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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ofr | ||||||
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タイトル | The crystal structure of the outer membrane transporter YddB from Escherichia coli | ||||||
要素 | TonB-dependent outer membrane receptor | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / Protein Transport / Gram-negative bacteria / Outer membrane / Nutrient Uptake / TonB-Dependent Transporter | ||||||
機能・相同性 | TonB-dependent receptor (TBDR) proteins profile. / Vitamin B12 transporter BtuB-like / TonB-dependent receptor, plug domain superfamily / TonB-dependent receptor, plug domain / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel domain superfamily / TonB-dependent Receptor Plug Domain / cell outer membrane / TonB-dependent receptor / Uncharacterized protein YddB 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Grinter, R. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: PLoS Genet / 年: 2019 タイトル: Protease-associated import systems are widespread in Gram-negative bacteria. 著者: Rhys Grinter / Pok Man Leung / Lakshmi C Wijeyewickrema / Dene Littler / Simone Beckham / Robert N Pike / Daniel Walker / Chris Greening / Trevor Lithgow / 要旨: Bacteria have evolved sophisticated uptake machineries in order to obtain the nutrients required for growth. Gram-negative plant pathogens of the genus Pectobacterium obtain iron from the protein ...Bacteria have evolved sophisticated uptake machineries in order to obtain the nutrients required for growth. Gram-negative plant pathogens of the genus Pectobacterium obtain iron from the protein ferredoxin, which is produced by their plant hosts. This iron-piracy is mediated by the ferredoxin uptake system (Fus), a gene cluster encoding proteins that transport ferredoxin into the bacterial cell and process it proteolytically. In this work we show that gene clusters related to the Fus are widespread in bacterial species. Through structural and biochemical characterisation of the distantly related Fus homologues YddB and PqqL from Escherichia coli, we show that these proteins are analogous to components of the Fus from Pectobacterium. The membrane protein YddB shares common structural features with the outer membrane ferredoxin transporter FusA, including a large extracellular substrate binding site. PqqL is an active protease with an analogous periplasmic localisation and iron-dependent expression to the ferredoxin processing protease FusC. Structural analysis demonstrates that PqqL and FusC share specific features that distinguish them from other members of the M16 protease family. Taken together, these data provide evidence that protease associated import systems analogous to the Fus are widespread in Gram-negative bacteria. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ofr.cif.gz | 330.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ofr.ent.gz | 266.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ofr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6ofr_validation.pdf.gz | 355.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6ofr_full_validation.pdf.gz | 357.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6ofr_validation.xml.gz | 2.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6ofr_validation.cif.gz | 10.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/6ofr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/6ofr | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 86302.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) 遺伝子: yddB, ACU57_09575, BANRA_00721, BANRA_04049, BvCmsKSP026_02313, BvCmsSINP012_01435, C5N07_00015, CA593_20420, D0X26_01860, D3821_23605, DNQ41_11905, E4Z89_11620, E5M00_15980, EAI52_23140, ...遺伝子: yddB, ACU57_09575, BANRA_00721, BANRA_04049, BvCmsKSP026_02313, BvCmsSINP012_01435, C5N07_00015, CA593_20420, D0X26_01860, D3821_23605, DNQ41_11905, E4Z89_11620, E5M00_15980, EAI52_23140, EC3234A_33c00020, EC3426_02521, EPS71_22575, EXX71_23015, EYD11_11385, NCTC13462_06167, NCTC9037_02822, NCTC9045_02987, NCTC9062_00632, NCTC9073_01172, RK56_010145, SAMEA3753300_05217 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: A0A024L3L4, UniProt: P31827*PLUS | ||||||||
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#2: 糖 | ChemComp-BOG / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.02 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M Na cacodylate, 0.15 M Ca acetate, 15 % PEG 8000 and 20 % glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.987 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年9月11日 / 詳細: Yes |
放射 | モノクロメーター: Silicon Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.987 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→47.92 Å / Num. obs: 49176 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 10.4 % / Biso Wilson estimate: 56.31 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.219 / Rpim(I) all: 0.072 / Net I/σ(I): 6 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.48 Å / 冗長度: 10.7 % / Rmerge(I) obs: 1.96 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 4454 / CC1/2: 0.722 / Rpim(I) all: 0.622 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4ZGV 解像度: 2.4→47.92 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→47.92 Å
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