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- PDB-6ocx: Structure of human CIB1 in complex with peptide inhibitor UNC10245109 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ocx
タイトルStructure of human CIB1 in complex with peptide inhibitor UNC10245109
要素
  • Calcium and integrin-binding protein 1
  • Peptide inhibitor UNC10245109
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / CIB1 / cancer
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium-dependent protein kinase inhibitor activity / thrombopoietin-mediated signaling pathway / endomitotic cell cycle / positive regulation of male germ cell proliferation / filopodium tip / positive regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / negative regulation of microtubule depolymerization / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / positive regulation of cell-matrix adhesion ...calcium-dependent protein kinase inhibitor activity / thrombopoietin-mediated signaling pathway / endomitotic cell cycle / positive regulation of male germ cell proliferation / filopodium tip / positive regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / negative regulation of microtubule depolymerization / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / positive regulation of cell-matrix adhesion / platelet formation / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of catalytic activity / regulation of cell division / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / spermatid development / positive regulation of protein targeting to membrane / negative regulation of megakaryocyte differentiation / cytoplasmic microtubule organization / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / extrinsic apoptotic signaling pathway / protein-membrane adaptor activity / cellular response to nerve growth factor stimulus / negative regulation of protein phosphorylation / response to ischemia / cell periphery / positive regulation of protein localization to plasma membrane / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / sarcolemma / cellular response to growth factor stimulus / small GTPase binding / ruffle membrane / double-strand break repair / negative regulation of neuron projection development / lamellipodium / cellular response to tumor necrosis factor / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / regulation of cell population proliferation / growth cone / positive regulation of cell growth / perikaryon / angiogenesis / vesicle / transmembrane transporter binding / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cell adhesion / positive regulation of cell migration / neuron projection / positive regulation of protein phosphorylation / apical plasma membrane / negative regulation of cell population proliferation / cell division / axon / centrosome / neuronal cell body / calcium ion binding / DNA damage response / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / extracellular exosome / nucleoplasm / membrane / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair ...: / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Calcium and integrin-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Puhl, A.C. / Godoy, A.S. / Pearce, K.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: Discovery and Characterization of Peptide Inhibitors for Calcium and Integrin Binding Protein 1.
著者: Puhl, A.C. / Bogart, J.W. / Haberman, V.A. / Larson, J.E. / Godoy, A.S. / Norris-Drouin, J.L. / Cholensky, S.H. / Leisner, T.M. / Frye, S.V. / Parise, L.V. / Bowers, A.A. / Pearce, K.H.
履歴
登録2019年3月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月7日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / citation_author / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.22023年10月11日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calcium and integrin-binding protein 1
B: Calcium and integrin-binding protein 1
C: Calcium and integrin-binding protein 1
D: Calcium and integrin-binding protein 1
F: Peptide inhibitor UNC10245109
H: Peptide inhibitor UNC10245109
J: Peptide inhibitor UNC10245109
L: Peptide inhibitor UNC10245109
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,12616
ポリマ－93,8058
非ポリマー3218
水6,792377
1
A: Calcium and integrin-binding protein 1
J: Peptide inhibitor UNC10245109
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,5314
ポリマ－23,4512
非ポリマー802
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1740 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area9490 Å2
手法PISA
2
B: Calcium and integrin-binding protein 1
L: Peptide inhibitor UNC10245109
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,5314
ポリマ－23,4512
非ポリマー802
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1750 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area9670 Å2
手法PISA
3
C: Calcium and integrin-binding protein 1
H: Peptide inhibitor UNC10245109
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,5314
ポリマ－23,4512
非ポリマー802
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1710 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area9600 Å2
手法PISA
4
D: Calcium and integrin-binding protein 1
F: Peptide inhibitor UNC10245109
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,5314
ポリマ－23,4512
非ポリマー802
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1700 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area9690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.866, 33.035, 162.402
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.85, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Calcium and integrin-binding protein 1 / CIB / Calcium- and integrin-binding protein / CIBP / Calmyrin / DNA-PKcs-interacting protein / ...CIB / Calcium- and integrin-binding protein / CIBP / Calmyrin / DNA-PKcs-interacting protein / Kinase-interacting protein / KIP / SNK-interacting protein 2-28 / SIP2-28


分子量: 21727.352 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CIB1, CIB, KIP, PRKDCIP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99828
#2: タンパク質・ペプチド
Peptide inhibitor UNC10245109


分子量: 1723.950 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 377 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.46 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES: NaOH, pH 7.5 20 % (w/v) PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→27.64 Å / Num. obs: 63567 / % possible obs: 99.49 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 30.73 Å2 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 5.57
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Num. unique obs: 6305 / Rsym value: 0.637

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1XO5

1xo5


解像度: 1.9→27.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.153 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.156 / SU Rfree Blow DPI: 0.142 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.141
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 2989 4.7 %RANDOM
Rwork0.212 ---
obs0.214 63567 99.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 37.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.9246 Å20 Å2-0.0615 Å2
2---0.1891 Å20 Å2
3----4.7354 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.3 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.9→27.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5354 0 8 385 5747
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0095517HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.927474HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1902SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes119HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes829HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5517HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd6SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.43
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.4
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion749SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6405SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.247 266 5.64 %
Rwork0.225 4448 -
all0.226 4714 -
obs--99.66 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.71081.4432-0.64211.3822-0.59760.96080.0504-0.0558-0.0494-0.0179-0.043-0.03-0.01180.0594-0.0074-0.0587-0.0050.0008-0.1049-0.0127-0.0081-12.2546-1.1456-60.3812
21.9485-0.95610.66181.359-0.73791.12540.03750.08230.01390.0021-0.03830.04580.04690.03130.0008-0.0619-0.0069-0.0374-0.003-0.0061-0.087825.5683-11.2684-19.8424
32.2141-1.0361-0.3521.32190.7671.422-0.012-0.0502-0.01420.0810.03430.012-0.01-0.029-0.0223-0.1006-0.012-0.0255-0.02510.046-0.0513-11.58392.0192-19.5475
41.79440.92130.44841.13060.75951.01690.0673-0.09690.02840.0177-0.0436-0.05680.0203-0.037-0.0237-0.01830.0014-0.0296-0.10070.0287-0.004526.3325-14.4804-60.251
50.7143-2.0847-2.13155.924-3.07633.3690.0394-0.040.34110.0401-0.00940.1585-0.11540.0401-0.030.0007-0.0095-0.0684-0.09480.01180.053826.8844-1.2398-56.5201
60.6362-0.82262.91453.7414-2.47391.4859-0.0361-0.0093-0.1354-0.09050.05620.11640.1422-0.024-0.0201-0.0473-0.0020.0044-0.02360.02340.0379-10.975-11.2408-23.2145
7-0.0220.28641.19323.77191.36953.03950.0095-0.1353-0.22110.0242-0.0244-0.04880.192-0.00180.01490.0012-0.01960.0145-0.10450.00360.0892-12.9379-14.3886-56.6727
80.5996-0.6403-1.75213.37082.37442.99240.02250.07310.2175-0.0334-0.0484-0.0358-0.1546-0.08990.0259-0.0314-0.0075-0.06790.01560.0012-0.014925.01331.9811-23.5068
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }
5X-RAY DIFFRACTION5{ F|* }
6X-RAY DIFFRACTION6{ H|* }
7X-RAY DIFFRACTION7{ J|* }
8X-RAY DIFFRACTION8{ L|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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