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- PDB-6o9b: Crystal structure of HLA-A3*01 in complex with a wild-type beta-c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6o9b
タイトルCrystal structure of HLA-A3*01 in complex with a wild-type beta-catenin peptide
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • Catenin beta-1
  • HLA class I histocompatibility antigen, A-3 alpha chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / HLA-A3 / MHC Class I
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of heparan sulfate proteoglycan biosynthetic process / lung induction / positive regulation of branching involved in lung morphogenesis / cranial ganglion development / renal vesicle formation / renal inner medulla development / renal outer medulla development / nephron tubule formation / beta-catenin-ICAT complex / CDH11 homotypic and heterotypic interactions ...positive regulation of heparan sulfate proteoglycan biosynthetic process / lung induction / positive regulation of branching involved in lung morphogenesis / cranial ganglion development / renal vesicle formation / renal inner medulla development / renal outer medulla development / nephron tubule formation / beta-catenin-ICAT complex / CDH11 homotypic and heterotypic interactions / genitalia morphogenesis / embryonic skeletal limb joint morphogenesis / canonical Wnt signaling pathway involved in mesenchymal stem cell differentiation / neural plate development / metanephros morphogenesis / glial cell fate determination / Regulation of CDH19 Expression and Function / regulation of secondary heart field cardioblast proliferation / astrocyte-dopaminergic neuron signaling / oviduct development / beta-catenin-TCF7L2 complex / regulation of nephron tubule epithelial cell differentiation / regulation of timing of anagen / negative regulation of mitotic cell cycle, embryonic / Binding of TCF/LEF:CTNNB1 to target gene promoters / negative regulation of mesenchymal to epithelial transition involved in metanephros morphogenesis / central nervous system vasculogenesis / regulation of centriole-centriole cohesion / RUNX3 regulates WNT signaling / regulation of centromeric sister chromatid cohesion / Regulation of CDH11 function / embryonic axis specification / Specification of the neural plate border / Scrib-APC-beta-catenin complex / lens morphogenesis in camera-type eye / regulation of fibroblast proliferation / beta-catenin-TCF complex / endodermal cell fate commitment / acinar cell differentiation / dorsal root ganglion development / synaptic vesicle clustering / proximal/distal pattern formation / neuron fate determination / Formation of the nephric duct / endothelial tube morphogenesis / positive regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / dorsal/ventral axis specification / sympathetic ganglion development / fungiform papilla formation / layer formation in cerebral cortex / positive regulation of endothelial cell differentiation / presynaptic active zone cytoplasmic component / mesenchymal to epithelial transition / hindbrain development / lung epithelial cell differentiation / positive regulation of determination of dorsal identity / positive regulation of skeletal muscle tissue development / fascia adherens / regulation of protein localization to cell surface / ectoderm development / embryonic foregut morphogenesis / hair cell differentiation / detection of muscle stretch / cellular response to indole-3-methanol / smooth muscle cell differentiation / positive regulation of odontoblast differentiation / mesenchymal cell proliferation involved in lung development / positive regulation of myoblast proliferation / histone methyltransferase binding / alpha-catenin binding / regulation of calcium ion import / regulation of epithelial to mesenchymal transition / Germ layer formation at gastrulation / positive regulation of homotypic cell-cell adhesion / negative regulation of oligodendrocyte differentiation / establishment of blood-retinal barrier / flotillin complex / apicolateral plasma membrane / epithelial cell differentiation involved in prostate gland development / cranial skeletal system development / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / cell-cell adhesion mediated by cadherin / male genitalia development / Formation of definitive endoderm / epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / regulation of smooth muscle cell proliferation / catenin complex / beta-catenin destruction complex / embryonic brain development / oocyte development / lung-associated mesenchyme development / midbrain dopaminergic neuron differentiation / establishment of blood-brain barrier / Formation of axial mesoderm / negative regulation of protein sumoylation / Apoptotic cleavage of cell adhesion proteins / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / Beta-catenin phosphorylation cascade / Signaling by GSK3beta mutants / CTNNB1 S33 mutants aren't phosphorylated
類似検索 - 分子機能
Beta-catenin / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains ...Beta-catenin / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Armadillo-like helical / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Armadillo-type fold / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Catenin beta-1 / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Miller, M.S. / Gabelli, S.B.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)P50CA062924 米国
Department of Defense (DOD, United States)W81XWH-16-1-0486 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: An engineered antibody fragment targeting mutant beta-catenin via major histocompatibility complex I neoantigen presentation.
著者: Miller, M.S. / Douglass, J. / Hwang, M.S. / Skora, A.D. / Murphy, M. / Papadopoulos, N. / Kinzler, K.W. / Vogelstein, B. / Zhou, S. / Gabelli, S.B.
履歴
登録2019年3月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年12月25日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-3 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Catenin beta-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,15521
ポリマ－49,1843
非ポリマー1,97118
水2,990166
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9850 Å2
ΔGint59 kcal/mol
Surface area18320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)152.770, 152.770, 84.835
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number177
Space group name H-MP622

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, A-3 alpha chain / MHC class I antigen A*3


分子量: 34589.211 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 25-304 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A, HLAA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P04439
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 13732.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質・ペプチド Catenin beta-1 / Beta-catenin


分子量: 861.960 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 41-49 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P35222

-
非ポリマー , 6種, 184分子

#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#7: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.66 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M MES/imidazole, pH 6.5, 0.03 M diethylene glycol, 0.03 M triethylene glycol, 0.03 M tetraethylene glycol, 0.03 M pentaethylene glycol, 20% PEG500 MME, 10% PEG20000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月23日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→28.87 Å / Num. obs: 29999 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 10.4 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.164 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.172 / Net I/σ(I): 9.7 / Num. measured all: 313372
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.2-2.269.81.08123450.7040.3481.13891.2
9.06-28.879.30.0525010.9980.0170.05596.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.349
最高解像度最低解像度
Rotation28.87 Å3.5 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
XDSデータ削減
Aimless0.5.21データスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2XPG

2xpg


解像度: 2.2→28.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 4.781 / SU ML: 0.123 / SU R Cruickshank DPI: 0.199 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.199 / ESU R Free: 0.177
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2268 1452 4.8 %RANDOM
Rwork0.1824 ---
obs0.1846 28546 99.17 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 120.15 Å2 / Biso mean: 37.94 Å2 / Biso min: 19.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.27 Å20.13 Å20 Å2
2--0.27 Å20 Å2
3----0.87 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→28.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3159 0 138 166 3463
Biso mean--54.69 43.03 -
残基数----388
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0133384
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0173012
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9321.664554
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5361.587000
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1085389
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.35221.346208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.42315537
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.5031531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2407
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.023743
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02766
LS精密化 シェル解像度: 2.197→2.254 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.226 106 -
Rwork0.231 1873 -
all-1979 -
obs--90.7 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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