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- PDB-6ogm: Crystal structure of apo unFused 4-OT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ogm
タイトルCrystal structure of apo unFused 4-OT
要素(4-oxalocrotonate tautomerase) x 2
キーワードHYDROLASE
機能・相同性4-oxalocrotonate tautomerase / Tautomerase enzyme / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Tautomerase/MIF superfamily / isomerase activity / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / 4-oxalocrotonate tautomerase
機能・相同性情報
生物種Burkholderia lata
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.865 Å
データ登録者Medellin, B.P. / Whitman, C.P. / Zhang, Y.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)GM-129331 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2019
タイトル: Structural, Kinetic, and Mechanistic Analysis of an Asymmetric 4-Oxalocrotonate Tautomerase Trimer.
著者: Baas, B.J. / Medellin, B.P. / LeVieux, J.A. / de Ruijter, M. / Zhang, Y.J. / Brown, S.D. / Akiva, E. / Babbitt, P.C. / Whitman, C.P.
履歴
登録2019年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月21日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-oxalocrotonate tautomerase
B: 4-oxalocrotonate tautomerase
C: 4-oxalocrotonate tautomerase
D: 4-oxalocrotonate tautomerase
E: 4-oxalocrotonate tautomerase
F: 4-oxalocrotonate tautomerase
G: 4-oxalocrotonate tautomerase
H: 4-oxalocrotonate tautomerase
I: 4-oxalocrotonate tautomerase
J: 4-oxalocrotonate tautomerase
K: 4-oxalocrotonate tautomerase
L: 4-oxalocrotonate tautomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,55914
ポリマ－79,37512
非ポリマー1842
水7,332407
1
A: 4-oxalocrotonate tautomerase
B: 4-oxalocrotonate tautomerase
C: 4-oxalocrotonate tautomerase
D: 4-oxalocrotonate tautomerase
E: 4-oxalocrotonate tautomerase
F: 4-oxalocrotonate tautomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8728
ポリマ－39,6886
非ポリマー1842
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14220 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area13010 Å2
手法PISA
2
G: 4-oxalocrotonate tautomerase
H: 4-oxalocrotonate tautomerase
I: 4-oxalocrotonate tautomerase
J: 4-oxalocrotonate tautomerase
K: 4-oxalocrotonate tautomerase
L: 4-oxalocrotonate tautomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6886
ポリマ－39,6886
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13690 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area13420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.628, 81.570, 96.231
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.65, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
4-oxalocrotonate tautomerase / unFused 4-OT


分子量: 6638.694 Da / 分子数: 6 / 断片: Subunit beta (UNP residues 67-128) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia lata (strain ATCC 17760 / DSM 23089 / LMG 22485 / NCIMB 9086 / R18194 / 383) (バクテリア)
株: ATCC 17760 / DSM 23089 / LMG 22485 / NCIMB 9086 / R18194 / 383
遺伝子: Bcep18194_B2498
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q392K7
#2: タンパク質
4-oxalocrotonate tautomerase / unFused 4-OT


分子量: 6590.475 Da / 分子数: 6 / 断片: Subunit alpha (UNP residues 2-66) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia lata (strain ATCC 17760 / DSM 23089 / LMG 22485 / NCIMB 9086 / R18194 / 383) (バクテリア)
株: ATCC 17760 / DSM 23089 / LMG 22485 / NCIMB 9086 / R18194 / 383
遺伝子: Bcep18194_B2498
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q392K7
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 407 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.97 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 200 mM magnesium acetate, 28% PEG3550 / PH範囲: 6-7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月15日
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→47.88 Å / Num. obs: 50873 / % possible obs: 97.38 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.991 / Rpim(I) all: 0.07 / Rsym value: 0.117 / Net I/σ(I): 9.54
反射 シェル解像度: 1.86→1.93 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.97 / Num. unique obs: 17024 / CC1/2: 0.726 / Rpim(I) all: 0.313 / Rsym value: 0.511 / % possible all: 93.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-2000v1.0データ削減
HKL-2000v1.0データスケーリング
PHENIX1.14位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6BLM

6blm


解像度: 1.865→47.88 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.37
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2295 2000 4.04 %
Rwork0.1818 --
obs0.1837 49505 97.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.865→47.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5252 0 12 407 5671
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075317
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9217213
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.4353257
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052917
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007931
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8646-1.91120.30811310.24813133X-RAY DIFFRACTION91
1.9112-1.96290.28531420.22313371X-RAY DIFFRACTION97
1.9629-2.02060.26751420.20023357X-RAY DIFFRACTION97
2.0206-2.08580.25671410.19373358X-RAY DIFFRACTION96
2.0858-2.16040.23581420.19173371X-RAY DIFFRACTION98
2.1604-2.24690.25971420.1923362X-RAY DIFFRACTION97
2.2469-2.34910.24391410.18273365X-RAY DIFFRACTION97
2.3491-2.4730.22681440.18193425X-RAY DIFFRACTION98
2.473-2.62790.22961440.18493408X-RAY DIFFRACTION99
2.6279-2.83080.23051460.18383444X-RAY DIFFRACTION98
2.8308-3.11560.23391430.18673416X-RAY DIFFRACTION99
3.1156-3.56630.21711470.17533476X-RAY DIFFRACTION99
3.5663-4.49270.20251460.15263477X-RAY DIFFRACTION99
4.4927-47.89740.2131490.18263542X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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