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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ocx | ||||||
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タイトル | Structure of human CIB1 in complex with peptide inhibitor UNC10245109 | ||||||
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![]() | METAL BINDING PROTEIN / CIB1 / cancer | ||||||
機能・相同性 | ![]() calcium-dependent protein kinase inhibitor activity / thrombopoietin-mediated signaling pathway / endomitotic cell cycle / positive regulation of male germ cell proliferation / filopodium tip / positive regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / negative regulation of microtubule depolymerization / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / positive regulation of cell-matrix adhesion ...calcium-dependent protein kinase inhibitor activity / thrombopoietin-mediated signaling pathway / endomitotic cell cycle / positive regulation of male germ cell proliferation / filopodium tip / positive regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / negative regulation of microtubule depolymerization / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / positive regulation of cell-matrix adhesion / platelet formation / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of catalytic activity / regulation of cell division / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / spermatid development / positive regulation of protein targeting to membrane / negative regulation of megakaryocyte differentiation / cytoplasmic microtubule organization / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / extrinsic apoptotic signaling pathway / protein-membrane adaptor activity / cellular response to nerve growth factor stimulus / negative regulation of protein phosphorylation / response to ischemia / cell periphery / positive regulation of protein localization to plasma membrane / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / sarcolemma / cellular response to growth factor stimulus / small GTPase binding / ruffle membrane / double-strand break repair / negative regulation of neuron projection development / lamellipodium / cellular response to tumor necrosis factor / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / regulation of cell population proliferation / growth cone / positive regulation of cell growth / perikaryon / angiogenesis / vesicle / transmembrane transporter binding / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cell adhesion / positive regulation of cell migration / neuron projection / positive regulation of protein phosphorylation / apical plasma membrane / negative regulation of cell population proliferation / cell division / axon / centrosome / neuronal cell body / calcium ion binding / DNA damage response / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / extracellular exosome / nucleoplasm / membrane / nucleus / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Puhl, A.C. / Godoy, A.S. / Pearce, K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Discovery and Characterization of Peptide Inhibitors for Calcium and Integrin Binding Protein 1. 著者: Puhl, A.C. / Bogart, J.W. / Haberman, V.A. / Larson, J.E. / Godoy, A.S. / Norris-Drouin, J.L. / Cholensky, S.H. / Leisner, T.M. / Frye, S.V. / Parise, L.V. / Bowers, A.A. / Pearce, K.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 290.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 234.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21727.352 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1723.950 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() #3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.46 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES: NaOH, pH 7.5 20 % (w/v) PEG 8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→27.64 Å / Num. obs: 63567 / % possible obs: 99.49 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 30.73 Å2 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 5.57 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / Num. unique obs: 6305 / Rsym value: 0.637 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1XO5 解像度: 1.9→27.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.153 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.156 / SU Rfree Blow DPI: 0.142 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.141
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原子変位パラメータ | Biso mean: 37.78 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.3 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.9→27.64 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.95 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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