PDB-6obv: Structural insights into dehydratase substrate selection for the ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6obv

タイトル

Structural insights into dehydratase substrate selection for the borrelidin and fluvirucin polyketide synthases

要素

fluvirucin B1 DH domain from module 1

キーワード

LYASE / Polyketide / Dehydratase / Borrelidin / Fluvirucin

機能・相同性

機能・相同性情報

DIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / oxidoreductase activity / zinc ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

Polyketide synthase dehydratase / Quinone oxidoreductase/zeta-crystallin, conserved site / Quinone oxidoreductase / zeta-crystallin signature. / Polyketide synthase dimerisation element domain / Polyketide synthase dimerisation element domain / Polyketide synthase extender module SpnB, Rossmann fold domain / Zinc-binding dehydrogenase / : / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / Polyketide synthase, dehydratase domain ...Polyketide synthase dehydratase / Quinone oxidoreductase/zeta-crystallin, conserved site / Quinone oxidoreductase / zeta-crystallin signature. / Polyketide synthase dimerisation element domain / Polyketide synthase dimerisation element domain / Polyketide synthase extender module SpnB, Rossmann fold domain / Zinc-binding dehydrogenase / : / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / Polyketide synthase, dehydratase domain / PKS_DH / PKS_PP_betabranch / : / Polyketide synthase dehydratase domain / : / Polyketide and metazoan fatty acid synthase dehydratase (PKS/mFAS DH) domain profile. / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / Polyketide synthase, C-terminal extension / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / : / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase domain superfamily / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / PKS_KR / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Beta-ketoacyl synthase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / GroES-like superfamily / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / PAS repeat profile. / PAS domain / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Actinomadura vulgaris (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.01 Å

データ登録者

McAndrew, R.P. / Barajas, J.F. / Pereira, J.H. / Keasling, J.D. / Adams, P.D.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J Ind Microbiol Biotechnol. / 年: 2019
タイトル: Structural insights into dehydratase substrate selection for the borrelidin and fluvirucin polyketide synthases.
著者: Barajas, J.F. / McAndrew, R.P. / Thompson, M.G. / Backman, T.W.H. / Pang, B. / de Rond, T. / Pereira, J.H. / Benites, V.T. / Martin, H.G. / Baidoo, E.E.K. / Hillson, N.J. / Adams, P.D. / Keasling, J.D.

履歴

登録	2019年3月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年6月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年8月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb6obv.ent.gz	354.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6obv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6obv_validation.pdf.gz	456.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6obv_full_validation.pdf.gz	467 KB	表示
XML形式データ	6obv_validation.xml.gz	43.9 KB	表示
CIF形式データ	6obv_validation.cif.gz	63.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/6obv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/6obv	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6obtC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1gxr-d 2ce9-2 3dy6-2 5o15-d 5tz6-d 5mwj-d 5h31-1 3mmj-d 2b4u-d 3kmz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (15) #13 - 2001年1月アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase) 類似性 (5) #239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (1) #32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

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「今月の分子」の関連する項目

#90 - 2007年6月
脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase)
類似性 (15)
#13 - 2001年1月
アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase)
類似性 (5)
#239 - 2019年11月
ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2)
類似性 (1)
#32 - 2002年8月
シャペロン (Chaperones)
類似性 (1)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (1)

登録構造単位

A: fluvirucin B1 DH domain from module 1

B: fluvirucin B1 DH domain from module 1

C: fluvirucin B1 DH domain from module 1

D: fluvirucin B1 DH domain from module 1

128 kDa, 4 ポリマー
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1

A: fluvirucin B1 DH domain from module 1

B: fluvirucin B1 DH domain from module 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
64.2 kDa, 2 ポリマー
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2

C: fluvirucin B1 DH domain from module 1

D: fluvirucin B1 DH domain from module 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
64.2 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	152.760, 38.780, 196.970
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 103.980, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

#1: タンパク質	fluvirucin B1 DH domain from module 1 / FluA 分子量: 32082.480 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Actinomadura vulgaris (バクテリア) 遺伝子: fluA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: J9WMQ1
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 496 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.24 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 詳細: 0.40 M NaCl, 0.10 M Tris pH 8.5, and 29% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 113 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.01→64.1 Å / Num. obs: 75387 / % possible obs: 89.2 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 30.71 Å² / Net I/σ(I): 12.9
反射シェル	解像度: 2.01→2.04 Å / Num. unique obs: 3800

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15rc3_3435	精密化
PHENIX	1.15rc3_3435	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.01→19.82 Å / SU ML: 0.2619 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.3259

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2632	880	1.3 %
R_work	0.1973	-	-
obs	0.1982	67935	89.65 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.01→19.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8214	0	0	496	8710

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	8401
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.902	11504
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0543	1309
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0079	1551
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.7314	4898

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.01-2.14	0.3609	133	0.3144	10649	X-RAY DIFFRACTION	85.97
2.14-2.3	0.3402	135	0.2736	10710	X-RAY DIFFRACTION	87.05
2.3-2.53	0.3135	130	0.2508	10997	X-RAY DIFFRACTION	88.8
2.53-2.9	0.2977	162	0.2282	11127	X-RAY DIFFRACTION	89.77
2.9-3.65	0.2547	150	0.1831	11393	X-RAY DIFFRACTION	91.15
3.65-19.82	0.2152	170	0.1494	12179	X-RAY DIFFRACTION	94.96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.79042279696	-0.156990534905	-0.231745402329	2.1498100773	-0.431998196389	3.91539384588	-0.153025973062	0.314034228607	-0.145678994109	-0.0535027555073	0.188735678485	-0.14040225759	-0.359466336855	-0.119724883554	-0.0282247479787	0.181614025019	-0.029611296231	0.0453878530387	0.215708924284	-0.0187020380608	0.140140359521	71.1733141498	7.12441322778	69.8586064485
2	8.6237630194	-1.50499962291	0.719776018842	0.987077855729	-0.98693876964	3.8257565603	-0.357770007774	0.519168163373	-1.05537530407	-0.318910282977	0.507247764607	-0.375441821837	0.318877148096	0.310707568662	-0.0907130524076	0.245713403643	-0.0331730399934	0.0537610702547	0.29412079436	-0.0391319778204	0.245931770015	73.8434342582	-0.885146728555	62.3099739499
3	7.17100328978	-1.06824154573	1.75730367827	1.00155448235	-0.246420114508	0.600577596866	-0.128955520542	-0.165452889227	0.009950330218	-0.0459639798322	0.169315838645	-0.0200452402899	0.101723605274	0.0886750177702	-0.0120761457355	0.17148102811	-0.0531962395317	0.0550609936734	0.277138069193	-0.0259485600205	0.177930661066	62.2456215293	4.01581746982	68.9573829872
4	4.75573891976	-1.3772401415	3.33733425094	1.6666345418	-1.66220103771	8.10419447645	-0.0826159789429	-0.113194577413	0.0987189591352	-0.143851544554	-0.0548698582292	-0.227942743799	-0.282814271787	-0.0146225060735	0.118224615895	0.160911130014	-0.00262113755126	0.0611934455067	0.120067044041	-0.0167107945206	0.191394956966	77.166260772	4.64515678238	109.89372175
5	1.68551857718	0.0726198529981	0.623849735842	1.83461792078	-0.115980300422	3.6890959979	0.0350011930716	-0.114575841932	-0.0131037117305	0.205822484015	-0.0295828949864	-0.0982323108085	0.0377255434181	0.120911508606	0.00059353021004	0.124693934372	0.0119986301818	0.00303122458536	0.1249301986	-0.000574938818983	0.182586271659	74.7541060217	-0.851703463898	124.404872157
6	5.33393734716	-1.66525361486	-0.00483401120033	5.23384719525	0.407877340555	4.64901742343	-0.00867000239144	-0.255240255476	-0.391534290311	0.438837009242	-0.0771554247233	0.159406281857	0.200640448554	-0.177061254314	0.100413206947	0.171250631162	0.0157874568953	0.0155934386025	0.157790852745	-0.00470063375571	0.144485429362	68.6455040833	-1.07426457664	130.524138424
7	7.61849557172	3.92708602286	4.26345609512	5.31208966882	2.77177063149	5.79705178639	-0.130947538574	0.259817119343	0.132110963634	-0.0261623879795	0.189809992416	0.105089888	-0.0457112130912	-0.390778789476	-0.0403671311707	0.175076623799	0.00393094372434	0.0448126501867	0.278061792311	0.133322986973	0.164218976148	54.9066764853	7.64280089371	5.97957651862
8	2.44270357693	-0.395063466792	0.528713927833	3.34707810505	0.0667260659129	4.15502586732	-0.0311197020267	0.0257102830395	-0.192235897317	0.135186847583	0.0513628660983	-0.0938994945128	0.0390611512318	0.0486675924559	0.0656856474958	0.188900146212	0.0134699070686	0.0114977180039	0.198650310489	0.0462294308133	0.135314704924	63.0929831753	2.74374630754	15.4642301813
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'C' and (resid 212 through 263 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'C' and (resid 264 through 282 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C' and (resid 283 through 311 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'D' and (resid 25 through 78 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'D' and (resid 79 through 253 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'D' and (resid 254 through 301 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 25 through 63 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 64 through 162 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 163 through 271 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 272 through 312 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 25 through 41 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 42 through 162 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 163 through 211 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 212 through 271 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 272 through 311 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 24 through 63 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 64 through 143 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 144 through 162 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 163 through 211 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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