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万見
- PDB-6odh: BH3 domain swapped dimer of a BAK fragment -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6odh
タイトルBH3 domain swapped dimer of a BAK fragment
要素Bcl-2 homologous antagonist/killer
キーワードAPOPTOSIS / BAK
機能・相同性
機能・相同性情報


Activation and oligomerization of BAK protein / response to mycotoxin / B cell negative selection / BAK complex / BH domain binding / apoptotic process involved in blood vessel morphogenesis / negative regulation of endoplasmic reticulum calcium ion concentration / response to fungus / limb morphogenesis / Release of apoptotic factors from the mitochondria ...Activation and oligomerization of BAK protein / response to mycotoxin / B cell negative selection / BAK complex / BH domain binding / apoptotic process involved in blood vessel morphogenesis / negative regulation of endoplasmic reticulum calcium ion concentration / response to fungus / limb morphogenesis / Release of apoptotic factors from the mitochondria / post-embryonic camera-type eye morphogenesis / endocrine pancreas development / establishment or maintenance of transmembrane electrochemical gradient / positive regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / B cell apoptotic process / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / activation of cysteine-type endopeptidase activity / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / positive regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / regulation of mitochondrial membrane permeability / calcium ion transport into cytosol / response to UV-C / fibroblast apoptotic process / mitochondrial fusion / Bcl-2 family protein complex / myeloid cell homeostasis / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / porin activity / pore complex / thymocyte apoptotic process / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of peptidyl-serine phosphorylation / positive regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / vagina development / positive regulation of proteolysis / B cell homeostasis / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / cellular response to unfolded protein / blood vessel remodeling / animal organ regeneration / Pyroptosis / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / heat shock protein binding / intrinsic apoptotic signaling pathway / release of cytochrome c from mitochondria / regulation of mitochondrial membrane potential / epithelial cell proliferation / establishment of localization in cell / response to gamma radiation / apoptotic signaling pathway / positive regulation of protein-containing complex assembly / response to hydrogen peroxide / response to organic cyclic compound / cellular response to mechanical stimulus / cellular response to UV / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / protein-folding chaperone binding / response to ethanol / mitochondrial outer membrane / transmembrane transporter binding / regulation of cell cycle / response to xenobiotic stimulus / positive regulation of apoptotic process / protein heterodimerization activity / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / apoptotic process / protein-containing complex binding / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / mitochondrion / identical protein binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl-2 family / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Bcl2-like ...Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl-2 family / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Bcl2-like / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Bcl-2 homologous antagonist/killer
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Liu, L.-K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01 CA166741 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: A BAK fragment that binds mitochondrial lipids and releases cytochrome c
著者: Dai, H. / Liu, L.-K. / Kaufmann, S.
履歴
登録2019年3月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bcl-2 homologous antagonist/killer
B: Bcl-2 homologous antagonist/killer
C: Bcl-2 homologous antagonist/killer
D: Bcl-2 homologous antagonist/killer
E: Bcl-2 homologous antagonist/killer
F: Bcl-2 homologous antagonist/killer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,93915
ポリマ－58,3436
非ポリマー1,5969
水34219
1
A: Bcl-2 homologous antagonist/killer
B: Bcl-2 homologous antagonist/killer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1176
ポリマ－19,4482
非ポリマー6694
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4540 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area8780 Å2
手法PISA
2
C: Bcl-2 homologous antagonist/killer
D: Bcl-2 homologous antagonist/killer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,7924
ポリマ－19,4482
非ポリマー3442
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3390 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area8980 Å2
手法PISA
3
E: Bcl-2 homologous antagonist/killer
F: Bcl-2 homologous antagonist/killer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0315
ポリマ－19,4482
非ポリマー5833
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4290 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area9130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.043, 55.039, 55.682
Angle α, β, γ (deg.)117.130, 107.970, 97.550
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 72 or resid 74 through 75...
21(chain B and (resid 72 or resid 74 through 75...
31(chain C and (resid 72 or resid 74 through 75...
41(chain D and (resid 72 or resid 74 through 75...
51(chain E and (resid 72 or resid 74 through 75...
61(chain F and (resid 72 or resid 74 through 75...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYGLYGLY(chain A and (resid 72 or resid 74 through 75...AA722
12VALVALGLYGLY(chain A and (resid 72 or resid 74 through 75...AA74 - 754 - 5
13GLNGLNALAALA(chain A and (resid 72 or resid 74 through 75...AA77 - 797 - 9
14METMETGLYGLY(chain A and (resid 72 or resid 74 through 75...AA71 - 1461 - 76
15METMETGLYGLY(chain A and (resid 72 or resid 74 through 75...AA71 - 1461 - 76
16METMETGLYGLY(chain A and (resid 72 or resid 74 through 75...AA71 - 1461 - 76
17METMETGLYGLY(chain A and (resid 72 or resid 74 through 75...AA71 - 1461 - 76
21GLYGLYGLYGLY(chain B and (resid 72 or resid 74 through 75...BB722
22VALVALGLYGLY(chain B and (resid 72 or resid 74 through 75...BB74 - 754 - 5
23GLNGLNALAALA(chain B and (resid 72 or resid 74 through 75...BB77 - 797 - 9
24METMETGLNGLN(chain B and (resid 72 or resid 74 through 75...BB71 - 1441 - 74
25METMETGLNGLN(chain B and (resid 72 or resid 74 through 75...BB71 - 1441 - 74
26METMETGLNGLN(chain B and (resid 72 or resid 74 through 75...BB71 - 1441 - 74
27METMETGLNGLN(chain B and (resid 72 or resid 74 through 75...BB71 - 1441 - 74
31GLYGLYGLYGLY(chain C and (resid 72 or resid 74 through 75...CC722
32VALVALGLYGLY(chain C and (resid 72 or resid 74 through 75...CC74 - 754 - 5
33GLNGLNALAALA(chain C and (resid 72 or resid 74 through 75...CC77 - 797 - 9
34ILEILEILEILE(chain C and (resid 72 or resid 74 through 75...CC8010
35METMETGLUGLU(chain C and (resid 72 or resid 74 through 75...CC71 - 1481 - 78
36METMETGLUGLU(chain C and (resid 72 or resid 74 through 75...CC71 - 1481 - 78
37METMETGLUGLU(chain C and (resid 72 or resid 74 through 75...CC71 - 1481 - 78
41GLYGLYGLYGLY(chain D and (resid 72 or resid 74 through 75...DD722
42VALVALGLYGLY(chain D and (resid 72 or resid 74 through 75...DD74 - 754 - 5
43GLNGLNASNASN(chain D and (resid 72 or resid 74 through 75...DD77 - 867 - 16
44ARGARGASPASP(chain D and (resid 72 or resid 74 through 75...DD88 - 9018 - 20
45SERSERSERSER(chain D and (resid 72 or resid 74 through 75...DD9121
46METMETHISHIS(chain D and (resid 72 or resid 74 through 75...DD71 - 1451 - 75
47METMETHISHIS(chain D and (resid 72 or resid 74 through 75...DD71 - 1451 - 75
48METMETHISHIS(chain D and (resid 72 or resid 74 through 75...DD71 - 1451 - 75
49METMETHISHIS(chain D and (resid 72 or resid 74 through 75...DD71 - 1451 - 75
51GLYGLYGLYGLY(chain E and (resid 72 or resid 74 through 75...EE722
52VALVALGLYGLY(chain E and (resid 72 or resid 74 through 75...EE74 - 754 - 5
53GLNGLNALAALA(chain E and (resid 72 or resid 74 through 75...EE77 - 797 - 9
54ILEILEILEILE(chain E and (resid 72 or resid 74 through 75...EE8010
55METMETHISHIS(chain E and (resid 72 or resid 74 through 75...EE71 - 1451 - 75
56METMETHISHIS(chain E and (resid 72 or resid 74 through 75...EE71 - 1451 - 75
57METMETHISHIS(chain E and (resid 72 or resid 74 through 75...EE71 - 1451 - 75
61GLYGLYGLYGLY(chain F and (resid 72 or resid 74 through 75...FF722
62VALVALGLYGLY(chain F and (resid 72 or resid 74 through 75...FF74 - 754 - 5
63GLNGLNALAALA(chain F and (resid 72 or resid 74 through 75...FF77 - 797 - 9
64METMETGLNGLN(chain F and (resid 72 or resid 74 through 75...FF71 - 1441 - 74
65METMETGLNGLN(chain F and (resid 72 or resid 74 through 75...FF71 - 1441 - 74
66METMETGLNGLN(chain F and (resid 72 or resid 74 through 75...FF71 - 1441 - 74
67METMETGLNGLN(chain F and (resid 72 or resid 74 through 75...FF71 - 1441 - 74

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要素

#1: タンパク質
Bcl-2 homologous antagonist/killer / Apoptosis regulator BAK / Bcl-2-like protein 7 / Bcl2-L-7


分子量: 9723.911 Da / 分子数: 6 / 断片: residues 71-147 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BAK1, BAK, BCL2L7, CDN1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16611
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶溶媒含有率: 35.15 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 12% PEG 3350 and 100 mM ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月3日
放射モノクロメーター: Double crystals / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→46.95 Å / Num. obs: 18506 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 57.07 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.032 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.038 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.3-2.383.50.19818250.9610.1240.23497.4
8.91-46.953.60.0263180.9980.0160.03196.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation5.89 Å40.57 Å
Translation5.89 Å40.57 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.6.2データスケーリング
PHASER2.7.16位相決定
PHENIX(1.11.1_2575)精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4u2v

4u2v


解像度: 2.3→32.518 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 30.33
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2706 1695 4.78 %
Rwork0.2142 --
obs0.217 18506 93.12 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 216.63 Å2 / Biso mean: 80.3904 Å2 / Biso min: 33.39 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→32.518 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3616 0 159 19 3794
Biso mean--91.59 73.26 -
残基数----452
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033850
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6935198
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042533
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004649
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.6482229
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1445X-RAY DIFFRACTION15.058TORSIONAL
12B1445X-RAY DIFFRACTION15.058TORSIONAL
13C1445X-RAY DIFFRACTION15.058TORSIONAL
14D1445X-RAY DIFFRACTION15.058TORSIONAL
15E1445X-RAY DIFFRACTION15.058TORSIONAL
16F1445X-RAY DIFFRACTION15.058TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3002-2.36780.34981580.28662874303294
2.3678-2.44420.33041490.26072818296795
2.4442-2.53160.35141240.26612920304495
2.5316-2.63290.30241440.2522875301995
2.6329-2.75260.37061300.25032869299994
2.7526-2.89770.33761700.25242846301695
2.8977-3.07910.2591290.24692850297995
3.0791-3.31660.28731040.24932877298193
3.3166-3.650.27171400.22552726286691
3.65-4.17720.24681250.18462712283790
4.1772-5.25920.29611500.19762734288491
5.2592-32.52150.22031720.19022679285190
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -18.4608 Å / Origin y: 0.1186 Å / Origin z: 12.5672 Å
111213212223313233
T0.0876 Å20.0607 Å20.0229 Å2-0.2701 Å20.005 Å2--0.248 Å2
L1.5875 °21.5622 °20.2737 °2-4.8181 °20.8226 °2--3.5761 °2
S0.0367 Å °-0.1188 Å °0.0713 Å °-0.0998 Å °-0.105 Å °0.086 Å °-0.0814 Å °-0.0204 Å °-0.034 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA71 - 146
2X-RAY DIFFRACTION1allB71 - 144
3X-RAY DIFFRACTION1allC71 - 148
4X-RAY DIFFRACTION1allD71 - 145
5X-RAY DIFFRACTION1allE71 - 145
6X-RAY DIFFRACTION1allF71 - 144
7X-RAY DIFFRACTION1allG1 - 20
8X-RAY DIFFRACTION1allH1
9X-RAY DIFFRACTION1allH3
10X-RAY DIFFRACTION1allI1 - 5
11X-RAY DIFFRACTION1allJ1
12X-RAY DIFFRACTION1allJ2

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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