100.05880.08850.05710.1950.12950.06790.07240.0336-0.35530.0477-0.0927-0.03710.2738-0.1193-0.02110.40330.00250.01910.2359-0.13620.21585.561657.6169-13.5578
110.4455-0.10390.00580.0531-0.02440.02990.14780.3470.0864-0.0062-0.0321-0.13050.1481-0.0040.00020.2532-0.02580.01020.2268-0.0310.12018.966369.3793-9.3639
120.1499-0.0897-0.08620.05610.03450.1091-0.1060.5782-0.4023-0.2470.16450.60550.2452-0.2635-0.00440.2438-0.0503-0.0230.3684-0.0190.1956-3.932166.7753-9.4544
130.01030.09080.05940.90190.42980.2233-0.23660.01360.0236-0.19950.3362-0.10440.0995-0.04180.42370.19890.0066-0.00620.2610.0110.08584.77975.0767-5.2879
140.0364-0.0851-0.05170.43340.12770.0835-0.20370.40070.1177-0.0602-0.01670.6701-0.0153-0.2725-0.02290.3278-0.0519-0.05290.2870.0490.3425-1.90582.3819-7.8375
150.9587-0.3839-0.62130.25020.44970.87850.0090.00070.4859-0.46570.0365-0.4097-0.61860.44380.02210.390.01280.00620.22660.09150.20474.551588.6337-9.9033
160.03980.03080.01130.016-0.00820.011-0.0143-0.42170.0458-0.0514-0.0619-0.0473-0.1013-0.05070.00010.182-0.048-0.00880.216-0.01730.386415.534101.45812.1495
170.93290.20220.09790.19030.14690.1311-0.08780.22090.6881-0.34670.18810.070.05510.03140.00520.2627-0.0008-0.0250.053-0.02510.65619.0327109.18334.7231
180.1656-0.0609-0.05860.07740.00060.0665-0.1459-0.20290.33880.0860.26210.0229-0.20080.08-0.00060.25690.02040.00630.1602-0.04390.3346.2623101.181312.8101
190.1954-0.19880.04780.1949-0.0970.93240.19270.03680.4485-0.1358-0.05480.0927-0.09420.32180.05420.1226-0.002-0.00760.08910.02010.27816.588693.8575.6112
200.19850.13040.03370.35680.06780.01560.0046-0.0850.39980.439-0.05840.74420.17820.0608-0.00790.20350.00970.03440.19240.04180.21791.328285.593513.3644
210.2044-0.11050.27140.1281-0.13170.38350.0340.0513-0.0413-0.1257-0.0779-0.1075-0.00820.0303-0.00080.06970.00890.00010.1410.02730.187513.869577.35767.5827
220.01860.01570.00820.27390.15680.085-0.0234-0.70670.17010.16240.4172-0.3530.35930.32350.00230.59460.059-0.08030.6135-0.10320.308333.419976.412237.4736
230.0501-0.0542-0.07270.09270.06990.1181-0.1307-0.06530.126-0.05130.2102-0.2639-0.12730.4921-0.01540.3189-0.2910.04240.5887-0.36180.547639.838686.357232.0095
240.5254-0.1012-0.30430.33650.22360.25770.0481-0.16140.1109-0.29590.197-0.264-0.20840.30930.5120.3774-0.06360.04880.3539-0.16690.128731.045180.997731.9156
250.13060.08230.09410.04950.07370.0540.12530.04020.4936-0.01780.0919-0.35-0.41420.0304-0.00040.4505-0.00530.05450.2895-0.08530.266427.965483.420127.8268
260.03820.0067-0.00490.03220.00160.01230.0822-0.24860.13820.13860.019-0.30.06110.0196-00.31240.0097-0.00740.2811-0.00630.174329.28971.63225.6651
270.03-0.03840.01540.0306-0.0110.0065-0.254-0.49280.0458-0.09610.33470.5321-0.3544-0.12510.00010.27780.0477-0.0240.30140.03180.252817.439175.069524.6776
280.4634-0.1427-0.30731.72850.67720.4116-0.3218-0.1059-0.10410.27690.3994-0.268-0.2636-0.00370.39620.226-0.05830.01040.24920.02810.052926.135366.76220.5122
290.2138-0.30780.00421.71080.45370.2021-0.1976-0.0533-0.23130.1469-0.11920.75920.2635-0.3029-0.06340.31340.01130.03140.30010.00820.231718.982859.433223.1927
300.8214-0.06530.06250.04150.1010.41480.02060.0702-0.38820.47070.10280.04830.5056-0.0576-0.01510.4186-0.01730.00680.20130.05280.175926.181453.491625.2263
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 9 through 20 )A9 - 20
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 21 through 52 )A21 - 52
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 53 through 77 )A53 - 77
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 78 through 104 )A78 - 104
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 105 through 117 )A105 - 117
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 118 through 139 )A118 - 139
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 9 through 20 )B9 - 20
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 21 through 32 )B21 - 32
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 33 through 45 )B33 - 45
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 46 through 64 )B46 - 64
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 65 through 77 )B65 - 77
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 78 through 88 )B78 - 88
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 89 through 104 )B89 - 104
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 105 through 124 )B105 - 124
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 125 through 139 )B125 - 139
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 9 through 20 )C9 - 20
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 21 through 32 )C21 - 32
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 33 through 52 )C33 - 52
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 53 through 77 )C53 - 77
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 78 through 88 )C78 - 88
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 89 through 139 )C89 - 139
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 8 through 20 )D8 - 20
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 21 through 32 )D21 - 32
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 33 through 45 )D33 - 45
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 46 through 66 )D46 - 66
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 67 through 77 )D67 - 77
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 78 through 88 )D78 - 88
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 89 through 104 )D89 - 104
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 105 through 124 )D105 - 124
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 125 through 139 )D125 - 139

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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