PDB-4zhj: Crystal Structure of the Catalytic Subunit of Magnesium Chelatase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zhj

タイトル

Crystal Structure of the Catalytic Subunit of Magnesium Chelatase

要素

Mg-chelatase subunit ChlH

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / Mg-chelatase / GUN5

機能・相同性

機能・相同性情報

magnesium chelatase / magnesium chelatase activity / chlorophyll biosynthetic process / photosynthesis / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Synechocystis sp. PCC 6803 substr. Kazusa (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.502 Å

データ登録者

Chen, X. / Pu, H. / Fang, Y. / Liu, L.

引用

ジャーナル: Nat.Plants / 年: 2015
タイトル: Crystal structure of the catalytic subunit of magnesium chelatase
著者: Chen, X. / Pu, H. / Fang, Y. / Wang, X. / Zhao, S. / Lin, Y. / Zhang, M. / Dai, H.E. / Gong, W. / Liu, L.

履歴

登録	2015年4月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年8月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年6月15日	Group: Database references
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zhj.cif.gz	1006.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zhj.ent.gz	824 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zhj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4zhj_validation.pdf.gz	452.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4zhj_full_validation.pdf.gz	483.1 KB	表示
XML形式データ	4zhj_validation.xml.gz	90.4 KB	表示
CIF形式データ	4zhj_validation.cif.gz	129 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zh/4zhj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zh/4zhj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6ysg-d 5zqz-d 6ep2-d 6ocp-d 8349 6dv2-2 1fzw-d 6ifu-d 6dv2-3 1g23-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Mg-chelatase subunit ChlH

B: Mg-chelatase subunit ChlH

302 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	319.717, 319.717, 105.194
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	Mg-chelatase subunit ChlH 分子量: 150871.500 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 substr. Kazusa (バクテリア) 株: PCC 6803 substr. Kazusa / 遺伝子: chlH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P73020
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 880 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.65 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.85 M sodium citrate, 2 mM dithiothreitol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 138183 / % possible obs: 99.99 % / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.085 / R_sym value: 0.085 / Net I/σ(I): 16.7
反射シェル	解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.82 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
SCALEPACK		データスケーリング
SHELX		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1168)	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.502→44.959 Å / FOM work R set: 0.8563 / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 22.08 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2092	6733	5.01 %
R_work	0.1774	127632	-
obs	0.179	134365	97.11 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 148.79 Å² / B_iso mean: 49.29 Å² / B_iso min: 19.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.502→44.959 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19238	0	0	880	20118
B_iso mean	-	-	-	47.94	-
残基数	-	-	-	-	2491

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	19688
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.873	26769
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	3016
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	3503
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.619	7204

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.5017-2.5301	0.3044	151	0.2615	2756	2907	64
2.5301-2.5599	0.3371	157	0.2579	3325	3482	76
2.5599-2.5911	0.3138	168	0.243	3809	3977	86
2.5911-2.6239	0.292	239	0.234	4143	4382	94
2.6239-2.6584	0.2756	194	0.2388	4274	4468	98
2.6584-2.6948	0.2595	256	0.237	4389	4645	100
2.6948-2.7333	0.2684	210	0.2371	4354	4564	100
2.7333-2.7741	0.3097	232	0.2214	4389	4621	100
2.7741-2.8174	0.273	247	0.213	4351	4598	100
2.8174-2.8636	0.2391	229	0.2003	4393	4622	100
2.8636-2.913	0.2346	247	0.1976	4326	4573	100
2.913-2.966	0.2375	216	0.203	4391	4607	100
2.966-3.023	0.2477	241	0.2016	4413	4654	100
3.023-3.0847	0.2214	229	0.1962	4396	4625	100
3.0847-3.1517	0.2458	200	0.1977	4348	4548	100
3.1517-3.225	0.2176	240	0.1896	4431	4671	100
3.225-3.3057	0.2152	251	0.1907	4373	4624	100
3.3057-3.395	0.219	245	0.1769	4362	4607	100
3.395-3.4949	0.2029	226	0.1691	4374	4600	100
3.4949-3.6076	0.2039	223	0.1629	4396	4619	100
3.6076-3.7365	0.2009	230	0.1628	4383	4613	100
3.7365-3.886	0.1791	230	0.1598	4364	4594	100
3.886-4.0628	0.1708	227	0.151	4377	4604	100
4.0628-4.2768	0.1955	245	0.1439	4370	4615	100
4.2768-4.5445	0.1502	232	0.139	4381	4613	100
4.5445-4.895	0.1687	220	0.14	4390	4610	100
4.895-5.3869	0.1823	244	0.1584	4349	4593	100
5.3869-6.1647	0.1942	225	0.1812	4391	4616	100
6.1647-7.7604	0.2243	264	0.1796	4318	4582	100
7.7604-44.9662	0.1613	215	0.1584	4316	4531	98

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -15.7507 Å / Origin y: 63.7626 Å / Origin z: -4.4732 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.2577 Å²	0.0476 Å²	0.0203 Å²	-	0.258 Å²	0.0142 Å²	-	-	0.2481 Å²
L	0.0883 °²	-0.0499 °²	0.0027 °²	-	0.2621 °²	0.2413 °²	-	-	0.6046 °²
S	0.0125 Å °	-0.0264 Å °	0.01 Å °	-0.0206 Å °	0.0281 Å °	-0.0161 Å °	-0.052 Å °	0.1656 Å °	-0.0403 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	0 - 1330
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	-1 - 1328
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	1 - 880

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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