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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6oit | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of Arabidopsis DDR' complex (DRD1 peptide-DMS3-RDM1) | |||||||||
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![]() | PLANT PROTEIN / SMC-hinge / Coiled-coil / SNF2 / RNA-directed DNA methylation | |||||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of gene silencing by regulatory ncRNA / RNA polymerase IV transcription regulator complex / regulation of post-transcriptional gene silencing by regulatory ncRNA / : / : / : / : / positive regulation of post-transcriptional gene silencing by RNA / gene silencing by siRNA-directed DNA methylation / RNA polymerase V complex ...regulation of gene silencing by regulatory ncRNA / RNA polymerase IV transcription regulator complex / regulation of post-transcriptional gene silencing by regulatory ncRNA / : / : / : / : / positive regulation of post-transcriptional gene silencing by RNA / gene silencing by siRNA-directed DNA methylation / RNA polymerase V complex / ATP-dependent chromatin remodeler activity => GO:0140658 / : / regulation of miRNA-mediated gene silencing / : / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / siRNA processing / positive regulation of chromatin binding / cellular response to exogenous dsRNA / defense response to fungus / pericentric heterochromatin / helicase activity / : / hydrolase activity / protein homodimerization activity / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||
![]() | Wongpalee, S.P. / Liu, S. / Zhou, Z.H. / Jacobsen, S.E. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: CryoEM structures of Arabidopsis DDR complexes involved in RNA-directed DNA methylation. 著者: Somsakul Pop Wongpalee / Shiheng Liu / Javier Gallego-Bartolomé / Alexander Leitner / Ruedi Aebersold / Wanlu Liu / Linda Yen / Maria A Nohales / Peggy Hsuanyu Kuo / Ajay A Vashisht / James ...著者: Somsakul Pop Wongpalee / Shiheng Liu / Javier Gallego-Bartolomé / Alexander Leitner / Ruedi Aebersold / Wanlu Liu / Linda Yen / Maria A Nohales / Peggy Hsuanyu Kuo / Ajay A Vashisht / James A Wohlschlegel / Suhua Feng / Steve A Kay / Z Hong Zhou / Steven E Jacobsen / ![]() ![]() ![]() ![]() 要旨: Transcription by RNA polymerase V (Pol V) in plants is required for RNA-directed DNA methylation, leading to transcriptional gene silencing. Global chromatin association of Pol V requires components ...Transcription by RNA polymerase V (Pol V) in plants is required for RNA-directed DNA methylation, leading to transcriptional gene silencing. Global chromatin association of Pol V requires components of the DDR complex DRD1, DMS3 and RDM1, but the assembly process of this complex and the underlying mechanism for Pol V recruitment remain unknown. Here we show that all DDR complex components co-localize with Pol V, and we report the cryoEM structures of two complexes associated with Pol V recruitment-DR (DMS3-RDM1) and DDR' (DMS3-RDM1-DRD1 peptide), at 3.6 Å and 3.5 Å resolution, respectively. RDM1 dimerization at the center frames the assembly of the entire complex and mediates interactions between DMS3 and DRD1 with a stoichiometry of 1 DRD1:4 DMS3:2 RDM1. DRD1 binding to the DR complex induces a drastic movement of a DMS3 coiled-coil helix bundle. We hypothesize that both complexes are functional intermediates that mediate Pol V recruitment. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 278.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 222.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 909.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 920.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 43 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 65.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20072.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: RDM1, At3g22680, MWI23.5 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 49821.352 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: DMS3, IDN1, At3g49250, F2K15.110 / 発現宿主: ![]() ![]() #3: タンパク質 | | 分子量: 7915.782 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: DRD1, CHR35, DMS1, At2g16390, F16F14.11 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: DDR' complex of DRD1 peptide with DMS3 and RDM1 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 47.2 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 620248 / 対称性のタイプ: POINT |