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- PDB-6oe8: The crystal structure of hyper-thermostable AgUricase mutant K12C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6oe8
タイトルThe crystal structure of hyper-thermostable AgUricase mutant K12C/E286C
要素Uricase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Uricase / Arthrobacter globiformis / thermostability / disulfide cross-linking
機能・相同性
機能・相同性情報


urate oxidase activity / factor-independent urate hydroxylase / urate catabolic process / purine nucleobase metabolic process
類似検索 - 分子機能
Urate Oxidase / Urate Oxidase; / Uricase, conserved site / Uricase signature. / Uricase / Uricase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONATE ION / TRIETHYLENE GLYCOL / Uricase
類似検索 - 構成要素
生物種Arthrobacter globiformis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Shi, Y. / Wang, T. / Zhou, X.E. / Liu, Q. / Jiang, Y. / Xu, H.E.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31770796 中国
引用ジャーナル: Acta Pharmacol.Sin. / 年: 2019
タイトル: Structure-based design of a hyperthermostable AgUricase for hyperuricemia and gout therapy.
著者: Shi, Y. / Wang, T. / Zhou, X.E. / Liu, Q.F. / Jiang, Y. / Xu, H.E.
履歴
登録2019年3月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uricase
B: Uricase
C: Uricase
D: Uricase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,43525
ポリマ－146,4474
非ポリマー2,98921
水22,1041227
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area33740 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area37300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.932, 149.105, 84.956
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.57, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-705-

HOH

21A-709-

HOH

31B-719-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Uricase / Urate oxidase / AgUOX


分子量: 36611.648 Da / 分子数: 4 / 変異: K12C, E286C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arthrobacter globiformis (バクテリア)
遺伝子: uox / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: D0VWQ1, factor-independent urate hydroxylase
#2: 化合物
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物
ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1227 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5
詳細: 12% (w/v) polyethylene glycol 3350 and 0.1M sodium malonate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL19U1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年1月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→40 Å / Num. obs: 97576 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.983 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 1.99→2.06 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.308 / Num. unique obs: 9744 / CC1/2: 0.922 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2YZB

2yzb


解像度: 1.99→37.276 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 21.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2061 1998 2.05 %
Rwork0.18 --
obs0.1806 97457 97.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.99→37.276 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9489 0 0 1227 10716
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0059684
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.87813079
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.3335647
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0591412
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071716
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9901-2.03980.27361380.21776614X-RAY DIFFRACTION94
2.0398-2.0950.24361450.20156876X-RAY DIFFRACTION98
2.095-2.15660.21881380.19656699X-RAY DIFFRACTION97
2.1566-2.22620.25681410.19246720X-RAY DIFFRACTION96
2.2262-2.30580.22081430.19336872X-RAY DIFFRACTION99
2.3058-2.39810.24951450.19376891X-RAY DIFFRACTION99
2.3981-2.50720.24421440.19596864X-RAY DIFFRACTION98
2.5072-2.63930.21431450.19246929X-RAY DIFFRACTION99
2.6393-2.80470.19031390.18586673X-RAY DIFFRACTION96
2.8047-3.02110.2031440.18446875X-RAY DIFFRACTION98
3.0211-3.3250.20871450.18586919X-RAY DIFFRACTION99
3.325-3.80570.18241450.1696894X-RAY DIFFRACTION99
3.8057-4.79320.17141410.1456759X-RAY DIFFRACTION96
4.7932-37.28280.19031450.17476874X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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