PDB-6oh9: Yeast Guanine Deaminase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6oh9

タイトル

Yeast Guanine Deaminase

要素

Yeast Guanine Deaminase

キーワード

HYDROLASE / amidohydrolase guanine deaminase purine metabolism

機能・相同性

機能・相同性情報

Purine catabolism / guanine deaminase / guanine deaminase activity / guanine catabolic process / guanine metabolic process / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Shek, R.S. / French, J.B.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R35GM124898	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	P41GM103403	米国

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2019
タイトル: Structural Determinants for Substrate Selectivity in Guanine Deaminase Enzymes of the Amidohydrolase Superfamily.
著者: Shek, R. / Hilaire, T. / Sim, J. / French, J.B.

履歴

登録	2019年4月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年7月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年8月14日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.2	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6oh9.cif.gz	334.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6oh9.ent.gz	225.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6oh9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6oh9_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6oh9_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	6oh9_validation.xml.gz	23.4 KB	表示
CIF形式データ	6oh9_validation.cif.gz	35.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/6oh9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/6oh9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ohaC 6ohbC 6ohcC 2oodS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6oha-1 2uz9-1 4aql-1 4e6y-2 3rha-d 3e0l-d 21904 2qt3-d 4l9x-d 4cqb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (4) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Yeast Guanine Deaminase

ヘテロ分子

57.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Yeast Guanine Deaminase

ヘテロ分子

A: Yeast Guanine Deaminase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Supported by PISA analysis
115 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	107.229, 107.229, 114.831
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	95
Space group name H-M	P4₃22
Space group name Hall	P4cw2c
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x,z+3/4 #3: y,-x,z+1/4 #4: x,-y,-z+1/2 #5: -x,y,-z #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z+1/4 #8: -y,-x,-z+3/4

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-956- HOH

#1: タンパク質	Yeast Guanine Deaminase / Guanine aminase / Guanine aminohydrolase / GAH 分子量: 55269.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: GUD1, YDL238C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07729, guanine deaminase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-2PE / NONAETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24-オクタオキサヘキサコサン-1,26-ジオ-ル分子量: 414.488 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₃₈O₁₀ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 436 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.14 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 17% Peg 3350 100 mM Hepes, pH 7.5 0.2 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→53.63 Å / Num. obs: 67865 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.8 % / B_iso Wilson estimate: 19.33 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.113 / Net I/σ(I): 14.2
反射シェル	解像度: 1.75→1.81 Å / R_merge(I) obs: 0.97 / Num. unique obs: 6573 / CC_1/2: 0.715

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2OOD

2ood

解像度: 1.75→47.95 Å / SU ML: 0.1243 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 14.614

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1559	3440	5.07 %
R_work	0.1412	-	-
obs	0.142	67865	99.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→47.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3518	0	91	436	4045

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0085	3718
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1013	5040
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0578	576
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	637
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.5539	3011

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.77	0.2254	128	0.229	2541	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.77-1.8	0.2204	113	0.1954	2556	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8-1.83	0.2137	118	0.1835	2579	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.83-1.85	0.1958	126	0.179	2534	X-RAY DIFFRACTION	100
1.85-1.89	0.2009	101	0.165	2579	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.89-1.92	0.1822	141	0.1612	2549	X-RAY DIFFRACTION	100
1.92-1.95	0.2072	145	0.1606	2517	X-RAY DIFFRACTION	100
1.95-1.99	0.178	136	0.1534	2559	X-RAY DIFFRACTION	100
1.99-2.03	0.182	148	0.1433	2531	X-RAY DIFFRACTION	100
2.03-2.07	0.156	151	0.1449	2524	X-RAY DIFFRACTION	100
2.07-2.12	0.1913	139	0.1333	2568	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.12-2.18	0.1705	138	0.13	2548	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.24	0.1535	125	0.1275	2578	X-RAY DIFFRACTION	100
2.24-2.3	0.1436	119	0.1274	2572	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3-2.38	0.1384	141	0.1231	2565	X-RAY DIFFRACTION	100
2.38-2.46	0.1398	113	0.121	2596	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.46-2.56	0.1593	166	0.1234	2538	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.56-2.67	0.1448	164	0.1322	2557	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.67-2.82	0.1617	139	0.1388	2574	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.82-2.99	0.1676	159	0.1394	2569	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.99-3.22	0.1464	149	0.1438	2597	X-RAY DIFFRACTION	100
3.22-3.55	0.143	134	0.1404	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
3.55-4.06	0.1401	146	0.1292	2636	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.06-5.12	0.1126	136	0.1163	2679	X-RAY DIFFRACTION	99.68
5.12-47.97	0.1667	165	0.1784	2770	X-RAY DIFFRACTION	98.76

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0770952199	-0.104005883626	0.139379788013	0.221164476874	0.0238230631079	0.025087782306	0.0404241327222	-0.187319684408	0.111423739931	0.0228724166831	0.00824299230341	-0.16120192854	-0.0078967863649	0.483661255291	-0.0185925469251	0.125586087847	-0.0296503744715	-0.00407926932118	0.507764940108	-0.0406867295194	0.222561348981	50.1039657715	8.88866535317	22.5959114242
2	0.54355899576	-0.247874125817	0.181098902583	0.460563735774	-0.0716300631541	0.62237552327	0.00647102926738	0.0997424046169	0.0424057228729	-0.0446562612198	-0.0266797633541	-0.0404114003805	-0.108885932686	0.189513381535	0.0255830139543	0.107972053932	-0.0261915424136	0.0173966170409	0.2147294372	-0.00386861419759	0.148602598339	26.7004044049	15.4391554082	-0.869468209408
3	0.542490352552	-0.0638965426234	0.0911886733755	0.2980482483	-0.0233552522912	0.706155030171	0.0434738747012	0.105527986505	-0.0103857969343	-0.0141524461672	-0.0076986216411	-0.0320597390888	0.0315994510256	0.218089176488	-0.0283688399244	0.0819410434458	0.00773704975621	0.00210665368586	0.171270467703	-0.0220291100054	0.136750194867	26.8105664526	4.98107204793	4.80009550268

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 14 through 79)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 80 through 164 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 165 through 489 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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