PDB-6ojx: PilT4 from Geobacter metallireducens bound to ATP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ojx

タイトル

PilT4 from Geobacter metallireducens bound to ATP

要素

Twitching motility pilus retraction ATPase

キーワード

MOTOR PROTEIN / T4P / ATPase / type IV pilus / motor

機能・相同性

機能・相同性情報

ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Geobacter metallireducens (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.892 Å

データ登録者

McCallum, M. / Howell, P.L.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Multiple conformations facilitate PilT function in the type IV pilus.
著者: Matthew McCallum / Samir Benlekbir / Sheryl Nguyen / Stephanie Tammam / John L Rubinstein / Lori L Burrows / P Lynne Howell /

要旨: Type IV pilus-like systems are protein complexes that polymerize pilin fibres. They are critical for virulence in many bacterial pathogens. Pilin polymerization and depolymerization are powered by ...

履歴

登録	2019年4月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年11月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年11月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ojx.cif.gz	463.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ojx.ent.gz	377.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ojx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6ojx_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ojx_full_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示
XML形式データ	6ojx_validation.xml.gz	51.4 KB	表示
CIF形式データ	6ojx_validation.cif.gz	75.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/6ojx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/6ojx	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	20114C 20115C 20116C 20117C 6ojyC 6ojzC 6ok2C 6okvC 6oljC 6olkC 6ollC 6olmC 3jvvS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ojy-d 6okv-d 6olk-d 6oll-d 6geb-2 3jvv-1 6ojz-d 6ok2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#211 - 2017年7月線毛機械 (Pilus Machine) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Twitching motility pilus retraction ATPase

B: Twitching motility pilus retraction ATPase

C: Twitching motility pilus retraction ATPase

ヘテロ分子

131 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Twitching motility pilus retraction ATPase

B: Twitching motility pilus retraction ATPase

ヘテロ分子

A: Twitching motility pilus retraction ATPase

B: Twitching motility pilus retraction ATPase

ヘテロ分子

A: Twitching motility pilus retraction ATPase

B: Twitching motility pilus retraction ATPase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: microscopy, cryoEM evidence of hexamers
262 kDa, 6 ポリマー
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2

C: Twitching motility pilus retraction ATPase

ヘテロ分子

C: Twitching motility pilus retraction ATPase

ヘテロ分子

C: Twitching motility pilus retraction ATPase

ヘテロ分子

C: Twitching motility pilus retraction ATPase

ヘテロ分子

C: Twitching motility pilus retraction ATPase

ヘテロ分子

C: Twitching motility pilus retraction ATPase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
261 kDa, 6 ポリマー
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タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_765	-y+2,x-y+1,z	1
crystal symmetry operation	3_675	-x+y+1,-x+2,z	1
crystal symmetry operation	4_775	-x+2,-y+2,z	1
crystal symmetry operation	5_565	y,-x+y+1,z	1
crystal symmetry operation	6_655	x-y+1,x,z	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	190.187, 190.187, 60.455
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	168
Space group name H-M	P6

#1: タンパク質	Twitching motility pilus retraction ATPase 分子量: 42883.379 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Geobacter metallireducens (strain GS-15 / ATCC 53774 / DSM 7210) (バクテリア) 株: GS-15 / ATCC 53774 / DSM 7210 / 遺伝子: pilT-4, Gmet_1394 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q39VU6
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1099 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.41 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 1mM ATP 1mM MgCl2 4.5 % (w/v) PEG4000 50 mM MES pH 6 100 mM MgCl2 100 mM NaCl 25 mM Hepes pH 8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.892→48 Å / Num. obs: 99891 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.4 % / Net I/σ(I): 10.6
反射シェル	解像度: 1.892→2 Å / Num. unique obs: 9942

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3211: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3JVV

3jvv

解像度: 1.892→47.547 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.46 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2124	1167	1.17 %
R_work	0.1843	-	-
obs	0.1846	99843	99.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.892→47.547 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8219	0	128	1099	9446

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	8728
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.535	11905
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.636	5368
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	1389
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1520

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8919-1.978	0.3074	147	0.2843	12185	X-RAY DIFFRACTION	100
1.978-2.0822	0.2745	148	0.2391	12281	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0822-2.2127	0.2362	142	0.2095	12299	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2127-2.3835	0.2325	147	0.1779	12256	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3835-2.6234	0.2199	144	0.1881	12337	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6234-3.003	0.2486	142	0.1876	12311	X-RAY DIFFRACTION	100
3.003-3.7832	0.216	146	0.1756	12410	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7832-47.5617	0.175	151	0.1699	12597	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1307	0.126	-0.045	0.1404	0.0129	0.2707	0.0088	0.0606	-0.4684	-0.1683	-0.0412	0.4232	0.3177	-0.0088	0.0001	0.442	0.0115	-0.0854	0.3999	-0.0464	0.4793	159.0659	75.2143	-24.5626
2	1.0638	-0.2799	0.8405	0.6339	0.2897	1.169	0.0107	0.1995	-0.0281	-0.1273	-0.0319	0.1249	0.0378	-0.1535	-0	0.4378	0.0366	-0.0612	0.4109	-0.0069	0.3673	165.2271	82.236	-26.4834
3	0.1076	0.1499	0.1067	0.9252	0.4531	0.4341	0.3027	0.2382	-0.2937	0.1549	-0.417	0.6065	-0.0238	-0.6395	-0.0018	0.4485	0.0517	-0.0235	0.666	0.0247	0.5815	146.9758	92.7435	-5.2752
4	0.4404	-0.1345	0.5778	0.9625	-0.3477	0.9201	0.1352	0.0523	-0.0806	-0.0171	-0.0114	0.1498	0.2012	-0.1043	0	0.3076	0.0539	-0.0046	0.3548	0.0304	0.3896	154.253	100.5036	-13.3033
5	1.0533	-0.189	0.2926	0.6731	-0.2675	1.2713	-0.0251	0.0183	0.075	0.1764	-0.036	-0.2974	-0.0919	0.0171	-0	0.3366	0.0415	-0.0487	0.3244	0.0158	0.3591	165.5619	104.3036	-3.9338
6	0.7462	-0.0049	-0.3584	0.1834	-0.1209	0.5148	0.0691	-0.3755	-0.0357	0.706	-0.1356	0.186	0.2967	-0.313	-0	0.667	-0.0198	-0.0417	0.4953	0.0477	0.3916	157.9315	92.3926	9.6204
7	0.9629	-0.4869	-1.3792	0.2895	0.8864	3.2883	-0.2509	-0.2616	-0.1642	0.9489	-0.2191	-0.4346	0.5541	0.0391	-0.7696	0.8606	-0.0563	-0.1298	0.4054	0.2069	0.6548	159.2035	77.5487	10.8947
8	0.1282	0.0772	-0.0849	0.2445	-0.0727	0.3027	0.0196	0.1148	0.057	-0.029	0.0556	0.3521	0.0203	-0.213	-0	0.3101	0.0543	-0.0339	0.4229	0.0347	0.3526	144.7418	119.4906	-24.5674
9	0.8245	-0.1614	0.5027	1.352	-0.6669	1.2162	0.0607	0.1341	0.0099	-0.1757	-0.0815	-0.0258	0.062	0.0131	0	0.3237	0.0769	-0.0003	0.4059	0.0254	0.2988	153.7138	117.5511	-26.3038
10	1.296	0.6611	-0.2158	1.0795	-0.3686	1.4727	0.0286	-0.1012	0.0157	-0.0441	0.0004	-0.0741	-0.0938	0.1605	-0.0003	0.2537	0.0457	0.0066	0.3771	0.0065	0.3278	167.3065	132.6087	-7.5211
11	1.0576	-0.3806	-0.2262	0.6499	0.2285	0.3993	0.0904	-0.6869	-0.0756	0.2606	-0.1237	0.0924	-0.0203	0.0192	-0.0075	0.3172	-0.0054	-0.0196	0.5889	0.0838	0.2812	155.3243	126.4662	9.9778
12	0.2953	0.0757	0.1048	0.1122	0.0962	0.3229	-0.0092	-0.2007	-0.3103	0.1002	0.0411	0.1718	0.1336	-0.1421	0	0.3607	-0.0005	-0.0167	0.3094	0.0461	0.343	80.6659	120.5162	3.7844
13	1.0098	-0.5361	0.2889	0.8365	-0.4455	0.9979	-0.0495	-0.1447	0.0369	0.1731	0.0592	-0.132	0.0466	-0.0038	0	0.3117	0.0025	-0.0388	0.2611	0.0005	0.2756	83.468	129.6312	5.8438
14	1.426	1.4104	-0.6546	1.8486	-0.8243	0.5835	-0.6111	-0.1881	-0.3246	-0.2079	0.3266	-0.2063	0.7195	0.1087	-0.0603	0.4126	0.094	-0.0302	0.3686	0.0159	0.4031	101.4825	118.6459	-15.0583
15	1.484	0.5278	0.3778	0.811	0.1668	0.8088	-0.0989	0.0965	0.1418	-0.093	0.1181	0.0266	-0.0352	0.0529	-0	0.2653	-0.0065	-0.0205	0.2263	0.0079	0.2857	102.1874	134.8314	-16.3715
16	0.7118	0.0347	-0.2643	0.5108	-0.1822	0.6485	-0.5045	0.4954	0.139	-0.7605	0.4215	0.2204	0.1751	-0.0616	-0.1015	0.5143	-0.1088	-0.1279	0.419	0.0298	0.3747	87.5188	121.4047	-31.5128
17	0.0021	0.0109	-0.004	0.0106	-0.0122	0.0124	-0.0544	0.0995	-0.1103	0.0451	0.1546	0.3514	0.5307	-0.3856	0.0001	0.4182	0.0074	-0.0398	0.41	0.0613	0.4585	157.6513	86.1002	-10.3061
18	0.0566	-0.0105	-0.0156	0.0202	0.0185	0.0159	0.0011	0.2369	0.1256	-0.1357	-0.0876	0.2376	-0.1025	-0.2935	0.0002	0.3165	0.0568	0.0357	0.3906	0.0356	0.3711	153.521	126.0623	-10.3144
19	0.0065	-0.001	-0.0001	0.0316	0.0251	0.0348	0.0787	0.0158	-0.046	0.2169	-0.1355	-0.0044	0.2751	-0.2918	0.0002	0.3459	0.0002	-0.0475	0.2851	0.0152	0.3465	90.7373	124.8204	-10.4061

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 1:27 )	A	1 - 27
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 28:100 )	A	28 - 100
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 101:121 )	A	101 - 121
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 122:185 )	A	122 - 185
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 186:271 )	A	186 - 271
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 272:328 )	A	272 - 328
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN A AND RESID 329:353 )	A	329 - 353
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 1:27 )	B	1 - 27
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 28:100 )	B	28 - 100
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 101:271 )	B	101 - 271
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN B AND RESID 272:354 )	B	272 - 354
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN C AND RESID 1:27 )	C	1 - 27
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN C AND RESID 28:100 )	C	28 - 100
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN C AND RESID 101:121 )	C	101 - 121
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN C AND RESID 122:309 )	C	122 - 309
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN C AND RESID 310:354 )	C	310 - 354
17	X-RAY DIFFRACTION	17	( CHAIN A AND RESID 406:406 )	A	406
18	X-RAY DIFFRACTION	18	( CHAIN B AND RESID 404:404 )	B	404
19	X-RAY DIFFRACTION	19	( CHAIN C AND RESID 404:404 )	C	404

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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