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- PDB-6ohg: Structure of Plasmodium falciparum vaccine candidate Pfs230D1M in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ohg
タイトルStructure of Plasmodium falciparum vaccine candidate Pfs230D1M in complex with the Fab of a transmission blocking antibody
要素
  • 4F12 Heavy chain
  • 4F12 Light Chain
  • Gametocyte surface protein P230
キーワードIMMUNE SYSTEM / malaria / transmission blocking / sexual stage / 6 cysteine-rich Pfs230
機能・相同性
機能・相同性情報


cell surface / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
6-Cysteine (6-Cys) domain / 6-Cysteine (6-Cys) domain superfamily / Sexual stage antigen s48/45 domain / 6-Cysteine (6-Cys) domain profile. / Sexual stage antigen s48/45 domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / METHANOL / 1,3-PROPANDIOL / Gametocyte surface protein P230
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.385 Å
データ登録者Garboczi, D.N. / Singh, K. / Gittis, A.G.
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2020
タイトル: Structure and function of a malaria transmission blocking vaccine targeting Pfs230 and Pfs230-Pfs48/45 proteins.
著者: Singh, K. / Burkhardt, M. / Nakuchima, S. / Herrera, R. / Muratova, O. / Gittis, A.G. / Kelnhofer, E. / Reiter, K. / Smelkinson, M. / Veltri, D. / Swihart, B.J. / Shimp Jr., R. / Nguyen, V. / ...著者: Singh, K. / Burkhardt, M. / Nakuchima, S. / Herrera, R. / Muratova, O. / Gittis, A.G. / Kelnhofer, E. / Reiter, K. / Smelkinson, M. / Veltri, D. / Swihart, B.J. / Shimp Jr., R. / Nguyen, V. / Zhang, B. / MacDonald, N.J. / Duffy, P.E. / Garboczi, D.N. / Narum, D.L.
履歴
登録2019年4月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gametocyte surface protein P230
B: 4F12 Light Chain
C: 4F12 Heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,55423
ポリマ－70,2713
非ポリマー1,28320
水1,08160
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.954, 191.334, 41.198
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Gametocyte surface protein P230 / Pfs230D1M


分子量: 21881.838 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
遺伝子: PFS230, PF230, S230 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P68874

-
抗体 , 2種, 2分子 BC

#2: 抗体 4F12 Light Chain


分子量: 23701.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 Freestyle cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 4F12 Heavy chain


分子量: 24687.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 Freestyle cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 6種, 80分子

#4: 化合物
ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物
ChemComp-PDO / 1,3-PROPANDIOL / 1,3-プロパンジオ-ル


分子量: 76.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#7: 化合物 ChemComp-MOH / METHANOL / ヒドロキシメチリジンラジカル


分子量: 32.042 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH4O
#8: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 15-22% PEG 4000, sodium acetate pH=4.6, 0.05-0.1 molar magnesium chloride, 20% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.385→24.049 Å / Num. obs: 25684 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 4.663 % / Biso Wilson estimate: 57.938 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rrim(I) all: 0.057 / Χ2: 1.031 / Net I/σ(I): 17.16
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.39-2.534.410.3213.8637560.9570.36391.9
2.53-2.74.8810.2176.2838610.9850.24399.9
2.7-2.914.8420.1439.636230.990.16199.8
2.91-3.194.7750.09314.8733490.9940.10599.9
3.19-3.564.6890.06121.7230170.9970.06999.6
3.56-4.094.6340.04727.8927320.9970.05399.4
4.09-4.984.620.03732.5823120.9990.04299.7
4.98-6.894.5250.03633.0918690.9990.0499.8
6.89-24.0494.1840.03133.111650.9990.03596.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.14_3260精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.385→24.049 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.31 / 位相誤差: 32.11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2771 1999 7.79 %
Rwork0.2292 --
obs0.233 25665 98.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 287.26 Å2 / Biso mean: 76.5193 Å2 / Biso min: 34.08 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.385→24.049 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4199 0 96 60 4355
Biso mean--61.15 57.45 -
残基数----601
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3855-2.44510.37191170.30591382149982
2.4451-2.51110.37191410.292416651806100
2.5111-2.58490.3761430.286617011844100
2.5849-2.66830.33181410.277216671808100
2.6683-2.76350.33751440.267317081852100
2.7635-2.8740.36321410.277616711812100
2.874-3.00450.33941430.270317011844100
3.0045-3.16260.30081440.264517021846100
3.1626-3.36030.32841440.258816971841100
3.3603-3.61890.31161440.236116951839100
3.6189-3.98160.28421450.21541720186599
3.9816-4.55440.23141470.184217431890100
4.5544-5.72530.23231490.189217581907100
5.7253-24.05060.22691560.23171856201299
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8960.96990.07556.35415.14455.890.2306-1.3698-0.18680.7503-0.22650.44-0.6069-0.2965-0.09971.2657-0.2154-0.01411.115-0.08850.382297.509356.982982.5549
28.09424.8748-1.85249.0622-4.02169.00950.29450.1442-0.1536-0.0311-0.16180.06980.22590.0832-0.14060.5318-0.0129-0.10090.3116-0.07670.310893.876154.601968.5427
31.997-3.4427-0.55556.48820.6417.84430.2231-0.76180.27731.011-0.67990.4081.12210.09970.47580.7596-0.19960.07420.6764-0.16650.593383.546354.263978.6994
45.1267-0.1699-0.7864.7241-2.11144.95990.19730.30360.45340.6124-0.35530.9082-0.3637-0.03470.12290.87440.05930.03240.4209-0.19160.683189.968467.134975.9863
57.97713.5955-1.47945.67710.31713.01170.2846-0.53110.4480.3176-0.46440.13160.37880.01860.15880.5734-0.0531-0.02270.3703-0.08580.302295.286160.410973.469
65.7784-0.7009-0.14218.14861.19954.1247-0.0587-0.0695-0.74170.41350.288-1.27350.17090.2838-0.18350.5216-0.0414-0.02020.3378-0.08850.636299.720233.091262.9497
77.28260.23391.44945.69423.98027.90780.74290.81370.4122-1.0994-0.8988-0.9127-0.26990.17140.03560.79940.37190.0230.65560.04050.9916105.73475.938844.0445
81.7759-0.89530.22011.1616-0.17460.19641.05130.8075-0.2323-0.3230.1768-0.39580.70250.622-0.19671.22911.5254-0.12261.3128-0.62640.844498.9821-1.589232.7516
93.535-3.9254-2.83216.91353.77243.7750.95422.1609-0.0394-1.9376-0.1036-0.7109-0.36770.705-0.80951.23820.49090.07290.9697-0.13211.3181111.9971-0.508237.8959
103.14481.021.66754.67893.65775.7663-0.0403-0.02580.09580.06510.0096-0.048-0.37470.03010.00480.63120.00170.08620.37310.03560.28479.146728.421758.7532
118.6904-2.70072.63057.2553-2.08794.23760.86630.7843-0.999-0.4853-0.5956-0.43431.26830.9537-0.29180.93260.1263-0.04020.5296-0.04080.400390.53833.791245.6409
126.5395-2.80430.73496.3563-0.73720.30060.5450.2534-0.38890.88420.0008-1.10680.33660.2144-0.45151.01170.1962-0.29220.4726-0.150.660993.40852.109251.1342
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 20 through 42 )A20 - 42
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 43 through 84 )A43 - 84
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 85 through 107 )A85 - 107
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 108 through 145 )A108 - 145
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 146 through 189 )A146 - 189
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 1 through 107 )B1 - 107
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 108 through 176 )B108 - 176
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 177 through 190 )B177 - 190
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 191 through 213 )B191 - 213
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 1 through 112 )C1 - 112
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 113 through 140 )C113 - 140
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 141 through 218 )C141 - 218

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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