PDB-6obm: Ricin A chain bound to VHH antibody V6A7

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6obm

タイトル

Ricin A chain bound to VHH antibody V6A7

要素

Ricin A chain
VHH antibody V6A7

キーワード

TOXIN

機能・相同性

機能・相同性情報

rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / AMP binding / defense response / toxin activity / carbohydrate binding / killing of cells of another organism / negative regulation of translation
類似検索 - 分子機能

生物種

Ricinus communis (トウゴマ)

Vicugna pacos (アルパカ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.495 Å

データ登録者

Rudolph, M.J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2020
タイトル: Intracellular Neutralization of Ricin Toxin by Single-domain Antibodies Targeting the Active Site.
著者: Rudolph, M.J. / Czajka, T.F. / Davis, S.A. / Thi Nguyen, C.M. / Li, X.P. / Tumer, N.E. / Vance, D.J. / Mantis, N.J.

履歴

登録	2019年3月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年4月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年10月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6obm.cif.gz	160.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6obm.ent.gz	131.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6obm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6obm_validation.pdf.gz	433.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6obm_full_validation.pdf.gz	438.9 KB	表示
XML形式データ	6obm_validation.xml.gz	15.4 KB	表示
CIF形式データ	6obm_validation.cif.gz	19.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/6obm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/6obm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6obcC 6obeC 6obgC 6oboC 6ocaC 6ocdC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6obo-2 1v6c-1 5vp5-d 6e42-2 6xic-d 6obg-2 2g3f-2 7a62-1 3ozi-d 6obg-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (15) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (15) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ricin A chain

B: VHH antibody V6A7

ヘテロ分子

41.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: surface plasmon resonance

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.654, 102.654, 156.876
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422

#1: タンパク質	Ricin A chain 分子量: 29015.645 Da / 分子数: 1 / 断片: Toxin catalytic subunit, residues 40-298 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ricinus communis (トウゴマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02879, rRNA N-glycosylase
#2: 抗体	VHH antibody V6A7 分子量: 12861.096 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.15 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 200 mM potassium sulfate and 20% PEG 3,350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月9日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.495→50 Å / Num. obs: 14935 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.4 % / B_iso Wilson estimate: 58.61 Å² / R_merge(I) obs: 0.104 / R_pim(I) all: 0.029 / R_rim(I) all: 0.108 / Χ²: 1.012 / Net I/σ(I): 7.3

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.5-2.54	7	1.545	711	0.48	0.577	1.659	0.642	94.8
2.54-2.59	8.8	1.255	683	0.734	0.425	1.33	0.655	99.1
2.59-2.64	10.5	1.207	752	0.786	0.381	1.268	0.66	100
2.64-2.69	13	1.245	740	0.863	0.356	1.296	0.689	100
2.69-2.75	14.2	1.062	721	0.92	0.292	1.102	0.68	100
2.75-2.82	14.6	0.936	754	0.937	0.253	0.97	0.711	100
2.82-2.89	14.7	0.698	722	0.943	0.188	0.723	0.734	100
2.89-2.96	14.7	0.563	748	0.98	0.152	0.583	0.759	100
2.96-3.05	14.6	0.442	743	0.977	0.12	0.459	0.768	100
3.05-3.15	14.6	0.339	744	0.984	0.092	0.351	0.805	100
3.15-3.26	14.6	0.271	729	0.991	0.073	0.281	0.828	100
3.26-3.39	14.6	0.179	734	0.994	0.048	0.185	0.917	100
3.39-3.55	14.5	0.14	763	0.998	0.038	0.145	0.986	100
3.55-3.73	14.5	0.102	734	0.998	0.028	0.106	1.078	100
3.73-3.97	14.3	0.084	758	0.998	0.023	0.087	1.172	100
3.97-4.27	14.3	0.067	764	0.999	0.018	0.069	1.338	100
4.27-4.7	14.2	0.061	749	0.998	0.017	0.063	1.674	100
4.7-5.38	14	0.062	768	0.999	0.017	0.065	1.857	100
5.38-6.78	13.6	0.057	776	0.999	0.016	0.059	1.574	100
6.78-50	12.9	0.033	842	0.999	0.009	0.034	1.204	99.9

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	46.59 Å
Translation	2.5 Å	46.59 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.5.6	位相決定
PHENIX	(1.11.1_2575)	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.495→46.595 Å / SU ML: 0.73 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2606	671	4.49 %
R_work	0.2089	-	-
obs	0.2113	14930	99.66 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / B_sol: 50.612 Å² / k_sol: 0.342 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 152.59 Å² / B_iso mean: 69.98 Å² / B_iso min: 35.12 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.0531 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	4.0531 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-8.1061 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.495→46.595 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2937	0	1	14	2952
B_iso mean	-	-	79.48	54.68	-
残基数	-	-	-	-	376

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	2997
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.732	4072
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	451
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	537
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.087	1089

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.4954-2.688	0.3448	124	0.3236	2763	2887	98
2.688-2.9585	0.3143	132	0.2904	2813	2945	100
2.9585-3.3865	0.3256	118	0.2385	2831	2949	100
3.3865-4.2662	0.2196	171	0.1916	2846	3017	100
4.2662-46.603	0.2555	126	0.179	3006	3132	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5283	-1.6505	-0.6991	6.2962	1.3019	5.4647	-0.326	-0.3022	0.1662	0.752	0.3069	-0.3811	0.4995	0.186	0.0396	0.3764	-0.0354	-0.0749	0.4281	-0.0178	0.4029	-21.4312	6.95	-16.386
2	5.0638	-1.8989	1.2658	6.4102	0.802	7.1113	-0.3383	-0.193	0.0949	0.312	0.0577	0.2705	-0.2583	-0.2645	0.1728	0.3022	0.0298	0.0267	0.3224	-0.0561	0.2786	-36.2409	12.6746	-19.6913
3	3.2225	-2.1458	1.1756	5.2202	-1.5591	2.2552	-0.1065	0.0909	-0.1844	-0.0022	0.134	0.0572	-0.0035	0.1608	-0.036	0.2773	-0.0262	0.0052	0.3513	-0.0165	0.2612	-27.655	-3.1087	-26.8689
4	4.4635	2.1084	0.6532	4.4726	-0.5557	6.0858	0.7491	-0.4177	-0.1164	0.7375	-0.24	0.1418	1.0637	-1.4987	-0.2997	0.765	-0.1632	0.3622	0.7928	0.0798	0.7712	-48.3604	-26.3759	-21.0038
5	5.5881	1.1908	0.2537	9.3361	0.5212	1.1845	0.3126	0.1938	0.5813	0.535	-0.4426	1.749	0.2165	-0.3147	0.1191	0.4834	-0.1666	0.1729	0.652	-0.1465	0.8443	-47.4154	-14.4855	-21.4405
6	7.9716	-1.9225	-1.3701	2.1212	-0.6218	7.8446	-0.1624	-1.7245	-0.727	1.1583	-0.4044	0.6957	0.8242	0.2205	0.3701	0.9194	-0.0658	-0.0155	0.6597	0.089	0.6062	-36.1394	-26.5806	-20.2996
7	8.1107	-1.815	-0.1759	6.1812	-3.5507	6.298	0.0638	0.6369	-0.3212	0.5017	-0.3512	0.093	0.7413	0.4682	0.1608	0.5207	-0.0427	-0.0523	0.4942	-0.0441	0.3197	-36.9435	-19.4099	-29.1964
8	9.0606	-4.6638	-5.5393	2.863	3.9574	6.2068	0.2787	0.2327	1.1807	-0.1047	0.3004	-0.5836	0.2646	-0.2653	-0.4897	0.388	-0.1312	0.0422	0.5436	0.045	0.5331	-46.3834	-20.1361	-29.7227
9	4.6474	5.2993	1.5277	6.141	2.4194	4.1885	0.4369	0.1314	-0.6773	-0.1573	-0.5094	0.4754	1.2225	0.294	0.0944	0.8966	0.1381	0.0515	0.4166	-0.0397	0.4402	-40.3053	-28.5694	-24.1242
10	2.631	3.1291	-0.6725	7.7375	-1.0982	1.7102	0.4615	-0.98	0.0959	1.6959	-0.7441	1.5453	0.6866	-0.1639	0.2867	0.8697	-0.1283	0.1482	0.5799	0.0468	0.6154	-39.7321	-16.7236	-17.6501

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 5:56)	A	5 - 56
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 57:122)	A	57 - 122
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 123:263)	A	123 - 263
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resseq 1:18)	B	1 - 18
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resseq 19:34)	B	19 - 34
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resseq 35:45)	B	35 - 45
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resseq 46:64)	B	46 - 64
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq 65:83)	B	65 - 83
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resseq 84:100)	B	84 - 100
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 101:120)	B	101 - 120

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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