PDB-6oad: 2.05 Angstrom Resolution Crystal Structure of Aminopeptidase B fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6oad

タイトル

2.05 Angstrom Resolution Crystal Structure of Aminopeptidase B from Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655.

要素

Peptidase B

キーワード

HYDROLASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Aminopeptidase B

機能・相同性

機能・相同性情報

PepB aminopeptidase / peptide catabolic process / metalloaminopeptidase activity / aminopeptidase activity / peptidase activity / manganese ion binding / proteolysis / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Minasov, G. / Shuvalova, L. / Wawrzak, Z. / Kiryukhina, O. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2020
タイトル: Comparison of metal-bound and unbound structures of aminopeptidase B proteins from Escherichia coli and Yersinia pestis.
著者: Minasov, G. / Lam, M.R. / Rosas-Lemus, M. / Slawek, J. / Woinska, M. / Shabalin, I.G. / Shuvalova, L. / Palsson, B.O. / Godzik, A. / Minor, W. / Satchell, K.J.F.

履歴

登録	2019年3月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年3月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年4月24日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: refine / software Item: _refine.pdbx_method_to_determine_struct / _refine.pdbx_starting_model / _software.name
改定 1.2	2021年1月27日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.3	2021年4月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.4	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6oad.cif.gz	1.9 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6oad.ent.gz	1.6 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6oad.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oa/6oad ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oa/6oad	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ov8C 3ij3S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ov8-d 6cxd-1 3ryo-1 4nhy-d 5ihz-d 5w2m-d 3ryo-2 6wvv-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP96093

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #59 - 2004年11月光化学系II (Photosystem II) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidase B

B: Peptidase B

C: Peptidase B

D: Peptidase B

E: Peptidase B

F: Peptidase B

G: Peptidase B

H: Peptidase B

I: Peptidase B

J: Peptidase B

K: Peptidase B

L: Peptidase B

ヘテロ分子

565 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Peptidase B

B: Peptidase B

C: Peptidase B

D: Peptidase B

E: Peptidase B

F: Peptidase B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
282 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

G: Peptidase B

H: Peptidase B

I: Peptidase B

J: Peptidase B

K: Peptidase B

L: Peptidase B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
282 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	150.667, 114.761, 161.171
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.02, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質	Peptidase B / Aminopeptidase B 分子量: 46502.270 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌) 遺伝子: pepB, D8B36_06045 / Variant: MG1655 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): magic 参照: UniProt: A0A387CSU7, UniProt: P37095*PLUS, PepB aminopeptidase

#1: タンパク質

Peptidase B / Aminopeptidase B

分子量: 46502.270 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
遺伝子: pepB, D8B36_06045 / Variant: MG1655 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): magic
参照: UniProt: A0A387CSU7, UniProt: P37095*PLUS, PepB aminopeptidase

-
非ポリマー , 8種, 3495分子

#2: 化合物	... ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / オキシラトぎ酸分子量: 61.017 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#7: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#8: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3385 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.8 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Protein: 6.0 mg/ml, 0.01M Tris pH 8.3; Screen: PEGs II (H8), 0.2M Calcium acetate, 0.1M HEPES pH 7.5, 10% (w/v) PEG 8000. Cryo: reservoir + 20% Ethylene glycol.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年2月5日 / 詳細: C(111)
放射	モノクロメーター: Be / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→30 Å / Num. obs: 338775 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / B_iso Wilson estimate: 30.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.098 / R_pim(I) all: 0.054 / R_rim(I) all: 0.112 / R_sym value: 0.098 / Χ²: 1.011 / Net I/σ(I): 11.9
反射シェル	解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.791 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 16506 / CC_1/2: 0.761 / R_pim(I) all: 0.437 / R_rim(I) all: 0.905 / R_sym value: 0.791 / Χ²: 1.007 / % possible all: 96.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
MoRDa		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3IJ3

3ij3

解像度: 2.05→29.88 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 11.004 / SU ML: 0.152 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.194 / ESU R Free: 0.165 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21473	16698	4.9 %	RANDOM
R_work	0.17185	-	-	-
obs	0.17398	321648	98.62 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.118 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.68 Å²	0 Å²	-2.3 Å²
2-	-	0.94 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.46 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.05→29.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	38883	0	323	3385	42591

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	40508
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	37179
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.473	1.638	54762
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.416	1.578	86032
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.09	5	5212
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	22.462	22.268	2116
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	9.454	15	6556
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.639	15	286
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	5269
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.055	0.02	46539
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.05	0.02	8639
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.828	1.347	20696
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.827	1.347	20695
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.408	2.018	25942
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.408	2.018	25943
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.471	1.5	19812
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.471	1.5	19813
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.718	2.172	28815
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.735	17.514	47409
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.735	17.513	47409
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.313	1229	-
R_work	0.292	22675	-
obs	-	-	94.99 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.6943	1.8541	-1.9863	3.7971	1.5464	6.0886	-0.0681	0.4164	0.0507	-0.1175	-0.0649	0.0261	-0.404	0.2833	0.133	0.5284	-0.0471	0.0021	0.2826	0.053	0.2807	46.4028	70.0783	47.8987
2	0.5589	0.2204	-0.3933	0.8947	-0.5876	1.3873	0.02	-0.0389	0.1402	0.0994	-0.0126	-0.0504	-0.4565	0.0791	-0.0075	0.4543	-0.0429	0.009	0.0967	-0.0189	0.1783	40.4888	61.7913	71.6104
3	0.8319	-0.2388	-0.1031	1.0823	-0.0292	0.9882	-0.0415	-0.0657	0.0416	0.1286	0.0113	0.0243	-0.2401	-0.0773	0.0302	0.3598	0.0169	0.0439	0.2196	-0.0153	0.1845	30.0113	45.0083	83.8963
4	0.622	0.2097	0.03	0.8717	-0.1815	0.8592	-0.0128	-0.0004	0.0862	0.0631	0.0266	0.1215	-0.284	-0.1587	-0.0138	0.3296	0.0432	0.0446	0.2103	-0.0054	0.2029	22.205	48.2016	72.0429
5	1.3595	-1.2084	0.9467	2.5928	-3.2411	4.5071	0.0167	-0.214	-0.2498	-0.3325	0.0873	0.2792	0.5276	-0.131	-0.104	0.4357	-0.086	0.0717	0.8191	-0.005	0.8546	-8.1327	10.1927	78.88
6	1.3366	-0.1984	0.2501	0.8262	0.1348	1.2696	0.0547	-0.1874	-0.0269	0.258	-0.0265	0.3237	0.1726	-0.3409	-0.0282	0.2583	-0.0722	0.1578	0.2329	0.0748	0.2371	16.5657	9.9967	90.6665
7	0.6384	0.135	0.0032	1.1194	-0.2584	1.133	0.0872	-0.1013	-0.0848	0.2228	-0.0275	0.0945	0.2688	0.0486	-0.0597	0.4196	-0.0068	0.055	0.2081	0.0437	0.2439	34.8841	6.8728	90.1195
8	0.9449	-0.0619	-0.0055	0.7422	0.0228	1.3416	0.036	-0.0214	-0.1666	0.1063	0.0184	0.1234	0.3813	0.0084	-0.0544	0.4135	-0.0066	0.0354	0.1295	0.0346	0.2289	33.0784	-0.1209	80.7033
9	1.8278	-0.265	-0.042	3.3315	0.7067	2.0499	-0.0169	0.2551	-0.1946	0.0784	0.2371	-0.2563	0.3277	0.547	-0.2203	0.1483	0.2536	-0.0254	0.5309	-0.125	0.1447	72.966	-4.6799	62.0502
10	1.4364	-0.2203	0.2004	0.8608	0.1202	0.75	-0.001	0.0103	-0.038	0.2077	0.0194	-0.0937	0.0339	0.5057	-0.0184	0.171	-0.0066	0.0014	0.5695	-0.0013	0.1367	69.4234	23.7709	78.9095
11	0.4974	-0.1563	0.0368	0.8913	0.1103	0.8589	0.0116	0.1279	0.0498	-0.0085	-0.0026	-0.1021	-0.1113	0.5145	-0.009	0.1252	-0.0483	0.0368	0.5658	0.0007	0.1402	66.8527	29.8274	66.4819
12	2.4204	-0.3754	1.2977	3.8751	0.9674	3.1513	-0.1581	-0.0883	0.299	0.0725	0.1941	-0.2112	-0.4439	0.5366	-0.036	0.2415	-0.1637	0.0369	0.3638	-0.0172	0.0764	58.8402	60.0764	43.6142
13	0.1086	0.2495	0.148	1.6933	0.3024	0.6798	-0.1088	0.1834	0.0912	-0.309	0.1054	0.0791	-0.225	0.4066	0.0034	0.4313	-0.1135	0.051	0.6072	0.0464	0.2871	54.6858	43.628	28.7976
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 32
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	33 - 155
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	156 - 294
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	295 - 427
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	2 - 20
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7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	178 - 269
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9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	2 - 91
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13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	65 - 141
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16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	264 - 427
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23	X-RAY DIFFRACTION	23	F	178 - 211
24	X-RAY DIFFRACTION	24	F	212 - 427
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33	X-RAY DIFFRACTION	33	I	148 - 304
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45	X-RAY DIFFRACTION	45	L	146 - 269
46	X-RAY DIFFRACTION	46	L	270 - 427

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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