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- PDB-6ocp: Crystal structure of a human GABAB receptor peptide bound to KCTD16 T1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ocp
タイトルCrystal structure of a human GABAB receptor peptide bound to KCTD16 T1
要素
  • BTB/POZ domain-containing protein KCTD16
  • Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2
キーワードSIGNALING PROTEIN / KCTD16 / Pentamer / Complex / GABA(B) receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


GABA B receptor activation / G protein-coupled GABA receptor complex / G protein-coupled neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / neuron-glial cell signaling / G protein-coupled neurotransmitter receptor activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / G protein-coupled GABA receptor activity / G protein-coupled receptor heterodimeric complex / GABA receptor complex / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of adenylate cyclase activity ...GABA B receptor activation / G protein-coupled GABA receptor complex / G protein-coupled neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / neuron-glial cell signaling / G protein-coupled neurotransmitter receptor activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / G protein-coupled GABA receptor activity / G protein-coupled receptor heterodimeric complex / GABA receptor complex / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of adenylate cyclase activity / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / synaptic transmission, GABAergic / cell projection / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / protein homooligomerization / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / transmembrane signaling receptor activity / presynaptic membrane / G alpha (i) signalling events / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / receptor complex / neuron projection / G protein-coupled receptor signaling pathway / protein heterodimerization activity / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / KCTD8/12/16 H1 domain / GPCR family 3, gamma-aminobutyric acid receptor, type B2 / Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2, coiled-coil domain / Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2 coiled-coil domain / GPCR family 3, GABA-B receptor / Potassium channel tetramerisation-type BTB domain / BTB/POZ domain / G-protein coupled receptors family 3 signature 3. / GPCR, family 3, conserved site ...: / KCTD8/12/16 H1 domain / GPCR family 3, gamma-aminobutyric acid receptor, type B2 / Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2, coiled-coil domain / Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2 coiled-coil domain / GPCR family 3, GABA-B receptor / Potassium channel tetramerisation-type BTB domain / BTB/POZ domain / G-protein coupled receptors family 3 signature 3. / GPCR, family 3, conserved site / GPCR, family 3 / G-protein coupled receptors family 3 profile. / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / GPCR family 3, C-terminal / 7 transmembrane sweet-taste receptor of 3 GCPR / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2 / BTB/POZ domain-containing protein KCTD16
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Zuo, H. / Glaaser, I. / Zhao, Y. / Kurinov, I. / Mosyak, L. / Wang, H. / Liu, J. / Park, J. / Frangaj, A. / Sturchler, E. ...Zuo, H. / Glaaser, I. / Zhao, Y. / Kurinov, I. / Mosyak, L. / Wang, H. / Liu, J. / Park, J. / Frangaj, A. / Sturchler, E. / Zhou, M. / McDonald, P. / Geng, Y. / Slesinger, P.A. / Fan, Q.R.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM088454 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM125801 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41 GM103403 米国
National Institutes of Health/National Institute on Drug Abuse (NIH/NIDA)R01DA037170 米国
National Institutes of Health/National Institute on Alcohol Abuse and Alcoholism (NIH/NIAAA)R01AA018734 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Structural basis for auxiliary subunit KCTD16 regulation of the GABABreceptor.
著者: Zuo, H. / Glaaser, I. / Zhao, Y. / Kurinov, I. / Mosyak, L. / Wang, H. / Liu, J. / Park, J. / Frangaj, A. / Sturchler, E. / Zhou, M. / McDonald, P. / Geng, Y. / Slesinger, P.A. / Fan, Q.R.
履歴
登録2019年3月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16
B: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16
C: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16
D: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16
E: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16
F: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16
G: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16
H: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16
I: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16
J: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16
K: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16
L: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16
M: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16
N: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16
O: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16
P: Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2
Q: Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2
R: Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)205,34718
ポリマ－205,34718
非ポリマー00
水4,143230
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.792, 69.105, 137.889
Angle α, β, γ (deg.)102.190, 94.830, 91.150
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
BTB/POZ domain-containing protein KCTD16 / Potassium channel tetramerization domain-containing protein 16


分子量: 13366.242 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KCTD16, KIAA1317 / プラスミド: pSMT3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Codonplus RIL / 参照: UniProt: Q68DU8
#2: タンパク質・ペプチド Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2 / Gb2 / G-protein coupled receptor 51 / HG20


分子量: 1617.889 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75899
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 230 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.84 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 2% PEG 6000 2% glycerol 8% PEG 400 0.1 M sodium cacodylate trihydrate, pH 5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→67.11 Å / Num. obs: 77129 / % possible obs: 90.7 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 66.27 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 7.4 / Num. measured all: 149442
反射 シェル解像度: 2.35→2.71 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.296 / Num. unique obs: 26932 / CC1/2: 0.92 / Rpim(I) all: 0.296 / Rrim(I) all: 0.418 / % possible all: 90.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.2.17データスケーリング
BUSTER2.11.5精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6OCR

6ocr


解像度: 2.35→67.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9053 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9032 / SU R Cruickshank DPI: 0.368 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.333 / SU Rfree Blow DPI: 0.225 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.236
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2412 3798 4.92 %RANDOM
Rwork0.2216 ---
obs0.2225 77122 90.69 %-
原子変位パラメータBiso max: 192.29 Å2 / Biso mean: 90.08 Å2 / Biso min: 42.47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--40.9137 Å28.4888 Å2-14.9843 Å2
2--25.9587 Å25.4327 Å2
3---14.955 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.404 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.35→67.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12331 0 0 230 12561
Biso mean---79.74 -
残基数----1466
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4399SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes248HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1817HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it12676HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1497SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact13777SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d12676HARMONIC20.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg17100HARMONIC20.96
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.72
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.74
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.41 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2774 272 4.72 %
Rwork0.2507 5489 -
all0.2519 5761 -
obs--90.69 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.02790.2681-0.21840.08020.19310.0325-0.00140.00290.006-0.0018-0.00270.0031-0.0032-0.00240.0041-0.0009-0.02070.0175-0.0003-0.0195-0.009534.806340.6398-3.1551
20.01780.061-0.0302-0.14070.3140.21130.0008-0.00550.00540.0064-0.00220.00720.003-0.00680.0013-0.0068-0.01910.02110.0032-0.0267-0.021913.30858.8143-24.7951
30.02540.21430.00170.00380.18280.0732-0.0016-0.00060.00130.0038-0.0012-0.00220.00150.0030.0027-0.0032-0.02020.0122-0.0029-0.0094-0.002450.798345.917210.896
40.38910.7004-1.77642.5744-0.39041.6833-0.00150.01810.0139-0.00320.00130.05110.002-0.04440.0002-0.0150.0232-0.0074-0.03150.0125019.64344.1033-45.5951
50.16660.4-0.24020.62160.19960.71580.0007-0.0066-0.00770.00560.0014-0.0190.00440.0208-0.00210.0140.0017-0.00740.02980.00010.025318.65628.0315-45.4115
6-0.0151-0.13850.27850.22050.05140.0655-0.0013-0.00460.0002-0.01540.0003-0.0002-0.00120.00850.001-0.01540.0449-0.0325-0.04530.0244-0.007829.872119.2105-57.8217
70.0527-0.130.21290.3753-0.1266-0.03120.0027-0.0051-0.0001-0.00710.00240.0029-0.0120.0136-0.0051-0.01380.0277-0.0369-0.04320.0263-0.00729.845540.3084-52.0454
80.30940.7551-0.62690.69090.12390.4173-0.0005-0.00530.00580.004-0.00010.0253-0.0011-0.01080.0006-0.00070.0155-0.0023-0.01580.02810.006517.676846.5429-34.8669
90.05740.1106-0.3132-0.0650.14820.0984-0.00010.00180.0012-0.00520.0001-0.0032-0.00090.00530-0.0068-0.00850.00870.0061-0.0078-0.010857.242430.6036-89.9112
100.07590.1382-0.16620.04490.09580.085-0.0002-0.0035-0.0035-0.00750.00440.0011-0.00510.01-0.0043-0.0163-0.0111-0.003-0.01810.0071-0.008944.522436.494-73.046
11-0.00610.12030.01810.3554-0.3082-0.1250.0017-0.00050.0053-0.00230.00530.0041-0.00940.004-0.0070.0103-0.00480.0107-0.03280.0203-0.002738.887757.6605-71.5399
120.2940.3932-0.32810.1684-0.02250.23870-0.0044-0.01070.0013-0.0001-0.00560.00690.00290.00010.013200.0116-0.01150.01110.006747.056172.4301-85.4303
130.0423-0.115-0.06-0.060.10870.06530-0.0005-0.00140.0002-0.0005-0.00480.0020.00390.0006-0.00070.00170.00490.0037-0.0074-0.00964.428267.0498-97.6783
140.11590.2510.0452-0.0360.12550.05410.0002-0.0015-0.0040.0016-0.0002-0.00310.00160.00010-0.005-0.02670.00450.0065-0.011-0.010657.06988.631413.6283
150.07920.3916-0.0658-0.01530.11420.0780.0016-0.0039-0.0069-0.00070.00320.00180.0001-0.0006-0.0047-0.0039-0.04170.01330.0052-0.0157-0.014537.38253.91525.9305
160.12350.5163-0.2336-0.16540.49030.1615-0.0001-0.00140.0007-0.0023-0.00020.0062-0.0022-0.00060.0002-0.0063-0.03490.03860.0171-0.0541-0.031326.811120.2787-4.0889
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ N|* }N23 - 123
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|* }A23 - 124
3X-RAY DIFFRACTION3{ O|* }O23 - 123
4X-RAY DIFFRACTION4{ B|* }B23 - 126
5X-RAY DIFFRACTION5{ P|* }P895 - 909
6X-RAY DIFFRACTION6{ C|* }C23 - 123
7X-RAY DIFFRACTION7{ D|* }D22 - 124
8X-RAY DIFFRACTION8{ E|* }E22 - 124
9X-RAY DIFFRACTION9{ F|* }F23 - 123
10X-RAY DIFFRACTION10{ G|* }G22 - 125
11X-RAY DIFFRACTION11{ H|* }H23 - 123
12X-RAY DIFFRACTION12{ I|* }I23 - 123
13X-RAY DIFFRACTION13{ J|* }J23 - 123
14X-RAY DIFFRACTION14{ K|* }K22 - 123
15X-RAY DIFFRACTION15{ L|* }L22 - 124
16X-RAY DIFFRACTION16{ M|* }M23 - 123

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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