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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6oe8 | ||||||
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タイトル | The crystal structure of hyper-thermostable AgUricase mutant K12C/E286C | ||||||
要素 | Uricase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Uricase / Arthrobacter globiformis / thermostability / disulfide cross-linking | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 purine nucleobase catabolic process / factor-independent urate hydroxylase / urate oxidase activity / urate catabolic process / peroxisome 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Arthrobacter globiformis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å | ||||||
データ登録者 | Shi, Y. / Wang, T. / Zhou, X.E. / Liu, Q. / Jiang, Y. / Xu, H.E. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Acta Pharmacol.Sin. / 年: 2019 タイトル: Structure-based design of a hyperthermostable AgUricase for hyperuricemia and gout therapy. 著者: Shi, Y. / Wang, T. / Zhou, X.E. / Liu, Q.F. / Jiang, Y. / Xu, H.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6oe8.cif.gz | 274.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6oe8.ent.gz | 218.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6oe8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6oe8_validation.pdf.gz | 493.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6oe8_full_validation.pdf.gz | 503.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6oe8_validation.xml.gz | 56.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6oe8_validation.cif.gz | 83 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oe/6oe8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oe/6oe8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 2yzbS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36611.648 Da / 分子数: 4 / 変異: K12C, E286C / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arthrobacter globiformis (バクテリア) 遺伝子: uox / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: D0VWQ1, factor-independent urate hydroxylase #2: 化合物 | ChemComp-PG4 / #3: 化合物 | ChemComp-PGE / #4: 化合物 | ChemComp-MLI / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.55 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5 詳細: 12% (w/v) polyethylene glycol 3350 and 0.1M sodium malonate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL19U1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年1月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.99→40 Å / Num. obs: 97576 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.983 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 9.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.99→2.06 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.308 / Num. unique obs: 9744 / CC1/2: 0.922 / % possible all: 98.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2YZB 解像度: 1.99→37.276 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 21.66 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.99→37.276 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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