PDB-6oaf: Sudan virus nucleoprotein core domain in complex with VP35 chaper...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6oaf

タイトル

Sudan virus nucleoprotein core domain in complex with VP35 chaperoning peptide

要素

Polymerase cofactor VP35,Nucleoprotein

キーワード

VIRAL PROTEIN / Complex SUDV NP-VP35

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IKBKE activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF7 activity / viral RNA genome packaging / : / helical viral capsid / virion component / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / viral nucleocapsid / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / host cell cytoplasm ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Sudan ebolavirus (エボラウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Landeras-Bueno, S. / Oda, S. / Norris, M.J. / Li Salie, Z. / Ollmann Saphire, E.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Mbio / 年: 2019
タイトル: Sudan Ebolavirus VP35-NP Crystal Structure Reveals a Potential Target for Pan-Filovirus Treatment.
著者: Landeras-Bueno, S. / Oda, S.I. / Norris, M.J. / Li Salie, Z. / Guenaga, J. / Wyatt, R.T. / Saphire, E.O.

履歴

登録	2019年3月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6oaf.cif.gz	218.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6oaf.ent.gz	177.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6oaf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oa/6oaf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oa/6oaf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ztgS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3v3k-1 6mn8-d 3au0-d 6h5s-d 3a3j-d 6f6f-1 6i5n-1 3es2-d 1s16-1 6hn7-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#178 - 2014年10月エボラウイルスタンパク質 (Ebola Virus Proteins) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Polymerase cofactor VP35,Nucleoprotein

42.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	126.840, 33.750, 101.860
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.46, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Polymerase cofactor VP35,Nucleoprotein / Nucleocapsid protein / Protein N 分子量: 42721.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sudan ebolavirus (strain Human/Uganda/Gulu/2000) (エボラウイルス), (組換発現) Sudan ebolavirus (strain Boniface-76) (ウイルス) 株: Human/Uganda/Gulu/2000, Boniface-76 / 遺伝子: VP35, NP / プラスミド: pET46 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): R2 / 参照: UniProt: Q5XX07, UniProt: Q9QP77
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Polymerase cofactor VP35,Nucleoprotein / Nucleocapsid protein / Protein N

分子量: 42721.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Sudan ebolavirus (strain Human/Uganda/Gulu/2000) (エボラウイルス), (組換発現)

Sudan ebolavirus (strain Boniface-76) (ウイルス)
株: Human/Uganda/Gulu/2000, Boniface-76 / 遺伝子: VP35, NP / プラスミド: pET46 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): R2 / 参照: UniProt: Q5XX07, UniProt: Q9QP77

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.57 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 詳細: 20% PEG3350, 0.2 M potassium fluoride pH 8.5, 0.1 M bicine

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 1.2819 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.2819 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→48.61 Å / Num. obs: 22033 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.8 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.084 / R_pim(I) all: 0.049 / Net I/σ(I): 12.1
反射シェル	解像度: 2.2→2.3 Å / R_merge(I) obs: 1.361 / CC_1/2: 0.49 / R_pim(I) all: 0.922

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
PHENIX	精密化
XDS	データ削減
XSCALE	データスケーリング
PHASER	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4ZTG

4ztg

解像度: 2.2→43.35 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.13 / 位相誤差: 30.21

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2481	2091	5.05 %
R_work	0.2118	-	-
obs	0.2136	22033	97.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→43.35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2800	0	0	57	2857

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	2895
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.564	3927
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.136	1051
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.025	450
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	508

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.2479	0.4134	127	0.4015	2276	X-RAY DIFFRACTION	83
2.2479-2.3041	0.3879	128	0.3487	2427	X-RAY DIFFRACTION	94
2.3041-2.3664	0.3245	140	0.3331	2579	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3664-2.4361	0.3171	148	0.3264	2736	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4361-2.5147	0.385	136	0.3188	2582	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5147-2.6046	0.2796	144	0.2861	2699	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6046-2.7088	0.3268	139	0.2602	2614	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7088-2.8321	0.3003	142	0.2494	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8321-2.9814	0.3071	138	0.2494	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9814-3.1681	0.307	143	0.2464	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1681-3.4126	0.2844	145	0.2241	2713	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4126-3.7559	0.2053	139	0.1982	2659	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7559-4.2989	0.215	144	0.1653	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2989-5.4146	0.1714	141	0.1598	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4146-43.3585	0.2312	137	0.1788	2674	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9466	-1.3799	-2.4458	1.5705	2.3126	6.0347	0.4617	0.5443	0.644	-0.2477	-0.0632	-0.0915	-0.6701	0.7904	-0.3225	0.4977	0.0533	0.0208	0.7978	0.0665	0.4704	0.3214	-13.0872	7.1579
2	4.3294	0.5032	1.436	3.005	2.6372	5.9691	0.1272	-0.3464	-0.0498	0.0647	-0.3188	0.7656	-0.0505	-1.0397	0.187	0.4927	0.0414	0.0347	0.5506	0.0304	0.6606	-33.6934	-14.6261	32.5209
3	6.4437	0.4607	4.4267	4.6621	-5.1597	9.5206	0.1423	-1.75	-1.285	-0.7353	0.2312	1.6139	0.7487	-0.6724	-0.4287	0.7962	-0.1425	0.213	1.0523	0.0631	1.2809	-40.0602	-23.6054	42.5632
4	3.1669	0.2507	0.5213	3.9712	-0.0372	6.684	0.142	-0.2826	0.125	0.2552	0.0105	0.1533	-0.2301	-0.388	-0.1631	0.4096	0.0315	0.0443	0.3696	-0.0045	0.4	-18.8535	-10.1337	38.3953
5	6.1934	-1.0594	-1.1283	2.5747	-0.5848	3.5984	0.315	0.7003	-0.4281	-0.1704	-0.3027	-0.5368	0.2417	0.9217	0.0266	0.4453	0.1233	-0.017	0.7198	-0.1	0.5536	2.9021	-22.6502	16.3872
6	3.5783	2.7345	0.138	2.395	0.1406	0.0068	-0.0364	0.6556	-0.532	0.0765	0.163	-0.0194	0.9751	-0.0943	-0.1949	0.8189	0.1646	-0.1885	0.6619	0.0098	0.7186	-22.9744	-31.2331	17.4032

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -13 through 14 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 43 through 114 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 115 through 128 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 129 through 240 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 241 through 356 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 15 through 42 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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