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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6oh2 | ||||||
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タイトル | X-ray crystal structure of the mouse CMP-sialic acid transporter in complex with CMP, by lipidic cubic phase | ||||||
![]() | CMP-sialic acid transporter | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / drug/metabolite transporter / nucleotide-sugar / sialic acid / glycosylation | ||||||
機能・相同性 | ![]() CMP-N-acetylneuraminate transmembrane transporter activity / CMP-N-acetylneuraminate transmembrane transport / Transport of nucleotide sugars / Sialic acid metabolism / antiporter activity / Golgi membrane / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ahuja, S. / Whorton, M.R. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis for mammalian nucleotide sugar transport. 著者: Ahuja, S. / Whorton, M.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 70.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 50.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 750.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 752 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35852.055 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-322 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-C5P / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.45 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6.5 / 詳細: 26.7-30% PEG 300, 0.1 M MES pH 6.5, and 0.1 M NaCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.58→47 Å / Num. obs: 10101 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 7.2 % / Net I/σ(I): 9.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.58→2.67 Å / Num. unique obs: 580 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 46.219 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.58→47 Å
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拘束条件 |
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