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- PDB-6o83: S. pombe ubiquitin E1~ubiquitin-AMP tetrahedral intermediate mimic -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6o83
タイトルS. pombe ubiquitin E1~ubiquitin-AMP tetrahedral intermediate mimic
要素
  • Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
  • Ubiquitin-activating enzyme E1 1
キーワードLIGASE/PROTEIN BINDING / THIOESTER / ADENYLATION / INHIBITOR / TETRAHEDRAL INTERMEDIATE / LIGASE / NUCLEUS / PHOSPHOPROTEIN / UBL CONJUGATION PATHWAY / ATP-BINDING / NUCLEOTIDE-BINDING / ISOPEPTIDE BOND / LIGASE-PROTEIN BINDING complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / E1 ubiquitin-activating enzyme / ubiquitin activating enzyme activity / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / ribosome biogenesis / ubiquitin-dependent protein catabolic process / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit ...Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / E1 ubiquitin-activating enzyme / ubiquitin activating enzyme activity / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / ribosome biogenesis / ubiquitin-dependent protein catabolic process / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / DNA damage response / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin-activating enzyme E1 / Ubiquitin-activating enzyme E1, C-terminal / Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, four-helix bundle / Ubiquitin-activating enzyme E1, C-terminal domain superfamily / Ubiquitin-activating enzyme E1, SCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain superfamily / Ubiquitin fold domain / Ubiquitin-activating enzyme E1 FCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1 four-helix bundle ...Ubiquitin-activating enzyme E1 / Ubiquitin-activating enzyme E1, C-terminal / Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, four-helix bundle / Ubiquitin-activating enzyme E1, C-terminal domain superfamily / Ubiquitin-activating enzyme E1, SCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain superfamily / Ubiquitin fold domain / Ubiquitin-activating enzyme E1 FCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1 four-helix bundle / Ubiquitin-activating enzyme e1 C-terminal domain / Ubiquitin-activating enzyme, SCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme, SCCH domain / Ubiquitin/SUMO-activating enzyme E1-like / Ubiquitin-activating enzyme E1, inactive adenylation domain, subdomain 1 / Ubiquitin-activating enzyme E1, Cys active site / Ubiquitin-activating enzyme active site. / ThiF/MoeB/HesA family / THIF-type NAD/FAD binding fold / ThiF family / Ubiquitin-activating enzyme / Ribosomal L40e family / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / : / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-VMX / Ubiquitin-activating enzyme E1 1 / Ubiquitin-ribosomal protein eL40B fusion protein
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.153 Å
データ登録者Hann, Z.S. / Lima, C.D.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM079196 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM118080 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM100477 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)P30CA008748 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Structural basis for adenylation and thioester bond formation in the ubiquitin E1.
著者: Hann, Z.S. / Ji, C. / Olsen, S.K. / Lu, X. / Lux, M.C. / Tan, D.S. / Lima, C.D.
履歴
登録2019年3月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年8月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin-activating enzyme E1 1
B: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
C: Ubiquitin-activating enzyme E1 1
D: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)242,95121
ポリマ－240,5524
非ポリマー2,39917
水66737
1
A: Ubiquitin-activating enzyme E1 1
B: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,41610
ポリマ－120,2762
非ポリマー1,1418
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5200 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area42780 Å2
手法PISA
2
C: Ubiquitin-activating enzyme E1 1
D: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,53411
ポリマ－120,2762
非ポリマー1,2599
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5660 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area43220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.575, 150.522, 172.776
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Ubiquitin-activating enzyme E1 1 / Poly(A)+ RNA transport protein 3


分子量: 111764.047 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 13-1012 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: ptr3, SPBC1604.21c, SPBC211.09 / プラスミド: pSMT3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O94609, E1 ubiquitin-activating enzyme
#2: タンパク質 Ubiquitin-60S ribosomal protein L40


分子量: 8511.716 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 1-75 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: uep1, ubi2, SPAC1805.12c / プラスミド: pTXB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CH07

-
非ポリマー , 5種, 54分子

#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-VMX / 5'-{[(3-aminopropyl)sulfonyl]amino}-5'-deoxyadenosine


分子量: 387.415 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H21N7O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 27.3% MPD, 6.6% PEG 8000, 100 mM BIS-TRIS propane pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→113.5 Å / Num. obs: 53605 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 70.5 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rpim(I) all: 0.058 / Rrim(I) all: 0.128 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 3.15→3.27 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.537 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 4918 / CC1/2: 0.444 / Rpim(I) all: 0.339 / Rrim(I) all: 0.639 / % possible all: 89.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3211精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4II3

4ii3


解像度: 3.153→113.493 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 25.92
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2523 2646 4.94 %
Rwork0.2027 --
obs0.2052 53583 96.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 289.58 Å2 / Biso mean: 89.1432 Å2 / Biso min: 0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.153→113.493 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16183 0 158 37 16378
Biso mean--68.63 24.35 -
残基数----2059
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.1532-3.21050.3821420.34342341248386
3.2105-3.27230.34911320.31782590272294
3.2723-3.33910.33891230.29532600272394
3.3391-3.41170.34491360.28032624276095
3.4117-3.4910.31521580.27462574273295
3.491-3.57830.29631480.24892620276895
3.5783-3.67510.28081260.24082630275696
3.6751-3.78320.26051320.24092659279196
3.7832-3.90540.27371280.22332673280196
3.9054-4.0450.2431180.19732722284096
4.045-4.20690.22581220.17642644276695
4.2069-4.39840.21591400.16372744288498
4.3984-4.63030.19841440.15262723286798
4.6303-4.92040.19321500.15972759290999
4.9204-5.30030.24881450.16572754289998
5.3003-5.83370.25961280.1832794292298
5.8337-6.67770.261470.19342745289297
6.6777-8.41280.23351640.18372808297299
8.4128-113.56650.21721630.17532933309698
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4803-0.6277-0.4121.56230.14040.6432-0.1079-0.1357-0.07050.23010.08240.12790.30320.23380.03580.36480.04720.0440.47740.02840.5373-24.38572.0593-26.4859
20.42730.1380.86251.90481.31173.27340.10310.0583-0.0732-0.28280.07010.22070.62760.1117-0.17570.6309-0.0616-0.0740.77940.06750.6721-29.8857-2.7719-52.7587
33.1114-0.4328-0.4656.7014-3.92284.43810.17330.5982-0.0031-0.7829-0.0744-0.40330.09930.3097-0.09270.54030.02650.02560.4555-0.03180.5633-21.273843.2481-51.2273
42.3328-1.2669-0.10510.68840.05220.4967-0.15440.29860.71150.09560.4186-0.6303-0.33190.98340.07880.2651-0.0071-0.02970.9819-0.01470.717-1.836115.9616-32.9859
50.86290.5178-0.31552.53380.23131.40290.16930.01770.30080.1529-0.29630.277-0.2552-0.06390.14980.39110.0895-0.01390.5864-0.1880.7116-83.76714.0308-7.4365
61.67880.01210.80853.846-0.47033.11290.203-0.105-0.09840.2105-0.3490.2580.1964-0.07750.11930.3233-0.04920.00730.5919-0.05170.5432-84.2429-9.8539-9.1231
70.048-0.12430.33221.22360.16922.7756-0.08060.0996-0.31590.27310.03180.2227-0.1719-0.9064-0.10470.688-0.0853-0.00121.31520.02890.5911-89.54472.404410.7442
80.8406-1.3061-0.28774.10470.49923.3378-0.3858-0.1117-0.28270.41190.29020.63340.4102-1.11660.13490.5402-0.05380.11891.26060.11380.6888-102.3333.5127.431
90.0668-0.1679-0.1210.9757-0.22041.6832-0.0112-0.0839-0.00190.10110.13180.0742-0.07980.1659-0.02680.278-0.07510.04670.7418-0.01070.5896-90.90354.003811.5038
101.6623-2.34772.22374.1135-2.90513.0259-0.02360.255-0.00360.3752-0.1522-0.63130.16510.49540.0350.73330.0597-0.22450.99140.24560.9991-57.3748-29.769114.084
111.38341.35940.56921.44470.40070.48970.3592-0.76020.24250.5855-0.4236-0.5105-0.02750.1866-0.15680.3825-0.2887-0.0960.88210.08390.893-58.51625.2633-1.1012
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 38 through 538 )A38 - 538
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 539 through 898 )A539 - 898
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 899 through 1012 )A899 - 1012
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1 through 75 )B1 - 75
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 37 through 304 )C37 - 304
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 305 through 562 )C305 - 562
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 563 through 637 )C563 - 637
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 638 through 753 )C638 - 753
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 754 through 898 )C754 - 898
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 899 through 1012 )C899 - 1012
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 1 through 75 )D1 - 75

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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