PDB-6obh: Structure of HIV-1 CA 1/2-hexamer

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6obh

タイトル

Structure of HIV-1 CA 1/2-hexamer

要素

(CA) x 3

キーワード

VIRAL PROTEIN / capsid / disulfide

機能・相同性

機能・相同性情報

viral budding via host ESCRT complex / host multivesicular body / ISG15 antiviral mechanism / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / viral translational frameshifting / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.96 Å

データ登録者

Summers, B.J. / Xiong, Y.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2019
タイトル: Modular HIV-1 Capsid Assemblies Reveal Diverse Host-Capsid Recognition Mechanisms.
著者: Summers, B.J. / Digianantonio, K.M. / Smaga, S.S. / Huang, P.T. / Zhou, K. / Gerber, E.E. / Wang, W. / Xiong, Y.

履歴

登録	2019年3月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年8月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6obh.cif.gz	260.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6obh.ent.gz	210.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6obh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/6obh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/6obh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ec2C 6ecnC 6ecoC 3h47S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6b2i-1 4wym-2 6skk-d 6bht-1 4u0d-2 3h4e-2 5upw-d 6mqa-1 6slq-d 5tsv-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (3) #87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (2)

登録構造単位

A: CA

B: CA

C: CA

D: CA

E: CA

F: CA

ヘテロ分子

154 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, The assembly eluted at the proper position to indicate the correct size.

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.770, 77.746, 77.758
Angle α, β, γ (deg.)	70.65, 70.70, 70.59
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLN	GLN	A	A	1 - 219	2 - 220
2	1	GLN	GLN	B	B	1 - 219	2 - 220
1	2	GLY	GLY	A	A	1 - 220	2 - 221
2	2	GLY	GLY	C	C	1 - 220	2 - 221
1	3	GLN	GLN	A	A	1 - 219	2 - 220
2	3	GLN	GLN	D	D	1 - 219	2 - 220
1	4	GLY	GLY	A	A	1 - 220	2 - 221
2	4	GLY	GLY	E	E	1 - 220	2 - 221
1	5	GLN	GLN	A	A	1 - 219	2 - 220
2	5	GLN	GLN	F	F	1 - 219	2 - 220
1	6	GLN	GLN	B	B	1 - 219	2 - 220
2	6	GLN	GLN	C	C	1 - 219	2 - 220
1	7	VAL	VAL	B	B	1 - 221	2 - 222
2	7	VAL	VAL	D	D	1 - 221	2 - 222
1	8	GLN	GLN	B	B	1 - 219	2 - 220
2	8	GLN	GLN	E	E	1 - 219	2 - 220
1	9	VAL	VAL	B	B	1 - 221	2 - 222
2	9	VAL	VAL	F	F	1 - 221	2 - 222
1	10	GLN	GLN	C	C	1 - 219	2 - 220
2	10	GLN	GLN	D	D	1 - 219	2 - 220
1	11	GLY	GLY	C	C	1 - 220	2 - 221
2	11	GLY	GLY	E	E	1 - 220	2 - 221
1	12	GLN	GLN	C	C	1 - 219	2 - 220
2	12	GLN	GLN	F	F	1 - 219	2 - 220
1	13	GLN	GLN	D	D	1 - 219	2 - 220
2	13	GLN	GLN	E	E	1 - 219	2 - 220
1	14	VAL	VAL	D	D	1 - 221	2 - 222
2	14	VAL	VAL	F	F	1 - 221	2 - 222
1	15	GLN	GLN	E	E	1 - 219	2 - 220
2	15	GLN	GLN	F	F	1 - 219	2 - 220

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

#1: タンパク質	CA 分子量: 25618.439 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 107-337 / 変異: A14C, W184A, M185A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: gag / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: T2CI25, UniProt: P12493*PLUS
#2: タンパク質	CA 分子量: 25562.441 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 133-363 / 変異: E45C, T54C, W184A, M185A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: gag / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B6DRA0, UniProt: P12493*PLUS
#3: タンパク質	CA 分子量: 25618.439 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 107-337 / 変異: A42C, W184A, M185A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: gag / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: T2CI25, UniProt: P12493*PLUS
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.6 % / 解説: hexagonal
結晶化	温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 8 詳細: 0.1 M PCB buffer, pH 8 (sodium propionate, sodium cacodylate, Bis-Tris propane), 25% w/v PEG1500

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月17日
放射	モノクロメーター: Cryo-cooled double crystal Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.96→45 Å / Num. obs: 30532 / % possible obs: 92.5 % / 冗長度: 1.8 % / B_iso Wilson estimate: 99.19 Å² / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 14.9
反射シェル	解像度: 2.96→3.01 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 2873 / CC_1/2: 0.351 / % possible all: 86.03

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
HKL-2000	v715	データ削減
HKL-2000	v715	データスケーリング
PHASER	7.0.0	位相決定
Coot	0.8.7	モデル構築
PHENIX	1.12_2829	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3H47

3h47

解像度: 2.96→45 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.925 / SU B: 27.261 / SU ML: 0.46 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.48

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26469	1471	4.8 %	RANDOM
R_work	0.208	-	-	-
obs	0.21099	29060	92.49 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 103.954 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.05 Å²	3.98 Å²	1.86 Å²
2-	-	0.42 Å²	2.73 Å²
3-	-	-	2.45 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.96→45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10061	0	6	3	10070

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	10287
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	9576
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.437	1.653	13983
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.186	1.567	22328
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.332	5	1290
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.551	23.146	499
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.085	15	1763
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.917	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.058	0.2	1402
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	11371
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1917
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	10.208	11.102	5196
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	10.201	11.101	5195
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	15.645	16.632	6474
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	15.646	16.634	6475
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	9.369	11.565	5091
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	9.369	11.566	5092
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	14.775	17.167	7510
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	19.999		11496
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	20		11497
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	6564	0.06
1	2	B	6564	0.06
2	1	A	6944	0.01
2	2	C	6944	0.01
3	1	A	6587	0.06
3	2	D	6587	0.06
4	1	A	6916	0.01
4	2	E	6916	0.01
5	1	A	6583	0.06
5	2	F	6583	0.06
6	1	B	6564	0.06
6	2	C	6564	0.06
7	1	B	6812	0
7	2	D	6812	0
8	1	B	6578	0.06
8	2	E	6578	0.06
9	1	B	6809	0.01
9	2	F	6809	0.01
10	1	C	6582	0.06
10	2	D	6582	0.06
11	1	C	6918	0.01
11	2	E	6918	0.01
12	1	C	6586	0.06
12	2	F	6586	0.06
13	1	D	6566	0.06
13	2	E	6566	0.06
14	1	D	6830	0
14	2	F	6830	0
15	1	E	6566	0.06
15	2	F	6566	0.06

LS精密化シェル

解像度: 2.953→3.029 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.346	46	-
R_work	0.365	1999	-
obs	-	-	83.54 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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